查明事實的階段
即查明違法建築的時間、原因、結構、面積、用途，是否存在民事糾紛，是否同時存在違反兩項以上行政法律法規的行為，是否被行政執法機關查處。已經調查的，按照調查結論處理，未調查的進入下壹階段。
(2)處理和懲罰階段
1.處理和處罰程序
第壹步，按時間劃分流量。
原城鄉建設環境保護部1988發布的《關於房屋權屬登記中處理違法建築的原則和意見》，從違法建築的形成時間、所處位置、造成的影響三個方面提出了“三寬三嚴”的政策，對現在處理違法建築仍有借鑒意義。因此，應在相關法律法規頒布實施的基礎上，根據當地城市規劃的具體時間，合理確定違法建築的期限。具體可采用兩階段或三階段。兩階段法定義了壹個時間點，在這個時間點之前形成的違法建築(註:違法建築的時間壹般指違法建築的形成時間)可以辦理合法建築處置手續，在這個時間點之後的可以作為違法建築處理。三階段公式是劃定兩個時間點，在第壹個時間點之前完成所有手續，不進行處罰的合法建築處置:第壹個時間點之後，第二個時間點之前，從寬處理，不強拆不沒收；能免於行政處罰的，免於行政處罰:第三個時間點以後的，從嚴處理。作者建議采用三階段方法，因為城市規劃是壹個復雜的過程，應該有壹個過渡期。
能直接辦理手續的，直接進入補辦手續階段；對於需要進壹步治療的，進入下壹步。
第二步，根據是否存在同時違反兩個以上行政法規的違法建築進行分類分流。
如果不存在這種情況，壹般只是違反建設規劃，會移交建設規劃行政主管部門處理；如果存在這種情況，會有行政部門牽頭處理。
第三步，做出處理或處罰決定。
然後根據處理或處罰決定分別處置，進入補辦手續階段；對於沒收或限期拆除的，將進入執行階段。
2.處理或處罰時應掌握的幾個原則。
首先是寬以待老的原則。適用這壹原則有兩種情況:第壹種是法律、法規、規章已經修改；第二種是違法建築形成後，對規劃進行了調整，使原有違法建築對規劃的影響發生了變化。在第二種情況下，在計算追訴時效時，適用同樣的原則。
二是從重處罰為主的原則。適用該原則的前提是違法建設行為同時違反兩個以上法律規範，可以由兩個以上行政執法部門查處。對於兩個以上行政執法部門對行政處罰管轄權有爭議的，牽頭部門可以協調壹個部門管轄；協調不成的，相關行政執法部門應當報告上壹級行政機關，上壹級行政機關是當地政府的，牽頭辦案部門可以直接報告當地政府確定。
三是正確適用沒收和拆遷原則。對不違反法律、行政法規，但僅違反地方性法規的違法建築，不予沒收或限期拆除。
四是正確認定違法建築面積的原則。適用該原則的前提是當事人擅自變更建設工程規劃許可證的規定。這種情況下，大部分都是少批多建。在這種情況下，行政機關應當做出合理的認定。
(3)補辦手續階段
對依法應當直接辦理手續或者處罰後要求辦理手續的，違法建設當事人應當到有關行政管理部門辦理手續。需要特別說明的是，無論當事人是否辦理了手續，其對該建築物的相應權利都得到了行政主管機關的認可，因此當事人享有相應的物權，從而成為拆遷法律關系的當事人，享有被拆遷人的權利，承擔相應的義務。辦理完手續後，當事人進入簽訂安置補償協議階段；當事人逾期不辦理的，可以申請拆除，進入行政裁決階段。
在此階段，有關管理部門應及時將當事人的竣工手續通知稅務機關，由稅務機關根據當事人建築物的實際用途和時間決定是否追繳營業稅和所得稅。
(四)簽訂安置補償協議階段
現階段，拆遷補償方案由雙方自行確定。協商不成的，壹方當事人可以申請進入行政裁決階段；達成協議後，被拆遷人拒不履行的，經被拆遷人申請，可以進入強制拆遷階段，人民法院應當依法強制執行。
(五)行政裁決階段
拆遷當事人協商不成，壹方申請行政裁決的，行政機關應當受理。行政機關受理申請後，應當及時將申請人的申請書和證據送交對方當事人，並告知其權利和義務。在查明事實的基礎上，行政機關應當在法定期限內作出拆遷補償行政裁決，並指定當事人搬遷的期限。
(6)執行階段
對被拆遷人(即違法建築當事人)不履行安置補償協議或裁決的，經申請，可由人民法院按民事司法強制執行程序或行政司法強制執行程序強制執行，或由人民政府責成有關行政部門組織行政強制拆遷，強制被拆遷人搬遷並拆除其建築。