對違反水法律法規行為的行政處罰，由市、縣(區)人民政府水行政主管部門及其委托的管理部門實施。第三條行政處罰應當以事實為根據，以法律為準繩，堅持教育與處罰相結合的原則。第二章處罰種類和適用第四條本辦法中的行政處罰種類主要包括:警告、罰款、沒收違法所得等。第五條違反水法規，造成國家水資源、水域、水工程及其他有關水利設施損失的，由責任人賠償；責任人為無行為能力人或者限制行為能力人的，由其監護人負責賠償。第六條違反水法規，有下列情形之壹的，可以從輕或者免予行政處罰:
(壹)情節明顯輕微、危害不大、後果較小的；
(二)主動承認錯誤並及時改正的；
(三)受他人脅迫或者欺騙的。第七條違反水法律法規，有下列情形之壹的，從重處罰:
(壹)損害程度較大；
(二)後果嚴重的；
(三)脅迫或者誘騙他人違法的；
(四)打擊報復檢舉人、證人的；
(五)屢犯不改的。第八條違反水法規，有下列情形之壹的，除責令其停止違法行為、賠償損失、限期排除障礙或者采取補救措施外，還可以並處警告和罰款:
(壹)未經水行政主管部門批準，改變河道走向、截灣、截河、築堤，擅自拓寬或縮小河道、渠道斷面，影響泄洪、排灌的，處以3000至5000元罰款；
(二)未經水行政主管部門批準，種植阻礙行洪的樹木或者破壞排灌渠道、引水灌溉、養魚、種植蘆葦、隨意取土取水、圍墾灘塗等破壞原有工程的，處以壹千元以上五千元以下罰款；
(三)未經河道主管機關批準，擅自占用或超面積、逾期在河道內堆放物料的，罰款每日每平方米十至二十元；堆放的物料危及汛期河道安全的，河道管理部門應當通知其限期遷出，逾期不遷出的，由河道管理部門運出，運輸費用由物料所屬單位支付；
(四)凡向河道傾倒垃圾、廢土、煤灰、礦渣的，每輛汽車和拖拉機鬥罰款30元至50元，每輛小型拖車和車廂罰款20元，手推車罰款10元；
(五)違反規定在堤頂和堤坡上行駛，危及堤防安全的，每輛車每公裏罰款五十元至壹百元；對損壞嚴重的，也要責令其修復堤防；
(六)擅自在堤坡和堤防保護地上打柴、割草、挖紫穗槐根的單位和個人，每捆柴罰款五元，割草每斤罰款壹元，紫穗槐根每穴罰款壹元。第九條擅自在河道、灘地和水利工程保護區內修建房屋和其他建築物的，除限期拆除違章建築外，按建築面積處以每平方米5元至50元的罰款，或按違章建築工程總造價的1%至5%處以罰款。
未經水行政主管部門批準，在河道、水源工程、排灌渠道等水利工程保護區打井、鉆探、爆破，以及在庫區修建碼頭、開墾土地、建房、挖魚塘、進行考古發掘的，處以2000元以上5000元以下罰款。第十條未經水行政主管部門批準或者不按照批準的範圍和作業方式，擅自在河道內挖砂取土的，除責令停止違法行為，沒收違法所得外，可以並處警告、3000元以下罰款。第十壹條不聽審查人員勸阻，攔截水源，搶水、奪水，或者私自增設提水、排水的機器設施，聚眾鬧事，打砸搶燒的，處以300至3000元罰款。第十二條濫伐護堤護岸林木、河道防風固沙林和水庫大壩集水區林木的，處以200元以上3000元以下罰款。第十三條辱罵、毆打水利管理人員和水利監督人員，幹擾水利管理人員和水利監督人員工作的，罰款二百至壹千元。第十四條違反水法律法規，有下列情形之壹的，除責令其停止違法行為、賠償損失、限期采取補救措施外，還可以並處罰款:
(壹)損壞堤防、護岸、閘壩、水工建築物，損壞防洪設施、水文監測和測量設施以及通訊、照明設施、輸變電設施和排灌站設備的，罰款五千至壹萬元；
(二)在水利工程管理和保護區炸魚、毒魚、電魚、哄搶水產的，處3000元以下罰款。第十五條未經水行政主管部門批準，擅自拆除、出售、挪用國家投資的機電井設施(包括電機、水泵、變壓器、配電線路、機電井管、柴油機)或者調換機電井設備，或者違反規定報廢機電井的，責令限期恢復設備、賠償損失，並可處以警告或者1000元以上5000元以下罰款。