港口管理區的範圍由深圳市人民政府口岸辦公室會同有關部門劃定，經深圳市人民政府審核，報廣東省人民政府批準，並設立界樁。第三條口岸管理區由邊防檢查站實施監管。港口貨物停放和接受場所由海關監管，由海關和港口管理部門管理。口岸公安機關負責連接口岸的道路、場地的治安秩序和交通管理。其他港口業務管理部門應各負其責。
港區內的治安案件、刑事案件和交通事故，由港口公安機關和交通部門負責處理，其他港口業務管理部門應積極配合和協助。港口公安機關應當接受港口業務管理部門或者群眾控告、檢舉、自首的犯罪分子。第四條深圳市人民政府口岸領導部門是特區口岸管理和協調機構。第五條口岸領導部門行使以下主要職權:
(壹)負責特區口岸工作的管理；
(二)協調口岸各業務管理部門之間的工作；
(三)審核口岸各業務管理部門的收費標準；
(四)批準在港區設立港口服務機構，並審查其收費標準；
(五)協調口岸各業務部門對外服務的工作時間；
(6)在港區發生緊急情況時，采取臨時措施進行統壹指揮。第六條口岸業務管理部門必須執行口岸領導部門根據本規定第五條第(六)項采取的臨時措施。第七條出入境人員必須遵守中華人民共和國法律、法規和口岸業務管理部門依法作出的有關規定，服從管理，不得妨礙和阻撓公務人員執行公務。第八條任何人不得在港區內請願、示威、聚眾鬥毆、尋釁滋事，擾亂公共秩序，妨礙港口治安管理。第九條進出港區的運輸工具駕駛員和乘客必須服從港口業務部門的指揮，不得在非停車區停放運輸工具。
對不按規定停放的車輛，或者因道路故障可能造成交通堵塞的車輛，公安機關應當及時采取措施強制拖走，任何人不得阻撓幹擾。由此產生的費用由違約方承擔。第十條嚴禁炒買炒賣外匯、買賣進出口貨物、無證經營銷售貨物、強行拉客乘車、強行拉運行李、在港區內沿街乞討等行為。第十壹條口岸業務管理部門和管理人員必須秉公執法，維護出入境人員的合法權益。第十二條口岸業務管理部門應當根據工作需要和具體情況，制定對外服務的工作程序和工作時間，並於實施前十日在《深圳特區報》上公告和在出入境口岸張貼。第十三條口岸業務管理部門收取的檢驗檢疫費必須報市物價業務部門審批，並在實施前5天在《深圳特區報》上公布和在出入境管理處張貼。第十四條在港區設立營利性服務機構，必須經港口領導部門批準，並接受其監督管理。
港口服務機構收取服務費的標準必須經工商物價部門批準，不得隨意提高服務費標準。第十五條。港口管理部門的管理人員在履行職責時，必須穿著規定的制服，持有工作證件。
口岸服務機構的從業人員進入口岸管理區必須佩戴邊防檢查站發放的工作證和證件，接受執勤人員的檢查。第十六條出入境人員和國內公民可以向市政府有關部門投訴、舉報口岸業務管理部門及其公務人員、口岸服務機構及其從業人員的失職、違法行為，有關部門應當依法及時調查處理，並將調查結果告知投訴人、檢舉人。第十七條出入境人員違反本規定第七條、第八條、第九條、第十條規定的，公安機關可依據《中華人民共和國憲法》、《中華人民共和國治安管理處罰條例》和《中華人民共和國交通管理條例》的有關規定予以處罰。情節嚴重，構成犯罪的，依法追究刑事責任。第十八條工商物價部門可以責令違反本規定第十三條收費的港口業務管理部門退還多收的費用，並追究直接責任人員和有關單位領導的行政責任。第十九條工商物價部門除責令違反本規定第十四條第二款規定的港口服務機構退還多收的資金外，還應按照有關規定處以罰款或吊銷營業執照。