負責秘書、檔案、保密和行政事務；負責綜合調研、督導、督查等工作；負責對外宣傳，處理與行業相關的政府事務；負責國家局車輛管理；負責全州系統大型會議和活動的接待工作和後勤保障服務；負責機關日常管理，做好綜合協調，為領導和部門提供服務。研究提出本系統相關法律法規和政策，對企業重大經營決策提出法律意見；負責本系統生產運行中的法律指導，承辦法律咨詢和行政復議、行政訴訟和國家賠償、普法宣傳教育和法律培訓、對外法律交流；研究提出體制改革的政策措施，組織、指導和協調企業體制改革。
(2)營銷中心
負責全州卷煙銷售管理；執行全州卷煙銷售計劃；負責卷煙經營信息的收集、整理和發布；負責指導和組織全州卷煙營銷網絡建設；負責泉州市場的卷煙營銷和物流配送。
(3)壟斷部分
負責監督檢查《中華人民共和國煙草專賣法》及相關法律法規的實施；組織本系統專賣人員學習、宣傳、貫徹煙草專賣法律法規，結合實際情況組織起草專賣管理實施意見；檢查煙草專賣品的生產經營活動，查處違法違規案件，打擊違法行為，保護合法經營；依法組織煙草專賣品證件的發放和檢查；組織指導州、縣煙草專賣稽查部門開展打假、反走私和煙草市場整治工作；依法查處在全州有重大影響、跨地區違反煙草專賣法律法規的大案要案；負責縣級專賣稽查的檢查、監督和指導；負責壟斷檢查檔案的評估。
(4)財務科
負責《會計法》、《統計法》及相關財務法規在泉州公司系統的貫徹實施；負責組織實施日常會計核算和財務管理，負責編制本系統生產經營的年度財務預算計劃，對預算執行情況實施會計監督；負責本系統國有資產管理，參與編制固定資產投資規劃；負責本系統的年度財務預算和決算；對系統的生產經營和資金使用實施財務監督；負責國家財政、稅收、金融等經濟政策在本系統的執行和檢查；做好財務分析，進行財務決策，積極參與企業管理；負責泉州公司系統輿情人員的培訓。
(5)審計科
負責審計法和《企業內部審計暫行規定》的實施；組織實施本系統的內部審計工作；負責組織實施對下屬單位法定代表人的經營業績和經濟責任審計；負責審計國家局(公司)資金的收支、分配、支出和使用情況；對固定資產投資、物資采購等重大經濟活動進行審計。
(6)信息中心
負責貫徹國家局和省局信息化建設的方針政策，研究制定本系統信息化建設的長遠發展規劃和年度工作計劃，以及本系統信息系統運行管理的規章制度，並負責組織實施；負責本系統管理信息系統軟件的應用推廣、技術指導和升級；負責本系統信息、網絡、通信系統的建設、管理、安全運行和維護；負責本系統信息的采集、傳輸和備份管理，為相關部門和單位提供信息服務和技術支持；負責本系統計算機軟硬件的選型並按規定組織招標采購；負責國家局計算機軟硬件及配件的報損、報廢、采購和管理；負責對系統各級信息部門的業務指導和專業技術培訓，組織定期或不定期的信息工作檢查。
㈦安保科
負責本系統的安全工作，監督、檢查和實施目標考核；負責調查和協調安全事故的處理，落實事故隱患的整改措施；負責編制安全規章制度，並組織實施；負責收集和整理安全信息，匯報安全工作；負責組織安全宣傳教育和技術培訓；負責組織搶險救災和自救工作。
(八)監察處(糾風辦)
負責本系統的行政監察和黨的紀律檢查工作，組織、制定和實施本系統的紀檢監察工作計劃；監督、檢查和調查本系統工作人員執行法紀、政紀和黨紀的情況；負責受理投訴、申訴和其他檢舉，主持本系統重大、疑難違紀案件的調查和審理；負責組織黨紀、政治紀律和法律法規教育。監督系統經濟運行，整頓和規範行業金融秩序，進行內部監督。
(9)基礎設施辦公室
負責基礎設施、生活服務設施建設和職工住宅的改造修繕，負責建築工程方案的申報和招投標以及施工質量和建築質量的監督。
(10)人事勞動司
負責本系統幹部的人事、勞動工資和保險福利工作；負責全州系統退休人員的管理和服務；負責專業技術職務的申報、聘任和職業技能鑒定；組織泉州公司系統員工的教育培訓；組織開展泉州公司系統的思想、政治和精神文明建設；負責離退休、借調、脫產學歷教育的管理和服務。
(11)經濟運行科
參與編制固定資產投資計劃，組織下達固定資產投資年度計劃；負責本系統資產投資項目申報審批、投資規模控制和工程建設標準；組織本系統重點建設項目的招標和竣工驗收；組織指導下屬公司的生產經營，協調產、供、銷的銜接；匯總、分析和發布本系統的經濟、技術和市場信息；掌握和分析產銷動態；負責組織企業目標管理和機關績效考核。
(12)煙草生產經營部門
認真貫徹執行上級和國家有關煙葉生產經營的方針、政策、法律、法規和各項規章制度，負責編制煙葉長遠發展規劃和年度生產經營計劃及政策，組織、指導和管理全州煙葉生產和收購工作；負責開拓煙草銷售市場，簽訂煙草購銷合同，調撥經營煙葉。負責全州煙草物資的集中采購、供應和管理。負責全州煙葉產、購、配信息系統軟件的建設、使用、維護和管理。負責協助國家局(公司)有關部門做好煙草人才、烤房、煙草標準化站(點)、煙草中心倉庫和信息系統硬件的建設、技術推廣、安全生產和標準化管理工作。負責協助做好與國家煙草辦及國家直屬相關部門的聯系，上傳下達工作。當好領導的參謀，完成領導交辦的其他任務。
(13)房地產開發公司
負責院內物業管理、後勤保障、水電維護、環境衛生、綠化等工作。
(14)物流配送中心
負責貫徹執行國家的方針政策、法律法規和上級的有關規定；負責倉庫內卷煙的驗收和維護；負責根據配送文件組織卷煙分揀到戶，編碼成條；負責制定送貨計劃，優化送貨路線，組織汽車送貨；負責電子結算客戶和非電子結算客戶的卷煙貨款結算和收款；負責收集卷煙零售商的意見，傳遞給相關部門，並將處理結果反饋給零售商；負責卷煙等實物的會計管理；負責人員、車輛、倉庫、香煙、貨款等的安全管理。在中心；負責中心年度預算的編制和執行；負責管理本中心員工的思想教育、業務培訓和績效考核；完成領導交辦的其他任務。
(15)政治工程科
負責指導本系統的思想政治、精神文明建設和黨建工作；負責州局(公司)、縣局(公司)黨群工作；負責國家局(公司)工會的日常工作。負責研究、論文匯編、學術討論等。
(16)煙草研究所
負責制定湘西自治州煙草科研規劃；負責國家局、省局、省工業公司、省科技廳、國家科技局等部門下達的煙草科研和技術推廣項目；負責全州商業系統煙草科技管理工作；負責湘西煙葉科研和技術推廣的指導、培訓和協調；負責全州煙葉生產技術推廣和應用的培訓和指導，並參與全州煙葉生產管理；負責制定年度煙葉生產技術計劃；負責湘西自治州煙草學會的工作。
(十七)卷煙基地辦公室
負責規劃全州基本煙田的相關工作；負責制定煙葉生產基礎設施建設的總體規劃和年度實施計劃；負責項目立項、審批和總結報告；負責項目建設的綜合協調；協助財務部進行資金管理；負責部門的日常工作；協助主管領導協調與政府相關部門的關系；完成上級領導交辦的其他任務。
(十八)煙草服務中心
負責為客戶提供標準化、流程化、規範化的服務，建立“前臺受理、分級辦理、快速響應、客戶滿意”的熱線受理和電子信息服務窗口，實現“服務項目受理、服務質量監督”和“安全運行監控”兩大體系，樹立湘西煙草優秀的社會新形象；集中受理全州服務請求和投訴，為客戶提供直接的信息咨詢、業務查詢、零售許可辦理和應急服務，接受客戶的投訴、舉報和建議；對投訴的服務進行監督、回訪和調查，對本單位相關部門的服務進行調查、統計、分析和報告；對本單位生產經營的重點安防部位實施視頻安防監控，對重要設備和車輛實施安全監控，接受安全自動報警和應急處理。