要規範違法建築的拆除，還需要解決其法律適用問題。正如法律屬性的討論離不開對其基本行為的法律屬性的討論壹樣，在解決了強制拆遷的法律適用問題後，也必須考慮基本行為法律適用的準確性問題。如果基本行為法的適用出現錯誤，那麽強制拆遷也就失去了正當性和合法性。只有準確地解決好基礎行為和執行行為的法律適用問題，才能真正將強制拆遷違法行為推入合法運行的軌道。
在《行政強制法》頒布之前，涉及違法建築處理的法律主要是《城鄉規劃法》和《土地管理法》，地方性法規陸續出臺，細化違法建築的認定、處理和實施，如《珠海市違法建築管理條例》、《深圳市特區違法用地和違法建築處理暫行辦法》、《上海市拆除違法建築若幹規定》、《福建省實施條例》等。同時，行政訴訟法和《解釋》規定了行政機關申請法院強制執行具體行政行為的申請條件和審查標準，也可以適用於司法機關對違法行為的強制拆除。因此，在《行政強制法》頒布後，如何為強制拆遷及其基本行為選擇和適用相應的法律法規是當前的壹個重要問題，特別是當《行政強制法》規定的強制拆遷基本程序與現行法律法規和司法解釋不壹致時，如何準確適用法律是確定強制拆遷違法行為合法性的重要環節。
(1)在法律沖突的情況下，強制拆除違法建築的執行程序適用行政強制法的規定。
行政強制執行可分為自行行政強制執行和向法院申請強制執行兩大類。《行政強制法》頒布前，關於強制拆遷的程序性規定散見於《城鄉規劃法》、《土地管理法》、《行政訴訟法》及《解釋》中。
首先，從適用對象看，土地管理法和城鄉規劃法的立法目的不同，決定了適用範圍和對象的不同。實施土地管理法的目的是維護土地利用總體規劃，合理利用土地，有效保護耕地，促進社會經濟可持續發展。因此，土地管理法的適用範圍圍繞土地的利用和保護，針對違反土地利用總體規劃的行為，包括將農用地改為建設用地的建設行為和非法占用土地建房的行為。《城鄉規劃法》實施的目的是加強城鄉規劃管理，協調城鄉空間布局，所以其適用範圍是城鄉規劃管理，依據該法作出的限期拆除決定是針對違反建築規劃的違法建設。
其次，從作出限期拆除決定的主體來看，不同的法定機關也決定了作出限期拆除決定的主體是不同的。《土地管理法》將土地管理權限委托給各級人民政府土地行政主管部門，所以作出限期拆除違法建築決定的行政機關是縣級以上人民政府土地行政主管部門，而根據《城鄉規劃法》， 具有城鄉規劃管理權的是各級政府的城鄉規劃主管部門，有權作出限期拆除違法建築決定的行政機關包括縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門和鄉、鎮人民政府。 在鄉、村莊規劃區內，未依法取得鄉村建設規劃許可證或者未按照鄉村建設規劃許可證的規定進行建設的，鄉、鎮人民政府應當作出限期拆除決定，縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門應當作出限期拆除決定。
因此，責令限期拆除違法建築的決定，必須由不同的行政機關根據不同的違法情況，依據不同的法律作出。適用法律錯誤或者作出限期拆除違法建築決定的主體依法沒有相應權限的，限期拆除違法建築決定因不符合法律規定而不予執行。
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