流域鄉鎮人民政府和街道辦事處負責本轄區內內陸河流域保護的相關工作，進行日常檢查，發現問題及時報告，並協調督促處理。
流域內的村(居)委會協助開展內陸河流域保護相關工作，可以將流域生態環境保護納入村規民約和居民公約，引導村(居)民參與流域保護工作。第六條市、流域、縣(市)人民政府生態環境主管部門負責流域環境汙染防治的監督管理，組織實施水汙染防治管理制度，監督指導重要生態環境建設和生態破壞修復，依法查處水汙染違法行為。
水行政主管部門負責流域水資源、河道和水岸線的管理、保護和綜合利用，指導流域生態修復、水土保持、河湖生態流量管理等工作。，依法查處破壞水資源、河道、水岸線等違法行為。
農業農村主管部門負責指導流域畜禽和水產養殖汙染防治，管理化肥農藥等農業投入品使用，依法查處非法養殖捕撈行為。
林業主管部門負責流域濕地、水源涵養林、水土保持林、生態修復和陸生野生動物資源保護的監督管理。
發展改革、自然資源和規劃、住房和城鄉建設、應急管理、公安、衛生、交通運輸、經濟和信息化、文化和旅遊、市場監督管理等有關部門應當在各自的職責範圍內，做好內河流域保護的監督管理工作。
內陸河流域的水庫、自然保護區、風景名勝區、濕地公園等管理單位應當按照職責權限做好管理範圍內的內陸河流域保護工作。第七條市、流域、縣(市)各級人民政府及其有關部門應當加強內陸流域保護的宣傳教育，增強公眾節水環保意識，引導公眾參與內陸流域保護。
鼓勵和支持公民、法人和其他組織通過捐贈和誌願服務等方式參與水土保持公益活動。
廣播、電視、報紙、網絡等媒體應當對內陸河流域保護進行公益性宣傳，加強輿論引導和監督。第八條任何單位和個人都有保護內河流域的義務，並有權依法制止和舉報破壞內河流域的行為。第二章流域規劃第九條市人民政府應當組織流域生態環境和水行政主管部門以及縣(市)人民政府編制流域綜合規劃，征求相關流域管理機構的意見，並公布實施。
編制內河流域綜合規劃應當嚴格遵守生態保護紅線、環境質量底線、資源在線利用和生態環境準入清單，符合國民經濟和社會發展規劃、國土空間規劃和生態環境保護規劃。
內陸河流域綜合規劃應當明確流域功能定位，全面提出保護、管理、開發和利用的目標任務，確定流域水資源保護和利用、水安全保障、水汙染防治、水生態保護和修復的總體規劃和實施程序，制定流域綜合管理的保障措施。第十條流域縣(市)人民政府應當根據內河流域綜合規劃組織編制區域綜合規劃，向社會公布實施，並報市人民政府備案。
市、流域、縣(市)人民政府有關部門應當加強內陸河流域綜合規劃和區域綜合規劃的實施，根據實際需要組織編制水資源保護、水汙染防治、水生態保護與修復、旅遊發展等專項規劃，報同級人民政府批準後，向社會公布實施。