審計的目標可分為壹般目標和具體目標，具體目標取決於審計項目，這裏不討論。現在，簡要討論環境審計的壹般目標。
1.推動國家完善環境立法，提高各級環保部門執法水平。
隨著全社會對環境保護的日益重視，國家制定了壹系列保護環境和保障國民經濟可持續發展的政策法規，如《中華人民共和國環境保護法》、《中華人民共和國大氣汙染防治法》、《海洋保護法》、國務院發布的《排汙費征收暫行辦法》等。地方政府也制定了壹些排汙費和罰款的管理辦法，以控制環境汙染。當然，這壹系列的法律法規都是由地方環保管理部門來執行，進行專業的監督管理。但由於中國是發展中國家，環保剛剛提上日程，還處於廢的階段。現有的法律法規還很不完善，需要制定各種法律法規的配套措施。環保管理部門的執法水平和管理能力亟待提高。根據我國憲法的規定，我國的審計機關專門從事獨立的經濟監督工作。借鑒國際先進經驗，審計機關作為獨立的第三方，可以通過環境審計促進國家環境保護法律法規和政策的全面有效實施，同時可以及時揭示和反映環境保護法規制定和實施中存在的問題，有利於完善國家環境保護立法，提高執法水平。
2 .促進環境保護管理和監督體系的完善和環境保護措施的落實。
為了使環境保護法制化，全國人大常委會制定並頒布了壹系列環境和資源保護法，初步形成了符合中國國情的環境保護法律體系。國務院還頒布了壹系列決定和行政法規，逐步加強了環境管理機構和執法力量，基本形成了全國環境行政管理體系。國家審計機關作為綜合經濟監管部門，獨立於環保部門，對各級政府環保部門的環保規劃、檢測、管理、協調等環境管理活動進行獨立、全面的審查和評價，目標是建立健全環保管理體系，實施有效的環保管理。
有效的環保管理必須有具體科學的環保措施來保證。環保措施壹般都有環保項目支持。審計機關對具體環保項目的審查和評價，旨在促進環保措施的落實，評價環保措施的有效性和科學性。
3.促進環保資金的合理有效使用。
環境審計通過檢查環保資金的籌集、管理和使用情況，可以揭示環保資金籌集和使用管理中存在的問題，糾正資金使用和核算中違反財經紀律的問題，促進環保部門管好用好環保資金，確保環保資金歸集完整、使用真實、合法、有效。環境審計在真實性和合規性審計的基礎上，還應審計環保資金的使用是否達到了預期效果。因為壹筆環保資金使用的真實性和合法性，並不代表其使用的合理性和有效性。比如因為壹個錯誤的決策，必然導致環保資金的極大浪費。因此，開展環境審計，相關環保資金應以財務審計為基礎，通過效益審計，以資金為主線，檢查環保政策的執行情況和環保效益的發揮情況，促進環保資金的合理有效使用。
4.提高全社會的環境意識，實現國民經濟的可持續發展。
要實現國民經濟的可持續發展，提高全民和全社會的環境意識非常重要，讓全社會都知道只有壹個地球，我們應該珍惜地球上的每壹份資源。現在壹些地方只顧眼前利益，不惜破壞環境來實現壹時的繁榮發展；壹些部門為了小團體的利益，不惜占用、挪用有限的環保資金；壹些環保項目管理更加混亂，損失浪費嚴重。由於環保工程質量差，環保工程未能達到預期的環境治理效果。環境審計可以有效揭露環保資金、環保項目和資源合理開發利用中存在的問題，督促相關部門增強環保意識，嚴格執行環保政策。同時，通過審計經營活動對環境的影響，評估環境負債，促使企業從自身長遠發展和社會責任出發，樹立良好、負責任的企業形象，重視環境保護，增強全社會的環境保護意識，保障國民經濟的可持續發展。