(1)辦公室。
負責文字、信息、會議、調研、保密、宣傳、接待、外事等工作；負責政務活動的安排和重要活動的組織；負責制定本局的工作規則；負責局機關行政後勤、固定資產管理和安全保衛工作；負責編制規劃建設資金計劃和計劃執行的預決算；負責機關、局機關財務管理，監督管理直屬單位財務和國有資產。
(二)首席教師辦公室(掛市計委秘書處牌子)。
組織和承辦市人大代表建議和CPPCC提案的答復工作；負責局機關新聞發言人的工作；配合局領導協調整體技術工作和重點項目的跟進實施；負責整體業務發展規劃和科研工作；負責局技術委員會和定期業務會議；承擔市規劃委員會的日常工作。
(3)政工人事處(掛機關黨委辦公室牌子)。
負責局機關和直屬單位的黨組工作、政治學習、思想教育和業務培訓；負責紀檢監察和廉政建設的全面工作，受理投訴和來信來訪，查處黨員幹部中的違紀違法問題；負責局機關系統內的組織人事管理，指導局機關系統和事業單位的人事管理工作；負責局系統工作人員的計劃生育、出國、赴港、澳、臺審批。
(4)政策法規司。
組織起草、修改和批準城市規劃法律、法規和規範性文件，提出相應的立法計劃；負責本系統行政案件的復議和應訴工作；負責城市規劃法律法規的宣傳教育和法規資料的收集匯編；負責局機關系統的法制教育。
(5)綜合業務部門。
負責業務受理、公文督辦和信訪工作；依法制定本局的規章制度和服務標準並組織實施；重點做好福田、羅湖、南山區的對口服務，協調轄區舊城、舊村改造規劃的編制和實施，配合區政府完善交通市政設施和公共設施。
(六)規劃處(掛市地名辦牌子)。
組織編制城市總體規劃、次區域規劃、分區規劃和法定圖則；負責地名的命名、更名和註銷，建立地名檔案；負責指導全市城市規劃基礎信息和檔案管理工作；參與制定土地利用規劃、年度土地利用計劃和土地供應計劃。
(7)建設用地辦公室。
負責全市建設項目的規劃選址、定點和面積核實，提出建設項目的規劃設計條件；負責出具《建設項目選址意見書》和建設用地計劃，並根據計劃調整建設項目選址和用地計劃；負責核發《建設用地規劃許可證》；參與制定建設用地計劃和土地劃撥、出讓和轉讓方案；參與大中型項目建設的可行性研究和論證。
(八)城市與建築設計處(掛城市雕塑辦公室牌子)。
負責編制詳細藍圖，編制城市公園、城市雕塑、夜景照明、地下空間(人防除外)及重點區域街景等城市設計；制定城市設計指南；負責建築工程和裝飾工程設計方案和初步設計的業務管理；負責核發建設工程規劃許可證；組織管理市政府交辦的大型規劃設計項目的咨詢、招標和方案選舉；負責勘察設計單位資質管理、勘察設計行業和市場管理。
(9)市交通部門。
負責組織編制交通、道路、軌道、給排水、電力電信、燃氣等綜合規劃和各級市政專項規劃；協助管理各專業職能部門編制的各類基建專項規劃；負責核發市政交通工程《建設工程規劃許可證》；負責市政建設項目的規劃，管理市政工程設計方案和初步設計；組織市政工程項目的規劃和驗收。
(10)規劃監察室。
負責城市規劃實施的監督管理，查處未取得“壹書兩證”或未按“壹書兩證”要求進行建設的違法行為；負責建設項目和社區規劃的驗收；負責臨時建設工程的監督管理；負責勘察設計市場和查處地名違法行為。