本專業學生畢業後可在醫療衛生部門、醫療器械設計生產部門及其他企事業單位從事各種信息系統和計算機軟件系統的應用、設計、開發、維護和評價工作。也可以在醫學科研機構和醫學院校從事科研和教學工作。主要面向電子信息和醫學信息科研院所、醫療衛生單位、生物醫藥電子信息企業等。，從事科研、開發、應用設計制造、設備管理和銷售。
醫學信息工程專業的就業前景
醫學信息工程專業主要滿足醫學信息化人才的社會需求，培養能夠系統掌握信息管理、信息系統分析設計方法和信息分析利用的知識和能力，能夠在國家各級醫療衛生管理部門和相關領域企事業單位從事信息管理、信息系統分析設計、實施管理與評價、醫學信息學研究的應用型專門人才。中國有13億人口，人口老齡化越來越嚴重。隨著時代的發展，醫療系統的信息化是大趨勢。目前，中小醫院還很不完善，制度很落後。需要這樣的人才來改造這個體系。
中國在科技方面不如其他很多國家，很大程度上是因為在技術領域過於專業化，缺乏跨學科人才。這個專業屬於醫學和工程學的交叉，大大提高了邏輯思維和批判性思維的能力。