理論上，房地產的四種估價方法:市場比較法、收益法、假設開發法、成本法可以根據替代原則統壹為壹種估價方法，但在實際應用中存在很大差異。因此，《房地產估價規範》明確規定了四種方法的適用，並規定必須采用至少兩種方法評估房地產的公開市場價值。對於違法建築評估的評估方法，選建網認為:
(1)對無法改正的違法建築應采用成本法，不得采用收益法、假設開發法、市場比較法作為該類違法建築的評估方法。
收益法的前提是評估對象有合法收入；假設開發法適用於具有投資或再開發潛力的房地產的評估，對於具有規劃設計條件要求，但尚未明確規定的待開發房地產，很難用假設開發法進行評估。如果在這種情況下強行評價，必須將最可能的規劃設計條件作為評價的假設和約束條件，並在評價報告中說明；市場比較法要求在相同的供求範圍內，有更多的類似房地產的交易，也就是說，估價對象必須有完整的產權形式。不正確的違法建築是指違反城市規劃要求，要限期或立即拆除的建築，其自身的收入和利潤因其形態的消失而消失，不宜采用收益法、假設開發法、市場比較法。
目前，我國司法實踐中違法建築的歸屬有三種依據:(1)動產權屬理論，即違法建築視為不動產。因為其違法性沒有得到國家的認可，由此衍生的權利無法得到法律的保護，但構成違法建築的建築材料作為動產是合法的，應當受到法律的保護。(2)不動產是指違法建築被認定為不動產，但卻是未經國家認定的不動產。在實際處理中，民事方面將與合法取得所有權的建築物同等對待。(3)占有論，即建築者對違法建築的占有，作為壹種事實狀態，受法律保護。除執法部門處理的違法建築外，建築者本人可以占有、使用違法建築並從中獲利，禁止他人侵犯建築者對建築的占有。
雖然目前司法實踐中仍有爭議，但建設網認為，無法改正的違法建築因其性質，認定應以動產所有權理論為基礎。因為它既保護了法律的尊嚴又保護了社會財富，還承認了違法建築的價值(部分或全部)是由生產過程中的必要費用決定的。因此，建設網認為，成本法是評估無法改正的違法建築的合適方法。在成本法的應用過程中，由於其處置的特殊性，建設網認為其公式應根據實際情況進行修正，如:
評估值=建築材料成本+建築人工費+管理費+財務費用-處置拆除費用-建築材料折舊。
建設網也認為，後兩種司法依據對於無法改正的違法建築處置的評價並不可取。房地產價值評估的目的是確定被評估對象的合法公開市場價值。雖然它的客觀市場價值是存在的，但是它的價值會隨著它的客體形態的處置而消亡，即使評估也是沒有意義的。
(2)對於可糾正的違法建築，可根據實際情況結合評估目的采用成本法、收益法、假設開發法和市場比較法。
對於可改正的違法建築，雖然其占有、使用、收益、處置的權益未受到法律保護，但經過處置(即罰款、竣工)後，可以賦予其合法建築的法律地位。然後，在評估過程中，可以根據計價規範的規定和實際情況采用不同的方法。需要註意的是，如果在政府處置前進行評估，應將實際現狀作為規劃條件並在評估報告中註明，評估結果受假設的規劃條件限制，評估價值中應扣除處置及手續費用。
(三)歷史違法建築的選擇和現行違法建築的評估方法。
歷史違章建築的處置結果是辦完手續後視為合法違章建築，其方式的選擇應與合法建築相同。目前的違法建築也可分為可糾和不可糾兩類，估價方法的選擇可參照上述分析進行。
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