縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門主管本行政區域內的水產養殖質量安全管理工作。第四條國家鼓勵養殖單位和個人發展健康養殖，減少養殖病害的發生。控制水產藥物，確保水產養殖產品的質量和安全；推廣生態農業，保護農業環境。
國家鼓勵養殖單位和個人按照有關規定申請無公害農產品認證。第二章養殖用水第五條養殖用水應當符合海水養殖無公害食品水質(NY5052-2001)或者淡水養殖無公害食品水質(NY5051-2001)等農業部標準，禁止使用不符合養殖水質標準的水源。第六條養殖單位和個人應當定期監測養殖水質。
當養殖水源受到汙染時，應立即停止使用；確需使用的，應當經過凈化處理，達到水產養殖水質標準。
養殖水體水質不符合養殖水質標準時，應當立即采取措施進行處理。經治理仍不符合要求的，應當停止其養殖活動，並向當地漁業行政主管部門報告，其養殖產品按照本規定第十三條處理。第七條養殖場、池塘的取水和排水系統應當分開。養殖廢水的排放應當符合國家規定的排放標準。第三章養殖生產第八條縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門應當根據養殖規劃的要求，合理確定養殖水域、灘塗，同時根據水域、灘塗的環境條件，劃分養殖功能區，合理安排養殖生產布局，科學確定養殖規模和方式。第九條使用水域、灘塗從事養殖的單位和個人，應當按照有關規定申請養殖證，並按照批準的面積和規模從事養殖生產。第十條水產養殖生產應當符合國家有關水產養殖技術規範的操作要求。養殖單位和個人應當配備與養殖水體和生產能力相適應的水處理設施和相應的水質、水生生物檢測等基礎儀器設備。
水產養殖使用的魚苗應當符合國家或者地方質量標準。第十壹條水產養殖專業技術人員應當逐步按照國家有關就業要求，通過職業技能培訓並取得職業資格證書後，方可上崗。第十二條養殖單位和個人應當填寫養殖生產記錄(格式見附件1)，記錄養殖種類、魚苗來源和生長情況、飼料來源和投餵、水質變化等情況。《水產養殖生產記錄》應當在該批水產品全部銷售後保存2年以上。第十三條銷售的水產養殖產品應當符合相關國家或者地方標準。不符合標準的產品要進行凈化，凈化後仍不符合標準的產品禁止銷售。第十四條養殖單位銷售自養水產品應當附有“產品標簽”(格式見附件2)，註明單位名稱、地址、產品種類、規格、離池日期等內容。第四章水產飼料和藥物第十五條水產飼料的使用應當符合農業部《飼料和飼料添加劑管理規定》和《無公害食品漁業飼料安全限量》(NY5072-2002)。鼓勵使用配合飼料。限制直接投餵冰鮮(冷凍)餌料，防止殘留餌料汙染水質。
禁止使用無產品質量標準、質量檢驗合格證、生產許可證和產品批準文號的飼料和飼料添加劑。禁止使用腐敗變質和過期的飼料。第十六條水產藥物的使用應當符合農業部《獸藥管理條例》和《無公害食品用漁藥使用指南》(NY5071-2002)。使用藥物的水產養殖產品在停藥期內不得用於人類食用。
禁止使用偽劣獸藥和農業部禁止使用的藥物、其他化合物和生物制劑。原料不得直接用於水產養殖。第十七條水產養殖單位和個人應當按照水產養殖藥物使用說明書的要求或者在水產疾病防治人員的指導下，科學用藥。
水生疾病預防控制人員應當按照就業準入要求，接受職業技能培訓，取得職業資格證書後，方可上崗。第十八條水產養殖單位和個人應當填寫《水產養殖用藥記錄》(格式見附件3)，記錄疾病發生情況、主要癥狀、用藥名稱、時間和劑量。《水產養殖用藥記錄》應當在該批次水產品全部銷售後保存2年以上。第十九條各級漁業行政主管部門和技術推廣機構應當加強水產養殖藥物安全使用的宣傳、培訓和技術指導。第二十條農業部負責制定全國水產品藥物殘留監測計劃並組織實施。
縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門負責本行政區域內水產品藥物殘留監測工作。