法律依據:《中華人民共和國國家稅務總局關於實施“三證合壹”登記制度改革的通知》三。有效規範“三證合壹”相關工作流程
工商登記“壹個窗口”統壹受理申請後，申請材料和登記信息將在各部門之間共享，各部門數據互通，檔案互認。各級稅務機關要加強與登記機關的溝通協調，確保登記信息采集準確、完整。
省級稅務機關在交換平臺獲取的“三證合壹”企業註冊信息，按企業住所(以統壹代碼為標識)逐戶分配給縣(區)稅務機關；縣(區)稅務機關確認分配有誤的，退回市(地)稅務機關，由市(地)稅務機關重新分配；省級稅務機關不能直接分配到縣(區)稅務機關的，分配到市(地)稅務機關，由市(地)稅務機關分配到縣(區)稅務機關。
稅務機關不會再次采集工商登記中采集的信息；其他必要的涉稅基礎信息可在企業辦理涉稅事項時及時收集並陸續填寫。如有變更，企業應直接向稅務機關申報變更，稅務機關應及時更新稅務系統中的企業信息。
實行“三證合壹、壹照壹碼”登記模式的企業，須先向稅務機關申報清稅，填寫清稅申報表(附後)。企業可以向國稅或地稅的稅務機關申報納稅。稅務機關受理後，應同時將企業完稅申報信息傳遞給對方稅務機關。國稅、地稅稅務機關根據各自職責分別清繳稅款，限時辦理。清稅完成後，壹方稅務機關及時將本部門的清稅結果信息反饋給受理稅務機關，受理稅務機關根據國稅、地稅的清稅結果統壹向納稅人開具清稅憑證，並在交換平臺共享信息。
稅務機關要對納稅人的納稅申報進行分類，擴大即時結算的範圍。根據企業的經營規模、稅收征收方式、納稅信用等級指標等進行風險分析，對風險等級較低的，當場辦理稅務清算手續；如有疑問，企業也可提供稅務中介服務機構出具的鑒定報告。稅務機關在核查檢查過程中，發現有偷、逃、騙、抗稅或者虛開發票嫌疑，或者需要進行納稅調整等情形的，處理時限自然會暫停。稅款清理後，通過舉報等線索發現少報或少繳稅款的，稅務機關將把相關信息傳送給登記機關，納入黑名單管理。
過渡期內，未換發“三證合壹、壹照壹碼”營業執照的企業申請註銷，稅務機關仍按原規定辦理。