違反本辦法規定，有下列行為之壹的，由衛生行政部門責令停止執業活動，沒收違法所得、藥品和器械，並可根據情節輕重處以4000元以上1萬元以下的罰款:
(壹)未取得或者被撤銷、註銷而從事醫療執業活動的；
(二)未經衛生行政部門許可，醫療機構組織醫務人員到本機構以外的場所從事醫療活動的；
(三)未經衛生行政部門許可，單位內部醫療機構向社會開放的；
(四)醫療機構名稱、類別、床位、地點未發生變化的。
第五十條(逾期不查的處罰)
醫療機構違反本辦法規定，逾期未辦理《醫療機構執業許可證》校驗手續，仍從事醫療執業活動的，由衛生行政部門責令其在10日內辦理校驗手續；逾期不辦結核查手續的，由衛生行政部門予以通報，對主要負責人由其上級主管部門給予行政處分；拒不校驗的，由衛生行政部門吊銷其《醫療機構執業許可證》。
第51條(出售、出借或轉讓許可證的處罰)
醫療機構違反本辦法規定，出售、出借、轉讓《醫療機構執業許可證》，或者借用、冒用其他醫療機構的名義從事醫療執業活動的，由衛生行政部門予以沒收，可以並處2000元以上5000元以下罰款；情節嚴重的，吊銷其《醫療機構執業許可證》。
第五十二條(超出登記範圍的處罰)
醫療機構違反本辦法規定，有下列行為之壹的，由衛生行政部門責令其限期改正，並可處以3000元至1000元的罰款；情節嚴重的，吊銷《醫療機構執業許可證》:
(壹)未經衛生行政部門批準，改變診療科目、服務方式的；
(二)未經市衛生行政部門批準，引進國外新的醫療技術和項目的；
(3)個體診所、護理站聘用在職衛生技術人員或儲備藥品。
第五十三條(使用無衛生技術資格證書人員的處罰)
醫療機構違反本辦法規定，使用無衛生技術資格證書的人員從事醫療衛生技術工作的，由衛生行政部門責令限期改正，可以並處3000元以上5000元以下罰款；情節嚴重的，吊銷其《醫療機構執業許可證》。
第54條(對出具虛假證明的處罰)
醫療機構違反本辦法規定，出具虛假疾病診斷證明、健康證明、死亡證明、出生證明、死產報告的，由衛生行政部門予以警告，並可處以500元以下罰款；造成危害後果的，可處500元以上1000元以下罰款；對直接責任人員，由其所在單位或者上級機關給予行政處分。
第五十五條(處罰程序)
衛生行政部門作出行政處罰時，應當出具行政處罰決定書。收繳罰款時，應當出具市財政局統壹印制的罰款收據。
罰沒收入應當按照規定上繳國庫。
第五十六條(復議和訴訟)
當事人對衛生行政部門的具體行政行為不服的，可以依據《行政復議條例》和《中華人民共和國行政訴訟法》申請行政復議或者提起行政訴訟。
當事人在法定期限內不申請復議、不提起訴訟、不履行具體行政行為的，作出具體行政行為的部門可以依照《中華人民共和國行政訴訟法》的規定，申請人民法院強制執行。
第五十七條(妨害公務)
拒絕、阻礙衛生執法人員依法執行職務未使用暴力、威脅方法的，由公安部門依照《中華人民共和國治安管理處罰條例》處理；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第五十八條(妨礙醫療秩序的處理)
擾亂醫療機構正常秩序的單位或個人，由公安機關依照《中華人民共和國治安管理處罰條例》予以處罰；情節嚴重構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。
第五十九條(對責任人的處理)
違反本辦法，醫療機構負責人和直接責任人由上級主管部門給予行政處分；情節嚴重構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。