(2006年3月27日農業部令第62號發布；2013 12 31農業部令2013第5號2014 2014第3號2015 2018 4月29日。
第壹章壹般原則
第壹條為了保護和合理利用食用菌種質資源，規範食用菌品種選育和食用菌菌種(以下簡稱菌種)生產、經營、使用和管理，根據《中華人民共和國種子法》，制定本辦法。第二條在中華人民共和國境內從事食用菌品種選育和菌種生產、經營、使用、管理，應當遵守本辦法。第三條本辦法所稱菌種，是指由食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種分為母種(壹級種)、原種(二級種)、栽培種(三級種)三個層次。第四條農業部主管全國的菌種工作。縣級以上地方人民政府農業(食用菌，下同)行政主管部門負責本行政區域內的菌種管理工作。第五條縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生產、更新、推廣工作，鼓勵選育、生產、經營相結合。
第二章種質資源保護和品種選育
第六條國家保護食用菌種質資源，任何單位和個人不得侵占或者破壞。
第七條禁止采集國家重點保護的天然食用菌種質資源。因科學研究等特殊情況確需采集的，應當依法辦理采集手續。第八條任何單位和個人向境外提供食用菌種質資源(包括用於菌種分離的有菌絲體和子實體的栽培基質)，應當報農業部批準。第九條從國外引進的菌種應當依法進行檢疫，並在引進後30日內將合適的菌種送中國農業微生物菌種保藏管理中心保藏。第十條國家鼓勵和支持單位和個人從事食用菌品種選育和開發，鼓勵科研單位與企業聯合選育新品種，引導企業投資選育新品種。新品種可以依法申請植物新品種權，國家保護品種權人的合法權益。第十壹條食用菌品種選育(引進)者可以自願向國家農業技術推廣服務中心申請品種鑒定。國家農業技術推廣服務中心成立食用菌品種鑒定委員會，承擔品種鑒定的技術鑒定工作。第十二條食用菌品種名稱應當規範。具體命名規則由農業部另行制定。
第三章菌種生產和經營
第十三條從事菌種生產經營的單位和個人應當取得《食用菌菌種生產經營許可證》。僅從事栽培業務的單位和個人可以不申請食用菌生產經營許可證，但經營者必須具備菌種相關知識，具備相應的保藏設備和場所，並報縣級人民政府農業行政主管部門備案。第十四條母種原種食用菌生產經營許可證由縣級地方人民政府農業行政主管部門審核，省級人民政府農業行政主管部門核發，並報農業部備案。食用菌菌種生產經營許可證由所在地縣級人民政府農業行政主管部門頒發，並報省級人民政府農業行政主管部門備案。第十五條申請母種和原種食用菌菌種生產經營許可證的單位和個人，應當符合下列條件: (壹)母種生產經營註冊資本654.38+0萬元以上，原種生產經營註冊資本50萬元以上；(2)經省級人民政府農業行政主管部門考核合格的1以上檢驗人員和2名以上生產技術人員；(三)有相應的滅菌、接種、培養、貯存等設備和場所，有相應的質量檢驗儀器和設施。母種的生產也要有必要的設備和場所做蘑菇實驗。(四)生產場地的環境衛生等條件符合農業部《食用菌生產技術規程》的要求。第十六條申請食用菌菌種生產經營許可證的單位和個人，應當具備下列條件: (壹)註冊資本65438+萬元以上；(二)經省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員65438人以上，生產技術人員65438人以上；(三)必要的滅菌、接種、培養、貯存設備和場所，以及必要的質量檢測儀器和設施；(四)栽培種生產場地的環境衛生等條件符合農業部《食用菌生產技術規程》的要求。第十七條申請食用菌生產經營許可，應當向縣級人民政府農業行政主管部門提交下列材料: (壹)食用菌生產經營許可申請表；(二)營業執照復印件；(三)菌種檢驗人員和生產技術人員的資格證書；(4)儀器設備設施清單、主要儀器設備的產權證明和照片；(五)菌種生產經營場所的照片和產權證明；(6)品種特性介紹；(七)菌種生產經營的質量保證體系。申請親本種子生產經營許可證的品種為授權品種的，還應當提供品種權人(品種選育者)的書面授權證明。第十八條縣級人民政府農業行政主管部門受理母種、原種生產經營許可申請後，可以組織專家進行實地考察，但應當自受理申請之日起20日內簽署審查意見，報省級人民政府農業行政主管部門審批。省人民政府農業行政主管部門應當自收到審查意見之日起20日內完成審批。符合條件的，頒發生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。縣級人民政府農業行政主管部門受理培育品種生產經營許可申請後，可以組織專家進行實地考察，但應當自受理申請之日起20日內完成審批。符合條件的，頒發生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。第十九條菌種生產經營許可證有效期為3年。有效期屆滿後需要繼續生產經營的，被許可人應當在有效期屆滿前兩個月持原許可證按原申請程序重新申請許可。在菌種生產經營許可證有效期內，許可證註明項目變更的，被許可人應當向原審批機關辦理變更手續，並提供相應的證明材料。第二十條菌種應當按等級生產，下壹級菌種只能由壹級菌種生產，不得使用培養菌種繁殖菌種。取得優勢菌種生產經營許可證的單位和個人，可以從事從屬菌種的生產經營。第二十壹條禁止無證或不按許可證規定生產經營菌種；禁止偽造、塗改、買賣、出租食用菌生產經營許可證。第二十二條菌種生產單位和個人應當按照農業部《食用菌生產技術規程》進行生產，建立菌種生產檔案，檔案應當載明生產地點、時間、數量、培養基配方、培養條件、菌種來源、操作人員、技術負責人、檢驗記錄、菌種流向等內容。生產檔案應在菌種銷售後保存2年。第二十三條菌種經營單位和個人應當建立菌種經營檔案，註明菌種來源、儲存時間和條件、銷售去向、運輸方式、經手人等內容。業務檔案應當在菌種銷售後保存2年。第二十四條銷售的菌種應當附有標簽和菌種質量證明。標簽應當註明菌種、品種、等級、接種日期、保存條件、保質期、菌種生產和經營許可證號、執行標準、生產者名稱和生產地點。標簽標註的內容應當與銷售的菌種壹致。菌種經營者應當向購買者提供菌種的品種和性質說明、栽培要點及相關咨詢服務，並對菌種質量負責。
第四章應變素質
第二十五條農業部負責制定全國菌種質量監督抽查計劃和本級監督抽查計劃。縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責本行政區域內的菌種質量監督工作，並根據國家計劃和本地實際，制定本級監督抽查計劃。菌種質量監督抽查不得向被抽查者收取費用。禁止重復抽查。第二十六條縣級以上人民政府農業行政主管部門可以委托菌種質量檢驗機構對菌種質量進行檢驗。承擔菌種質量檢驗的機構應當具備相應的檢測條件和能力，並經省級人民政府有關主管部門考核合格。第二十七條菌種質量檢驗機構應當配備菌種檢驗員。菌種檢查員應當具備下列條件: (壹)具有相關專業大專以上文化程度或者具有中級以上專業技術職稱；(二)從事菌種檢驗技術工作3年以上；(三)經省人民政府農業行政主管部門審查合格。第二十八條禁止生產和銷售偽劣菌種。有下列情形之壹的，為假毒株: (壹)以非毒株冒充毒株；(2)菌種、品種、等級與標簽內容不壹致的。有下列情形之壹的，為劣種: (壹)質量低於種子使用國家標準的；(二)質量低於標註指標的；(三)菌種過期或者變質。
第五章進出口管理
第二十九條從事菌種進出口的單位，除取得菌種生產經營許可證外，還應當依照國家對外貿易法律、行政法規的規定取得從事菌種進出口貿易的資格。第三十條申請進出口菌種的單位和個人，應當填寫菌種進出口審批表，經省人民政府農業行政主管部門批準後，依法辦理進出口手續。《菌種進出口審批表》的有效期為3個月。第三十壹條菌種進出口應當符合下列條件: (壹)屬於國家允許進出口的菌種資源；(二)菌種質量達到國家標準或者行業標準；(三)名稱、品種、數量、產地等相關證明真實完整；(四)法律法規規定的其他條件。第三十二條申請進出口菌種的單位和個人，應當提交下列材料: (壹)食用菌生產經營許可證復印件、營業執照復印件、進出口貿易資格證書；(二)食用菌品種說明；(三)符合第三十壹條規定條件的其他證明材料。第三十三條用於境外制種的進口菌種可以不受本辦法第二十九條的限制，但應當具有境外制種合同。進口菌種只能用於種子生產，其產品不得在國內銷售。從國外引進的實驗用菌種和繁殖用菌種不得作為商品菌種銷售。
第六章附則
第三十四條違反本辦法規定的行為，依照《中華人民共和國種子法》的有關規定予以處罰。第三十五條本辦法所稱食用菌品種，是指食用菌品種特性的簡稱，包括對溫度、濕度、pH、光照、氧氣等環境條件的要求，以及抗逆性、高產、早晚出菇、出菇潮、栽培時期、商品品質、栽培習性等其他農藝性狀。第三十六條野生食用菌菌種的采集和進出口管理，應當按照《農業野生植物保護辦法》的規定辦理相關審批手續。第三十七條本辦法自2006年6月6日起施行。1996年7月1日，《中國食用菌管理暫行辦法》(農業部發[1996]第6號)同時廢止，依照《中國食用菌管理暫行辦法》取得的菌種生產經營許可證自有效期滿之日起失效。