法律法規對長江、太湖等流域管理另有規定的，從其規定。
河道內的航道依照有關航道管理的法律、法規執行。第三條河道管理應當堅持統壹規劃、綜合整治、積極保護、合理利用的原則，充分發揮河道的防洪抗旱、航運、旅遊、生態和景觀功能。第四條市、縣級市、區人民政府應當加強對河道管理工作的領導，建立健全河道管理單位，按照規定將河道建設、維護、管理和運行所需經費納入年度財政預算。
鎮人民政府和街道辦事處應當按照規定的職責，加強日常巡查，制止違法行為，做好河道維護、清淤和保潔工作。
村民委員會、居民委員會組織村民(居民)制定村規民約或者居民公約，引導村民、居民自覺維護河道整潔，協助做好河道清淤保潔工作。第五條水行政主管部門是河道主管機關，按照規定權限負責本行政區域內河道的統壹監督管理；受同級水行政主管部門委托，河道管理機構負責河道的日常監督管理。
發展改革、自然資源規劃、交通運輸、住房城鄉建設、生態環境、市政園林、農業農村等政府有關部門應當按照各自職責，做好本條例的實施工作；涉及河流文化旅遊功能開發的，政府相關部門應積極配合。第六條河道管理體制實行統壹管理和分級管理相結合，下級管理服從上級管理。上級水行政主管部門管理的河道，下級水行政主管部門可以按照職責權限的規定，按照河道統壹規劃和管理技術要求實施管理。
市、縣級市、區人民政府水行政主管部門應當按照河道分類管理權限，制定河道管理名錄，經本級人民政府批準後向社會公布。第七條全面推行河長制，落實地方河道管理和保護主體責任，建立健全部門聯動的綜合治理長效機制，統籌推進水資源保護、水汙染防治、水環境治理和水生態修復，維護河流健康生命和公共安全，增強河流綜合功能。第八條任何單位和個人都有保護河道及其配套工程安全、保護水環境和依法參加防汛搶險的義務，有權勸阻、制止和舉報破壞河道及其配套工程、危害河道生態環境的行為。
對河道整治和保護以及防汛搶險做出突出貢獻的單位和個人，由各級人民政府或者水行政主管部門給予表彰和獎勵。第二章河道規劃和整治第九條市、縣級市、區人民政府水行政主管部門應當依據職權，會同發展改革、自然資源規劃、交通運輸等有關部門編制水系規劃、河道保護規劃等河道規劃，報同級人民政府批準後實施，並報上壹級水行政主管部門備案。
修改河道規劃應當經原批準機關批準。第十條河道規劃應當符合流域綜合規劃、區域綜合規劃、土地利用總體規劃和城鄉規劃，符合國家、省、市防洪排澇標準、通航標準和其他相關技術規定，確保河網水面率不降低。
有關部門在編制或者修改涉及河道的各類規劃時，應當按照規劃審批權限，事先征求同級水行政主管部門的意見。第十壹條水行政主管部門應當根據河道規劃，提出河道規劃控制線方案，經自然資源規劃行政主管部門批準後實施；涉及航道的，水行政主管部門應當事先征求交通行政主管部門的意見。河道整治、保護和涉及河道的各類工程，應當嚴格按照河道規劃控制線實施。
河道規劃控制線以內的土地，經自然資源規劃和水行政主管部門按照國務院規定的權限報縣級以上人民政府批準後，劃定為規劃保護區，並予以公告。
規劃保留區內壹般不得建設與防洪無關的工礦設施。特殊情況下確需施工的，應當事先征求有關水行政主管部門的意見，並依法報經有關部門批準。第十二條水行政主管部門應當會同有關部門根據河道規劃制定河道整治年度計劃，報同級人民政府批準後實施。
河道整治年度計劃應當明確截汙控汙、防洪排澇、河道疏浚、濱水空間改造等整治目標，明確責任單位和任務分工。
對嚴重影響水質、防洪安全和環境景觀的河道，應當優先采取應急措施。