法律、法規對自然保護區內的濕地、風景名勝區、湖泊的保護另有規定的，從其規定。
湖泊周圍的池塘、堰，按照相關法律法規進行管理。第三條市、區人民政府(含開發區、風景名勝區、化工區管委會，下同)應當將湖泊保護納入國民經濟和社會發展規劃，建立湖泊保護聯席會議制度，完善湖泊保護執法體系，提高執法能力和水平，建立健全湖泊保護投入機制，將湖泊保護所需經費納入本級財政預算。
市、區人民政府應當將湖泊保護工作納入年度目標考核。考核結果作為被考核單位負責人任職和獎懲的重要依據。第四條湖泊保護實行政府行政首長負責制。
市人民政府對本市湖泊保護工作負總責。區人民政府是轄區內湖泊保護的責任主體，負責轄區內湖泊的保護、生態修復和整治。
鄉(鎮)人民政府、街道辦事處應當組織轄區內的湖泊巡查，及時發現和制止填堵、占壓、汙染等侵占湖泊的違法行為，並及時向有關部門報告涉湖突發事件。第五條市水行政主管部門負責全市湖泊的保護、管理和監督，並組織實施本條例。各區水行政主管部門負責本轄區內湖泊的日常保護、管理和監督。市、區水行政主管部門所屬的湖泊保護機構承擔湖泊保護的日常工作。
城鄉規劃部門負責湖泊規劃控制範圍內建設項目的規劃管理，嚴格按照湖泊保護規劃實施建設項目規劃許可，依據職責檢查湖泊外圍控制和綠地範圍內的違法建設。
環保部門負責水汙染源頭的監督管理，依法實施湖泊水環境質量監測和信息發布，以及水汙染綜合治理和法律法規規定的其他職責。
綠化部門負責湖泊綠化用地的規劃和管理。
城管執法部門負責湖泊規劃控制範圍內的違法建設和環境衛生管理，依據職責查處湖泊外圍控制和綠地範圍內的違法建設、隨意傾倒垃圾、渣土等違法行為。
發展改革、城鄉建設、農業、林業等部門按照各自職責，做好湖泊保護和管理工作。
湖泊權屬單位和在湖泊管理範圍內從事生產經營活動的單位是湖泊保護責任單位，並負責清理湖泊水面。對填湖、汙染、利用湖泊從事非法經營活動等侵占湖泊的違法行為，應當及時制止，並向水行政主管部門和有關部門報告。第六條區人民政府應當按照保護湖泊、改善生態環境的原則，組織有關部門根據城市總體規劃編制湖泊保護規劃，經市水行政主管部門審核並征求城鄉規劃等有關部門意見後，報市人民政府批準。跨區域湖泊的保護規劃由市水行政主管部門組織編制，征求城鄉規劃等相關部門意見後，報市人民政府批準。經批準的湖泊保護規劃應當向社會公布。
湖泊保護規劃應當包括湖泊規劃的控制範圍、環湖道路的劃分、湖泊水功能區和水質保護目標、水汙染容量和限制排放總量的意見、截汙排汙口的控制、防洪治澇和水土流失的防治目標、種植養殖和生態修復的控制目標。湖泊保護規劃不得擅自修改，確需修改的，應當按照原審批程序報批。修訂後的湖泊保護規劃確定的湖泊水域面積和水質保護目標不得低於修訂前的水平。
湖泊保護規劃的制定和修改應當向社會公布，並通過召開座談會、論證會或者聽證會等方式聽取公眾和專家的意見。第七條區人民政府應當根據湖泊保護規劃的要求，逐項制定湖泊保護措施，明確保護措施，明確相關部門和單位的責任，落實日常保護工作。第八條湖泊規劃控制範圍分為水域、綠地和外圍控制範圍。
水行政主管部門負責劃定湖泊水域，劃定湖泊水線，設立保護標誌，標明保護範圍和責任單位。
湖泊綠化用地線和環湖控制範圍線由水行政主管部門會同園林、城鄉規劃等部門劃定。第九條市水行政主管部門應當組織實施湖泊狀況普查，建立包括湖泊名稱、位置、面積、庫容、主要功能等內容的湖泊檔案，並向社會公開，供公眾查閱。
市水行政主管部門應當每年向市人民政府報告湖泊保護工作，公布湖泊保護、執法和管理情況，接受公眾監督。