根據上述職責，市商務局設18個職能科室。
(壹)辦公室。組織協調局機關日常工作;負責局機關文電、會務、機要、檔案、督辦、政務公開、安全保密、應急管理等工作。
(二)組織人事科。負責局機關和所屬單位的黨務群團、機構編制、人事管理及離退休人員的管理、服務等工作;負責局機關和所屬單位的維護穩定工作;受理、協調、督辦信訪事項;負責局機關和所屬單位因公出國(境)任務的審核上報和人員審查工作;協調指導全市商務系統的業務培訓。
(三)政策法規科。負責商務領域的綜合調研工作;負責重要文稿起草工作;負責新聞宣傳和信息工作;參與組織局承辦的重大商務活動;承擔局機關規範性文件的合法性審核工作;承辦相關行政復議和行政應訴工作。按規定承辦對經營者集中行為進行反壟斷調查的相關工作;會同有關部門擬訂我國加入世界貿易組織後地方綜合應對方案並組織實施;承擔世界貿易組織相關規則、協議的咨詢服務工作;建立管理全市對外貿易經濟政策數據庫。
(四)規劃財務科。組織擬訂全市商務發展規劃和年度計劃;承擔有關商務綜合統計、分析、信息發布及業務考核工作;承擔內外貿各項業務資金、專項資金的管理工作;負責局機關財務、國有資產管理工作;指導局所屬單位財務、國有資產管理工作。
(五)市場秩序科。承擔牽頭協調整頓和規範市場經濟秩序的相關工作;擬訂規範市場運行、流通秩序的政策;推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售;建立市場誠信公***服務平臺;參與組織打擊侵犯知識產權、商業欺詐等工作;負責生豬屠宰業的監督管理，組織實施放心肉服務體系建設。
(六)市場體系建設科。組織擬訂健全規範市場體系的政策措施;推進流通標準化;牽頭組織規範零售企業促銷行為;指導大宗產品批發市場規劃和城市商業網點規劃、商業體系建設;推進農村市場和農產品流通體系建設;按規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通、舊貨流通等特殊流通行業進行監督管理;承擔報廢汽車回收(含拆解)行業的監督管理和汽車以舊換新工作;承擔設立直銷企業審核上報相關工作。
(七)商貿服務管理科。承擔商貿服務業(含餐飲業、住宿業、國內展覽業、家政服務業)的行業管理工作;推動連鎖經營、商業特許經營等現代流通方式的發展;指導流通企業改革、社區商業發展、流通領域節能降耗工作;提出促進商貿中小企業發展的政策建議;擬訂再生資源回收行業發展規劃、政策並組織實施，管理再生資源回收工作。
(八)市場運行調節科。監測分析市場運行和商品供求狀況，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導;承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作;按規定負責重要消費品(含肉類、食糖、小包裝食品等)儲備管理和市場調控的相關工作;承擔重要生產資料流通和酒類流通管理工作;負責調度節日市場供應工作;擬訂發展電子商務的政策和發展規劃，指導行業信息化建設工作。
(九)物流管理科。負責擬訂物流業發展政策，組織、規劃、協調、指導現代物流業發展，指導工商企業優化供應鏈管理;負責物流信息網絡建設，組織實施公***物流信息平臺、專業物流信息系統與企業物流信息系統對接;負責所屬企業管理服務和安全生產監管工作。
(十)對外貿易科。按規定負責審核和監督管理重要工業品、原材料和重要農產品(糧食、棉花除外)進出口計劃及配額;承辦進出口商品配額投標企業資格的初審工作;按規定審核上報部分進出口商品配額及進出口許可證;承辦對外貿易經營者備案登記和國際貨運代理企業備案登記工作;指導監督交易會、洽談會等貿易促進活動和對外貿易促進體系建設;按規定審核和管理外國及港澳臺非企業經濟組織駐我市代表機構。
(十壹)市機電產品進出口辦公室。擬訂機電產品進出口發展規劃、政策並組織實施;依據國家產業政策調整機電產品進出口結構;負責機電產品進出口申報、審核和管理工作;指導協調大型成套設備出口，維護機電產品進出口秩序;組織企業開拓機電產品國際市場;監督、協調全市機電產品國際招標投標工作。
(十二)科技發展與技術進出口科。擬訂技術貿易發展規劃、政策並組織實施;組織實施“科技興貿”戰略相關工作，承擔技術進出口管理、高新技術產品貿易促進工作;指導管理加工貿易，按規定核準加工貿易業務;按規定承擔兩用物項、易制毒化學品進出口管理及出口管制和最終用戶管理工作;推進進出口貿易標準化工作。
(十三)進出口公平貿易與產業損害調查科(掛服務貿易科牌子)。會同有關部門擬訂我市反傾銷、反補貼、保障措施及其他與進出口公平貿易相關的政策;組織協調涉及我市的反傾銷、反補貼和保障措施及其他進出口公平貿易應訴及相關工作，建立市內進出口公平貿易預警機制;指導、協調全市企業對進口產品發起的反傾銷、反補貼和保障措施調查;調查收集國外對我市出口產品實施的歧視性貿易政策、法律法規及其做法，並提出應對措施;建立完善進出口公平貿易信息庫;協助上級商務部門組織開展對外貿易壁壘調查、產業損害調查相關工作;建立並完善產業損害預警機制，開展產業競爭力調查、產業安全應對與效果評估，指導產業安全應對工作;建立貿易救濟援助制度，支持受損產業恢復發展;跟蹤評估實施貿易救濟措施對我市相關產業的影響。牽頭擬訂全市服務貿易發展規劃、政策並組織實施;建立全市服務貿易管理體系;承擔服務貿易促進工作，推動新興服務貿易出口，促進國際服務業向我市轉移;推進“服務貿易示範區”建設;承擔服務貿易統計工作。
(十四)外商投資促進科。擬訂全市吸引外商投資的發展戰略、規劃和政策並組織實施;會同有關部門編制發布全市對外合作重點項目;組織實施全市產業招商工作和境內外重大外商投資促進活動;指導全市外商投資促進工作;推進與香港、澳門特別行政區和臺灣地區的經貿合作，組織實施我市對臺通商工作;負責與我國各駐外領事館經商處(室)的業務聯系。
(十五)外商投資管理科。管理全市外商投資工作，參與擬訂全市外商投資產業指導目錄;按權限核準和審核外商投資企業的設立及變更事項，依法監督和檢查外商投資企業執行有關法律法規規章、合同章程情況並協調解決有關問題;按權限核準和審核外商並購市內企業;指導、管理外商投資企業進出口工作;協調外商投訴處理工作;牽頭擬訂促進服務外包發展的規劃、政策並組織實施，推動服務外包平臺建設。
(十六)境外投資管理科。擬訂全市“走出去”發展規劃、政策並組織實施;擬訂境外投資的管理辦法和具體政策;依法審核上報市內企業對外投資開辦企業(金融企業除外);組織實施境外各類資源開發、優勢產能轉移、跨國並購等境外投資合作工作;指導協調境外經貿合作區建設有關工作。
(十七)對外經濟合作科。擬訂促進對外經濟合作的政策並組織實施;依法管理和監督對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務;審核對外承包工程經營資格、對外勞務合作經營資格;承辦對外勞務合作項目的審查備案工作;按規定負責外派勞務和境外就業人員的權益保護工作;審核、管理我市承辦的國家對外援助項目，管理多雙邊及國外民間組織對我市提供的無償援助和贈款項目(不含財政合作項下外國政府及國際金融組織對我市贈款)。
(十八)開發區管理科。會同有關部門擬訂全市經濟開發區、保稅港區、保稅區、出口加工區、保稅物流中心等發展規劃、政策;且負責國家級、省級經濟技術開發區設立的審核上報工作;負責省級經濟開發區的綜合協調和產業發展規劃組織實施;負責省級經濟開發區的綜合評價、統計和考核工作。