水行政主管部門是水利工程建設的主管部門。
市水行政主管部門負責全市水利工程建設的監督管理，區水行政主管部門負責轄區內水利工程建設的監督管理。第四條市、區、鎮人民政府應當加強對水利工程建設的領導，保障水利工程的順利進行。
發展和改革、財政、規劃和自然資源、住房和城鄉建設、審計、生態環境、應急管理等有關部門應當按照各自職責做好相關工作。第五條水利工程建設應當遵循基本建設程序，實行項目法人責任制、招標投標制、建設監理制和合同管理制。第六條鼓勵單位和個人投資建設水利工程。
水利工程建設提倡采用新技術、新工藝、新設備、新材料，促進科技進步。第二章建設程序管理第七條水利工程建設的基本程序壹般分為:項目建議書、可行性研究報告、初步設計、施工準備(含招標設計)、施工實施、生產準備、竣工驗收和後評價。第八條水行政主管部門按照國家或者本市的有關規定負責水利工程項目建議書、可行性研究報告和初步設計的審查。屬於審批權限的，自收到全部文件之日起20個工作日內完成審批；不屬於其審批權限，需要報送審批的，應當將審查意見及全部材料直接報送上壹級項目審批部門審批。
市政府投資、融資的水利工程，由市水行政主管部門按照權限進行審查。
區政府投資、融資的水利工程，由區水行政主管部門按照權限進行審查。
非政府投資項目不再實行審批制，按照有關規定實行審批制和備案制管理。第九條編制項目建議書應當遵守國家和本市水利工程造價管理的有關規定。
水行政主管部門應當會同有關部門依法制定水利工程定額和費用標準。第十條項目建議書批準後，項目投資者應當組建水利項目法人；不具備設立條件的，可以委托有資質的項目法人承擔水利工程建設。
國家投資的項目，由水行政主管部門負責組建或確定項目法人。第十壹條項目法人負責項目建設的全過程管理。
水利工程建設資金實行投資責任制，項目法人應與水行政主管部門簽訂合同。
水利工程建設資金應當專款專用，任何單位和個人不得緩繳、截留或者挪用。第十二條水利工程勘察、設計、施工、監理、咨詢等單位應當具備相應的資質。
水利工程勘察、設計、施工單位的資質，應當經市水行政主管部門同意後，由市建設行政主管部門審批。
水利工程應當簽訂書面合同。合同可以采用工商行政管理部門和水行政主管部門共同制定的示範文本。第十三條項目具備驗收條件的，項目法人應當及時組織驗收，未經驗收的，不得交付使用。
工程驗收應符合水利水電建設工程驗收程序並符合以下要求:
(壹)分部工程驗收應提供監理單位出具的質量評價；
(二)階段驗收和單位工程驗收應有水利工程質量監督機構出具的工程質量評定意見和水利工程質量檢測單位出具的檢測結果；
(3)竣工驗收應有水利工程質量監督機構出具的工程質量評估報告。第十四條項目法人應當自建設項目竣工驗收合格之日起15日內，將建設項目竣工驗收報告報水行政主管部門備案。
項目法人應當按照國家規定建立健全工程檔案，並在水利工程竣工驗收合格之日起30日內向水行政主管部門移交水利建設工程檔案。第十五條水行政主管部門發現項目法人在竣工驗收過程中違反國家有關建設工程質量管理規定的，應當責令其停止使用，重新組織竣工驗收。第十六條水利建設項目竣工使用兩年後，項目法人應當組織專家進行項目後評價並編制項目後評價報告。
項目後評價報告完成後，應當報送水行政主管部門備案。第十七條水利工程實行質量保修制度，在保修期內出現工程質量問題，建設單位應當承擔保修責任。
保修期由項目法人與建設單位在合同中約定，但最短不得少於壹年。