1.辦公室
制定局機關和系統的年度工作計劃和長遠發展規劃，處理局機關日常事務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；負責稅務宣傳；制定辦公室規章制度；管理行政機關的財務和其他行政事務；指導辦公自動化；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助局領導綜合協調相關工作。
2.政策法規司
進行稅務調查研究；研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關問題；制定綜合稅務業務的規章制度；負責稅務業務和法律事務的協調；監督檢查稅收法規的執行情況；承擔稅收法規的清理、認定和匯編工作；承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證；辦理稅務行政訴訟和行政復議。
3.流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的征收管理和稅收征管業務；貫徹執行流轉稅法律法規，並監督檢查執行情況；制定流轉稅征收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責增值稅防偽稅控的推廣和管理；負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的日常稽核檢查。
4.所得稅管理辦公室
負責企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅等稅收的征收管理和稅收征管業務；負責稅收具體問題的解釋和處理；負責制定所得稅征收管理的具體實施辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
5.收藏管理處
組織實施綜合稅收征管法律、法規和規章，研究制定相關稅收征管制度和措施；指導稅務登記、稅收征管質量評估、納稅申報和稅收信息管理；管理普通發票；指導個體工商戶和集貿市場的稅收征管工作；負責組織增值稅征管以外的稅控軟件和稅控工具的開發、推廣和應用。
6.規劃和統計司
編制和分發稅務計劃，組織和檢查稅務入庫；制定稅收計劃和統計工作制度；稅收數據的統計和分析；負責稅源數據的調查和計算，監控和管理重點稅源；進行納稅能力估算和稅收宏觀分析；負責稅收票證的印制和管理。
7.財務管理辦公室
負責本系統的資金、財務、基建、設備和資產的管理；制定各項管理制度；組織內部審計和政府采購。
8.國際稅務管理局
負責國際稅收協定的執行、反避稅、涉外稅務審計、信息交換、中外居民跨國所得稅收監管等國際稅收事務；負責涉外企業所得稅政策的管理並監督檢查執行情況和日常管理；處理國際稅務事宜。
9.進出口稅收管理
負責進出口稅收政策和管理措施的實施、日常監督檢查；負責出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護；配合相關部門組織實施反騙稅檢查。
10.人事部
研究和實施人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查，按照管理權限負責領導幹部出國(境)離任審計和政審。
離退休幹部管理處(副處級，隸屬於人事部)。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
11.教育部門
負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；負責本系統工會、青年和婦女工作；負責稅務培訓機構和教育經費的管理。
12.監督辦公室
負責對本系統各級國稅機關及其工作人員執行黨和國家的路線、方針和稅收法規的情況進行監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責管理幹部信訪、違法違紀案件和系統內重大案件的查處。
13.巡邏工作辦公室
負責巡視工作的綜合協調、政策研究、制度建設、文件起草、巡視人員管理和後勤保障；研究、組織和協調本省的檢查工作；承辦總局巡視辦、省局黨組和紀檢組交辦的其他工作。
政府黨委辦公室。負責局機關和直屬單位的黨務、工會、青年和婦女工作；負責局機關的思想政治工作和黨群工作。山西省國家稅務局有兩個直屬機構，級別為正廳級。
1.檢驗局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務檢查工作；負責年度計劃確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務案件報告的受理和傳遞；審核下級稅務檢查；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查。
2.直屬稅務局
負責所轄省級以上企業的監控、管理和有效服務，具體負責所轄納稅人稅務登記和納稅申報的調查核實、稅源預測分析、重點稅源管理的跟蹤監控、納稅宣傳、納稅輔導、納稅調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催辦、數據采集分析、納稅評估的組織實施、壹般違法行為的處理。山西省國稅局有8個事業單位，其中太原培訓中心、忻州培訓中心、五臺培訓中心為副科級，其他單位為正科級。
1.信息中心
組織信息系統建設，實施信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網絡和綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓。
2.代理服務中心
制定後勤服務和行政事務的規章制度和管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責局內安保、房產管理、綠化、職工醫療等工作。
3.稅務科學研究所
組織、指導和協調全系統的稅收研究工作；完成上級下達的研究課題和任務；組織全系統稅收科研成果的鑒定和推廣；跟蹤經濟和稅收形勢的發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織相關稅收研究成果的評選和獎勵；承擔稅務學會秘書處的日常工作。
4.註冊稅務師管理中心
貫徹國家有關法律、法規和規章，制定具體實施辦法；負責組織註冊稅務師資格考試、註冊和年檢；負責稅務代理的審核和審批，並對其執業進行監督、管理和檢查；負責註冊稅務師的後續教育和稅務代理從業人員的業務培訓；負責註冊稅務師協會的日常管理工作。
5.山西省稅務幹部學校
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓。
6.太原培訓中心
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓。
7.忻州培訓中心
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓。
8.五臺培訓中心
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓。按照行政區劃，山西省國家稅務局有11個市國家稅務局，均為全職能局，局長級別。
1.太原市國家稅務局
2.大同市國家稅務局
3.陽泉市國家稅務局
4長治市國家稅務局
5.晉城市國家稅務局
6.朔州市國家稅務局
7.忻州市國家稅務局
8.呂梁市國家稅務局
9.晉中市國家稅務局
10.臨汾市國家稅務局
11.運城市國家稅務局