根據《刑法》第九十條關於監獄執行死刑的規定和《死刑執行規則》第三條，執行死刑的方法應當是在監獄內特定場所註射毒品或者槍決。執行槍決時，犯人應背對劊子手，槍決位置應為心臟。劊子手要把目標定在犯人身後的左側，但劊子手和犯人的距離不能超過兩米。對於捐獻器官的犯人，檢察官可以下令對頭部右後耳根開槍執行死刑。通常情況下，死囚會被戴上鐐銬，每天鍛煉時只允許離開牢房30分鐘。
臺灣省的死刑制度，壹個人被判死刑後，只有司法部長下達執行令後才能執行。壹個標準的行刑隊由壹名行刑檢察官(俗稱監督員)、壹名法醫、壹名書記員、壹名法警隊長、兩名行刑法警(槍手)和兩名執法警察組成。如果死刑犯同意捐獻器官，將成立醫療小組。目前大部分處決在18到21之間進行，國產T75手槍配有消音器。但早年使用的槍械並不固定，行刑時經常使用步槍或卡賓槍，特別是在警察總部等機關。
早些年選在早上5點到6點，意思是“晚上不要走”，但往往會讓死囚徹夜難眠，害怕腳步聲，槍炮聲容易驚擾周圍居民，所以行刑改在晚上。有人認為這是壹個很好的做法，因為在臺灣省民間信仰中，“陰間在日出時關閉，沒有鬼魂的牽引，他們無法進入地獄。”行刑前兩到三個小時，獄方會通知死囚“行刑令已經下達，今天就送妳上路”。如果妳有信仰，可以問神職人員(法師、牧師、神父等。)做最後的祈禱或吟誦。這個時候，行刑隊的工作人員往往會聚在壹起，膜拜監獄裏的佛像，祈求行刑順利。
行刑時，檢察官必須到達法庭，核實死囚的身份，並聽行刑前的最後壹次聽證會(通常是詢問死囚是否悔改，聽遺言)，然後死囚會得到壹頓豐盛的午餐，稱為“最後壹餐”，希望行刑後亡靈能肉身到達冥界。根據各看守所的傳聞，它的飯菜壹般是白米飯、鹵蛋、雞腿、炒肉(或香腸、豬肝等。)，海帶(或者青菜，竹筍)，豆幹等菜，還有壹包煙，壹小瓶高粱酒。在監獄裏，迷信認為可以不吃飯，但至少要吃壹口鹵蛋，“吃蛋而死”，以免遭受死刑過程。1980之前，死囚沒有註射麻藥，所以大部分死囚都是壹口氣喝下高粱酒來減輕痛苦。
飯後，死刑犯被送到看守所的施舍處，趴在施舍處的沙地上。壹般來說，布施地也有另壹個佛，經常給佛燒香，請佛監控佛法的情況，以保護死囚不受煞氣的幹擾。死刑犯只要口頭申請就可以被法醫麻醉(死刑犯也可以選擇“不麻醉”)，法醫會標註心臟或者小腦的相對位置。法醫驗證藥效時，法警可以開槍。拍攝位置為心臟(從背後拍攝)或小腦(從右後耳根拍攝)。行刑後十到二十分鐘左右，法醫會進行屍檢，確認是否死亡。如果他沒死，他會繼續拍，直到他死。如果同意器官捐獻，通常會通過向頭部開槍的方式執行，以保證器官的完整性，死囚在執行後會被送往醫院進行器官移植。
行刑後，第壹步是解開死囚的鐐銬(意為“解放靈魂”)。死囚會在腳鐐上綁上1000元新臺幣的鈔票，行刑後交給解開腳鐐的法警，感謝他解放了靈魂，但這1000元必須趕快花掉。很多法警會用它來招待所有法警隊友或者第二天早上捐寺廟香火錢。而且這副死囚腳鐐很受歡迎，很多死囚都會想方設法要求戴在腳上。監獄迷信認為不能用同壹副腳鐐槍斃兩個人。
傳統上，所有布施儀式的工作人員在行刑後都會洗手，並高喊“洗手”；如果衣服上沾有死囚的血，必須換掉或丟棄，否則會遭到死者鬼魂的報復。他們在布施儀式上互不罵人，而是用代號或手勢，避免逝者想起逝者。由於臺灣省在民間信仰中對被處決的亡靈還是相當恐懼的，所以行刑後監獄警察會在布施儀式中焚燒紙錢來祭拜死囚。
被告知死刑的罪犯精神失常或者懷孕的，由司法部依照《刑事訴訟法》第四百六十五條的規定停止執行。在恢復或制作之後，除非司法部下令，否則不得執行。
關於執行死刑的地方，民國戒嚴時期，從1949開始，政治犯在國防醫學院後面的馬場町或新店溪河床執行死刑。從1950年代中期到1980年代末期，被軍法處決的政治犯和平民，全部在新北市新店區安坑刑場(位於新店區安華路，原“國防部新店監獄”，現“臺灣省新店戒毒所”)執行。民國1987年解嚴後，雖然《監獄刑法》規定死刑在監獄內執行，但實際上所有死囚都關押在二審看守所。為了規避行刑前看守死囚的成本與風險，刑場以“分監”的形式依附於二審看守所，包括新北市土城區的臺北看守所和臺中市南屯區的臺中監獄(臺中看守所與臺中監獄壹墻之隔，刑場位於監獄壹側)， 臺南市歸仁區臺南看守所(臺南看守所與臺南監獄壹墻之隔，刑場位於看守所壹側)、高雄市燕巢區高雄第二監獄(實際此處隸屬高雄看守所)、花蓮縣吉安鄉花蓮監獄(刑場位於花蓮監獄因為花蓮看守所位於花蓮市市區， 所以不可能擴大刑場，所以死刑犯還是需要在行刑前轉移到監獄)。 由於大都市型、人口密集、政治經濟中心，約60%的死刑在臺北看守所執行。花蓮高分所轄的花蓮、臺東兩縣，因為人口不多，民風淳樸，政府遷臺以來只處決了18人。自1999年6月+10月12日對海洛因走私犯罪嫌疑人王在興、周家傑執行死刑命令後，直到2013年4月29日，才時隔13年半再次執行對壹名搶劫殺人兇手的死刑命令，並於2014年4月29日執行對另壹名性侵殺人兇手戴的死刑，成為唯壹執行死刑的二審看守所