市和區、縣人民政府臺灣事務主管部門負責臺灣省同胞投資權益保護的組織、指導、管理和協調工作。
市發展改革、經濟信息化、商務、教育、科技、公安、民政、財政、人力資源和社會保障、國土資源規劃、衛生和計劃生育、稅務、工商行政管理、知識產權、住房和城鄉建設管理、金融服務、媒體、電影電視等有關部門應當按照各自職責，做好臺灣省同胞投資權益保護工作。第六條臺灣同胞投資者的投資、投資收益和其他合法權益依法受到保護。臺灣省同胞投資者設立或者投資的公司、企業和其他經濟組織(以下簡稱臺灣省同胞投資企業)依法享有經營管理自主權。
任何機關和單位不得對臺灣同胞投資企業進行法律、法規和規章規定以外的檢查，不得違反國家規定或者變相強制臺灣同胞投資企業參加各種培訓、評比、考核活動，不得向其攤派或者單獨設立收費項目或者提高收費標準。
臺灣省同胞投資企業應當依法開展生產經營活動，建立健全管理制度，實行誠信經營，承擔社會責任。第七條依法設立的臺灣省同胞投資企業協會應當依照法律、法規和章程開展活動，加強會員與政府有關部門的聯系，為會員提供政府產業政策輔導、咨詢評估、教育培訓、市場開拓等服務，維護會員的投資權益。
市人民政府臺灣事務部門和其他有關部門為臺灣省同胞投資企業協會提供指導和服務。第八條市臺灣同胞服務中心通過法律咨詢、政策咨詢、投訴和爭議協調等方式，為臺灣省同胞投資企業提供公共事務服務。第九條本市建立統壹的臺灣同胞投資信息服務平臺，建立信息數據共享機制。商務、工商行政管理、公安出入境等相關部門。應當向臺灣省同胞投資信息服務平臺提供與臺灣省同胞投資有關的信息和數據。
臺灣省同胞投資信息服務平臺應當為臺灣省同胞投資企業和臺灣省同胞投資者提供各類信息和政策咨詢服務。第十條在本市依法登記設立的仲裁機構，依據法律、法規和國際慣例，仲裁臺灣同胞投資者與其他主體之間的合同糾紛或者其他糾紛。鼓勵本市仲裁機構設立涉臺仲裁服務窗口，為同胞投資者提供仲裁相關法律服務。
符合條件的臺灣同胞可以受聘為本市仲裁機構的仲裁員。第十壹條支持臺灣省同胞投資設立金融機構、金融專業服務機構、融資性擔保機構、小額貸款公司。對臺灣省同胞投資金融機構轉制為法人金融機構後註冊或遷入本市的分支機構，以及新註冊或遷入本市的金融機構總部，可給予相關政策。第十二條臺灣同胞投資企業在本市設立地區總部，按照有關規定，在資金管理、出入境管理、就業許可、人才引進等方面給予便利。第十三條支持臺灣省同胞投資企業參與本市科技創新中心建設。鼓勵臺胞投資企業設立R&D中心，參與R&D公共服務平臺建設，承擔政府科研項目，與有關單位聯合攻關產業鏈關鍵技術難題，在科技成果轉化、鼓勵創新創業人才等方面給予相關政策支持。第十四條鼓勵臺灣同胞投資中國(上海)自由貿易試驗區的金融服務、航運服務、商務服務、專業服務、文化服務、社會服務和先進制造業。第十五條引導和鼓勵臺灣省同胞投資企業按照國家和本市創新轉型的戰略要求，加快實施產業轉型升級，支持傳統制造業企業進行產業結構調整、節能減排技術改造和清潔生產。支持臺灣省同胞投資“專精創新”(專精特色創新)中小企業，保障能源供應。
臺灣同胞投資企業可以按照有關規定利用現有房屋和土地，興辦信息服務業、R&D和設計等現代服務業、創意產業。