物流系統的成本控制要貫徹以下幾項原則：
1、正確制定物流活動的成本標準，運用標準嚴格貫徹成本責任制。
2、壹般和重點相結合，著重按例外原則控制物流費用支出。
3、上下結合、定期和日常相結合、專家和群眾相結合、單向活動和集成過程相結合，全面的進行物流成本控制。
工作程序：
1、加強庫存管理，合理控制存貨。
2、實行全過程供應鏈管理、提高物流服務水平。
3、通過合理的配送來降低物流成本。
4、利用物流外包來降低物流成本。
5、控制和降低物流成本。
物流成本控制方法，包括絕對成本控制法和相對成本控制法。
絕對成本控制：
是把成本支出控制在壹個絕對金額以內的成本控制方法。絕對成本控制從節約各種費用支出，杜絕浪費的途徑進行物流成本控制，要求把營運生產過程發生的壹切費用支出都列入成本控制範圍。標準成本和預算控制是絕對成本控制的主要方法。
相對成本控制：
是通過成本與產值、利潤、質量和功能等因素的對比分析，尋求在壹定制約因素下取得最有經濟效益的壹種控制方法。相對成本控制擴大了物流成本控制領域，要求人們在努力降低物流成本的同時，充分註意與成本關系密切的因素，諸如產品結構、項目結構、服務質量水平、質量管理等方面的工作，目的在於提高控制成本支出的效益，既減少單位產品成本投入，提高整體經濟效益。