變化1。整體重建不征收土地增值稅。
政策:5號文規定，按照公司法的規定，將非公司制企業整體改造為有限責任公司或股份有限公司，股份有限公司(股份公司)整體改造為股份有限公司。對轉型前已轉讓國有土地和房屋所有權或變更為已轉型的企業，不征收土地增值稅。
提示:這裏的“整體改制”是指不改變原企業投資主體，繼承原企業權利義務的行為。比如壹家全民所有制工業企業改制為國有獨資公司，就是典型的整體重建行為。在實際工作中，壹些非公司制企業雖然整體轉化為公司制企業，但其投資主體往往同時發生變化。這時候就需要關註這個政策的執行風險了。比如農村信用社改制為農村商業銀行，但往往同時引入新的股東。此時，投資主體的變化會影響上述政策的適用。
變化2。國有固定價格房地產投資暫不征收土地增值稅。
政策:《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於土地增值稅若幹具體問題的通知》(財稅字[1995]48號)第壹條規定，對投資房地產或聯營的，以及投資或聯營壹方以固定價格投資土地(房地產)或將房地產作為條件轉讓給被投資方或聯營方時，暫免征收土地增值稅。上述房地產以投資、合資方式再轉讓的，征收土地增值稅。5號文取消了這壹規定，但5號文繼續明確，單位和個人在改制時以國有土地和房屋出資，將國有土地和房屋權屬轉移或變更給所投資企業的，暫不征收土地增值稅。
對於實踐中普遍存在爭議的土地取得成本能否延續的問題，5號文指出，企業在改制後轉讓國有土地使用權並申報繳納土地增值稅時，改制前為取得國有土地使用權支付的土地價款和按照國家統壹規定支付的相關費用，應當作為企業“土地使用權出讓金”扣除。企業在改組改制過程中，經省級以上土地管理部門批準，國家以國有土地使用權作為出資的，在轉讓國有土地使用權申報繳納土地增值稅時，應扣除省級以上土地管理部門批準的評估價格作為企業取得土地使用權支付的金額。企業在辦理納稅申報時，應提供土地作價入股時省級以上土地管理部門的批準文件和核定評估價格。不能提供批準文件和批準的評估價格的，不得扣除。例如，國有企業改制時某塊土地原收購成本為1億元，但經省國土局批準以評估價3億元入股，則允許在後續出讓中按3億元扣除其收購成本。
提示:根據5號文規定，單位和個人在改制時以國有土地和房屋投資，將國有土地和房屋權屬轉移或變更給所投資企業的，暫不征收土地增值稅。政策強調“在重組過程中”。如果單位和個人投資國有土地和房屋，而不是“在改制過程中”，而只是在壹般場合，是否可以適用暫免征收並不明確。納稅人遇到類似問題時，也應及時與稅務機關溝通。
變化三。企業合並暫不征收土地增值稅。
政策:財稅字[1995]48號第三條規定，在企業合並過程中，被合並企業將房地產轉讓給被合並企業的，暫免征收土地增值稅。在實踐中，這壹規定通常被解釋為吸收合並暫免征稅，但對於新的企業合並，各地的操作有所不同。5號文取消了這壹規定，並進壹步明確，兩個或兩個以上企業按照法律規定或合同約定合並為壹個企業，原企業投資主體仍然存在的，原企業將國有土地、房屋權屬轉移、變更給合並企業的，暫不征收土地增值稅。這意味著無論是吸收合並還是新合並，都可以暫時免稅。
提示:如果結合會計處理，還有壹種特殊的企業合並形式，即控股合並。在控股合並中，所有參與合並的企業都不會喪失法人資格。實際上，被並購企業通過收購被並購企業的股權來達到控制目的。對於這種基於股權轉讓和股權收購的企業合並，壹般不涉及土地增值稅。
變化4。單獨設立企業，暫不征收土地增值稅。
政策:原政策對企業分立(分)是否征收土地增值稅沒有明確。實踐中，青島、新疆、廈門等地傾向於不征收土地增值稅，而北京等地傾向於征收。5號文要求，根據法律規定或合同約定，企業分為與原企業投資主體相同的兩個或兩個以上企業的，對將國有土地、房屋權屬從原企業轉移、變更到分立企業的企業，暫不征收土地增值稅。
提示:企業分立(分離)也有兩種形式，衍生分立和新設分立。兩者的區別在於，新分立的情況下，被合並企業將繼續存在，但新分立的情況下，被合並企業需要解散。不管是哪種分離，只要分離後主體相同，暫不征收土地增值稅。
變化五，關閉房地產開發企業的“優惠門”
政策:5號文規定，上述與改制重組相關的土地增值稅政策不適用於房地產開發企業。此前，《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於土地增值稅若幹問題的通知》(財稅[2006]21號)第五條規定，財稅[1999]壹詞不適用於投資或合資經營土地(房地產)、投資或合資經營房地產開發的企業，以及投資或合資經營由其建造的商品房的房地產開發企業。5號文發布後，這壹條也被廢止，但“暫不征收”的土地增值稅專項政策對房地產開發企業仍然“緊閉大門”。這壹規定主要是為了保持政策的連續性，防止壹些房地產開發企業以“重組”的名義“轉讓房地產”。需要註意的是，無論是合並還是分立，只要有壹方是房地產開發企業，就不應適用5號文件規定的改制重組的具體政策。
提示:企業按5號文有關規定享受相關土地增值稅優惠政策的，應及時向主管稅務機關報送相關不動產、國有土地權屬證書、價值證明等書面材料。優惠政策執行期限為2015 10至2017 12 31。