納稅人申請使用網上認證方式，應先與選定的技術服務單位簽訂技術服務合同，並於技術服務合同簽訂當月持以下資料到主管區(分局)國家稅務局辦理備案手續:
1，稅務登記證復印件(原件和復印件)；
2.技術服務合同；
3.增值稅專用發票申請抵扣網上認證方式備案表。
納稅人完成備案手續後，即可使用網上認證方式。
處理說明
1.管理員登錄:啟動在線認證系統，以系統管理員身份登錄。
2.參數設置:選擇連接到電腦的掃描儀型號，查看網絡參數。
3.新建企業:連接網絡，通過企業的稅務識別號新建企業。
4.設置操作員:為日常業務處理增加壹個操作員。
5.操作員登錄:以普通操作員身份登錄系統。
6.發票錄入:掃描或手工錄入發票。
7.認證發送:確認發票輸入正確後，使用“認證發送”功能發送待認證發票。
8.認證反饋:點擊工具欄中的“認證反饋”按鈕，獲取認證結果。
9.選擇“幫助-系統幫助”以獲得更詳細的系統幫助。
詳見深圳交通大學龍山在線認證系統用戶手冊和深圳中水華通在線認證系統用戶手冊。
需要註意的事項
1，網上認證的實施以納稅人自願為原則，納稅人可以自行選擇，即納稅人可以選擇網上認證的方式，也可以繼續使用原來的直接到稅務機關前臺進行認證的方式。
2.網上認證的實施采用市場規則，軟件必須使用我局認可的兩家軟件開發公司的網上認證軟件。納稅人可以自由選擇使用其中壹家的軟件。
3.網上認證方式的運行管理標準按照《深圳市增值稅專用發票抵扣信息企業采集方式管理辦法(試行)》執行。
4.采用網上認證方式的納稅人，每月通過網上認證軟件抵扣防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，生成電子數據，並在每月最後壹個有效工作日之前傳輸或報送稅務機關，稅務機關對納稅人傳輸或報送的電子數據進行解密認證。
因網上認證軟件或硬件設施損壞，納稅人無法在當月最後壹個有效工作日完成電子數據傳輸或報送的，納稅人也可持專用發票原件(抵扣聯)到主管區(支)局進行認證。
5.采用網上認證方式的納稅人，必須按照規定進行認證和申報扣除，不得重復認證。
未經認證和認證不合格的專用發票不得申報抵扣；當月認證的專用發票，當期申報抵扣。
采用網上認證方式的納稅人，必須自專用發票開具之日起90日內，將專用發票(抵扣聯)電子數據報送稅務機關認證。逾期未認證的，不得抵扣進項稅額。
6.納稅人通過網上認證軟件接收稅務機關認證結果數據，自行打印認證結果清單作為納稅申報資料；同時將當月通過認證並符合抵扣條件的專用發票(抵扣聯)作為當期抵扣憑證，按照增值稅納稅申報規定進行納稅申報；並將專用發票(抵扣)正本按認證結果清單順序裝訂成冊，壹式二十五份備查。
7.對首次認證失敗的專用發票(抵扣聯)，納稅人應根據票面信息核對修改後重新報送。
修改後重新提交的抵扣聯電子數據仍未通過認證的，納稅人須在兩個工作日內攜帶專用發票(抵扣聯)原件到主管區(分局)局征收大廳進行現場認證。
8.未認證專用發票丟失的納稅人，不予網上認證認證，必須按照《中華人民共和國國家稅務總局關於增值稅壹般納稅人防偽稅控系統開具的增值稅專用發票丟失稅務處理問題的文件通知》(國稅發200210)辦理。