1.經濟法體系不完善。改革開放以來，我國初步建立了經濟法體系，但不完備的表現有三:壹是立法體系的壹些重要環節存在疏漏；二是現有法律法規已不能適應客觀形勢發展的需要，特別是對我國加入世界貿易組織和參與國際經濟壹體化、全球化的需要，迫切需要對相關法律法規進行修改、充實和更新；三是現行經濟法律法規不協調、不銜接，仍存在諸多矛盾和沖突，如經濟管理權交叉；執法部門重疊；同壹法律法規規定兩個行政機關，或者同壹行為屬於不同性質，屬於不同法律調整，由多個行政機關管理等。
2.執法主體混亂，部分執法人員素質低下。根據經濟法的規定，執法主體壹般為:綜合經濟管理機關、部門經濟管理機關、行業經濟管理機關、經濟監督管理機關。在現實社會經濟生活中，執法主體大到國家機關、部門，小到居民委員會、村民委員會，壹些非經濟管理機關也參與經濟執法，亂罰款、亂收費、亂攤派現象十分嚴重。有些事情推卸責任，沒人管。為了維護地方或部門的利益，壹些經濟管理機構只是執法，甚至假公濟私。執法成了“創收”的手段，罰款往往被瓜分。壹些經濟管理部門的執法人員嚴重缺乏文化專業知識和法律知識，工作方法簡單，作風粗暴，素質低下，法律意識淡薄，不懂執法。
3.政企不分。經濟管理體制的轉變使各部門成為相對獨立的經濟核算單位。所有部門都有下屬企業，擁有行業監管權的部門可以給下屬企業帶來各種直接利益。比如政府已經完全擁有自然壟斷的公用事業(供水供電)或者行業(郵政、鐵路)。可以獲得超額的壟斷利潤。比如各種競爭性行業(石化行業、鐵路車輛等)的投資、生產和銷售。)由政府全資或大部分控股的仍由政府部門控制。這種政企分開的局面，對政府管理效率產生了非常嚴重的負面影響。政府部門既是“運動員”又是“裁判員”，不利於社會資源的合理配置和市場的公平競爭，新的市場進入者會受到歧視。
4.違反法定程序執法。經濟執法必須嚴格依法、按法定程序進行，如告知程序、處罰前置程序、立案調查程序、聽證程序、審批程序、送達程序、執行程序等。但有些執法人員隨意選擇，不按規定程序辦事，甚至違反法定程序辦事(比如先取證)。在經濟執法中，他們不註重取證和審查，以偏概全。或者取得的證據不能證明經濟執法的實際情況，或者證據不符合法定條件，或者只重視部門或官員提供的證據而忽視企業或公民個人提供的證據。有時法律法規適用存在錯誤，如定性錯誤、違反後法優於前法的規定、違反效力小於法律法規的地方性法規的規定，或者依據沒有法律效力的所謂行政規範的文件執法，嚴重違反了以事實為根據、以法律為準繩的原則。
5.地方保護主義嚴重，司法救濟困難。壹些地方的政府部門和執法人員為了維護本地區或本部門的利益，在經濟執法中實行地方保護主義，進行強制交易和地區封鎖，甚至稱之為打假，實際上是打假，充當保護傘。壹些部門官僚主義嚴重，效率低下，執法不公，行政復議受限。由於司法體制等原因，司法機關的人、財、物都受到地方政府的限制，有的司法機關實際上成了地方的壹個部門，只對地方黨政領導負責。行政幹預司法的現象普遍存在，表現為司法的行政化和地方化，嚴重破壞了國家法制的統壹。同時，司法領域也存在司法不公和司法腐敗，增加了當事人的訴訟成本，未能及時有效地保護其合法權益。
6.監督機制不健全。從現實情況來看，雖然監管部門很多，內部監管和外部監管都有，但監管效果並不理想。尚缺乏可操作的監管法律法規來規範監管者和被監管者的行為。經濟法的實施也缺乏嚴格有效的監督機制。