通用條款中增加了八個新的合同管理系統:
(1)雙向保證體系。2013版施工合同通用條款第2.5款規定了發包人的資金來源證明和支付擔保，第3.7款規定了承包人的履約擔保。這兩項條款要求發包人和承包人根據合同義務向對方提供資金來源證明、支付擔保和履約擔保，以保證施工合同中各自目標的實現。既符合國家對投資人合理審慎投資的要求，又符合施工合同承包人提供履約擔保的慣例，同時能促進發包人按合同支付工程款，確保工期、質量等綜合目標的完成。
(2)合理的價格調整體系。為解決市場價格波動帶來的合同履行風險問題，2013版施工合同引入了適度風險和適度調價制度。通用條款11.1規定了市場價格波動超出合同雙方約定的範圍，合同價格應進行調整，有利於解決工程合同履行過程中因市場價格波動而引發的合同價格糾紛。
(3)缺陷責任期制度。為解決長期以來合同當事人約定“保修期滿返還保修金”的爭議，2013版施工合同通用條款第15條引入了缺陷責任和保修制度，明確缺陷責任期是指“承包人按照合同約定承擔缺陷修復義務，發包人預留質量保證金的期限，自工程實際竣工之日起計算”。進壹步有效解決工程質量保證金返還與工程質量保修之間的沖突。
(4)、工程系列保險制度。2013《施工合同通用條款》第18條除了規定工程保險外，根據全國人大對《建築法》的修改意見，還規定了工傷保險，還增加了其他保險條款。工程系列保險制度不僅完善了我國的工程保險制度，也為今後可能實施的工程保證保險制度預留了實施空間，與國際FIDIC合同基本接軌。
(五)、約定或確定制度。在合同履行過程中遇到的最大問題是承包人與承包人在履約事項上的分歧。如果不及時處理分歧，就會轉化為合同履行的障礙，最終導致合同無法履行。2013版施工合同在合同通用條款第4.4條引入了“約定或確認”制度，明確了由總監理工程師負責組織實施約定和確認，並明確了該制度啟動的前提條件。
(6)、索賠期限制度。為了保證工程索賠的及時性，同時便於雙方及時收集和評估索賠證據。借鑒國外許多施工合同和《標準施工招標文件(2007)》的規定，2013版施工合同通用條款第19條規定雙方索賠期限為28天，並明確規定如果雙方未能在28天內提交書面索賠通知，
(7)雙重賠償制度。為了解決發包人拖欠工程款的問題，從違約責任的法理出發，在2013版施工合同中設置了遲延支付工程價款的雙倍賠償制度，其中包括通知、合理期限內補正等程序性規定。發包人仍不履行合同的，違約金按中國人民銀行同期同類貸款基準利率的2倍支付，體現在竣工結算審核和最終結算兩個相應條款中。
(8)爭議審查和解決制度。針對施工合同周期長、合同管理要素多的特點，2013版施工合同通用條款為提高施工合同爭議解決的效率，保證其專業性，引入了爭議審查與解決機制。根據合同雙方的約定，爭議評審與解決機制可以由專家全程參與，也可以單獨發表評審意見，這樣可以極大地消化項目合同履行中的分歧，降低合同履行的難度，防止合同履行中的障礙，快速解決爭議，保證項目的整體經濟效益和社會效益。從另壹個角度看，糾紛審查解決制度屬於增加的社會糾紛解決機制，也為行政監督管理部門管理建築市場提供了新的糾紛解決路徑。