內部審計機構應當接受國家審計機關及其派駐機構和上級內部審計機構的業務指導。第五條司法行政系統內部審計實行分級負責制。上級內部審計機構負責組織和指導所屬單位的內部審計工作。審計署駐司法部審計特派員辦事處(以下簡稱司法部審計特派員辦事處)負責組織和指導司法部直屬企事業單位和政法院校的內部審計工作，並對全國司法行政系統內部審計工作進行業務指導；各省、自治區、直轄市司法廳(局)的內部審計機構或者國家審計機關認可的審計機構負責組織和指導本地區司法行政系統的內部審計工作。第二章機構設置第六條各直屬企事業單位應按照完善自我約束機制的原則，建立健全內部審計機構或配備專職審計人員。第七條國家審計機關沒有派出機構的省、自治區、直轄市和計劃單列市司法廳(局)，應當設立獨立的內部審計機構。第八條各省、自治區、直轄市及計劃單列市勞動改造和勞動教養局(處)，凡國家審計機關沒有派駐機構的，應設立獨立的內部審計機構。第九條地方(市、州、盟)司法行政機關，根據需要設置內部審計機構或者配備專職審計人員；勞改勞教單位要從自身的特殊性出發，堅持健全和加強自我約束機制的原則，根據需要建立健全審計機構或配備專職內部審計人員。第三章內部審計的基本任務第十條司法行政系統內部審計機構對審計範圍內的下列事項實施審計監督:
(壹)財務計劃和預算的執行情況和決算；
(二)與本單位有關的經濟活動及其經濟效益；
(三)內部控制制度的健全性和有效性；
(四)管理國家和單位資產；
(五)專項資金的提取和使用情況；
(六)國家財經法規的執行情況；
(七)承包和租賃經營的有關事項；
(八)本單位領導交辦和上級內部審計機構、國家審計機關委托的其他審計事項。第十壹條內部審計機構應當對本單位固定資產投資項目、在境內外經濟組織中設立獨資企業、合資企業、合作企業、事業單位和合作項目投入的資金和財產的使用和效益進行內部審計監督。第十二條內部審計機構根據本地區、本單位的規定，可以對有關經濟活動實行審批制度。第十三條內部審計機構可以對本單位和本系統所屬單位的經濟活動進行專項審計調查。第四章內部審計機構的職權第十四條各級內部審計機構有權在投資計劃實施前、實施中或實施後，對有關經濟活動、重大經營決策和審計監督的規章制度的建立提出修改或完善的建議。第十五條根據審計工作的需要，內部審計機構有權要求被審計單位及其部門、單位和下屬單位提供與審計事項有關的經濟文件和其他資料。第十六條內部審計機構在審計過程中有下列監督檢查權:
(壹)檢查計劃、憑證、賬簿、報表、資金、財產和債務，查閱有關文件和資料。
(二)參加有關經濟會議，召開與審計事項有關的會議；
(三)就審計中發現的問題，向有關單位和人員進行調查，並索取證明材料；
(四)提出改善管理、提高經濟效益的建議，責成被審計單位制止、糾正和處理違反財經紀律的事項，限期改正。
(五)有權制止正在進行的嚴重違反財經紀律、嚴重損失浪費的行為。
(六)對阻撓、破壞內部審計工作，拒絕提供有關資料的，有權采取查封有關賬簿、資產等臨時措施，並提出追究直接責任人和有關領導責任的建議。
(七)對嚴重違反財經紀律並造成嚴重損失和浪費的人員，提出問責建議。
(八)審計工作中的重大問題，向上級內部審計機構或者同時向國家審計機關反映。