各國信用擔保機構在業務運作中十分註重對風險進行防範與控制，其防範與控制機制主要有以下幾種。
(壹)減弱信息的不對稱性
美國采用以企業信息披露制度、資信評估制度為中心的公開型交易。日本采用的是以主辦銀行制度為中心的相對型交易。由於企業與主辦銀行相互了解甚深，保持著密切關系，緩和了在交易過程中特有的信息不對稱的矛盾，因此使得融資的審核、管理能夠比較容易進行，而且也降低了所需花費的成本。這兩種制度因其公正性、可靠性、經濟合理性而被銀行普遍采用。
(二)建立內部控制制度
美國SBA(小企業局)，根據金融機構的小企業貸款經驗和業績，將參與擔保貸款計劃的貸款機構分為首選貸款機構、註冊貸款機構和普通貸款機構三類，並據此采取不同的審批程序。首選貸款機構選自全國最好的金融機構，可代表SBA自行決定擔保貸款，但享受較低的擔保比例(約占SBA擔保總額的lo%)。SBA每兩年復查壹次其授權情況，並定期檢查其貸款組合。註冊貸款機構是較多參與SBA擔保貸款計劃，並符合壹定條件的金融機構，辦理的貸款占SBA擔保貸款的1/3。SBA對貸款機構部分授權，並保證在三天內對其擔保申請作出快速答復。普通貸款機構則無SBA的特別授權，其貸款擔保申請需經較嚴格的審批程序。日本、韓國的信用擔保機構都實行分級負責制，對本機構各級管理人員規定了相應的擔保審批決策權，實行嚴格的審、保、償分離制度。
(三)建立風險補償機制
風險補償機制可從外部補償和內部補償兩個方面考慮。外部補償，美國、日本、韓國每年以預算撥款的方式補償擔保機構的損失。SBA對貸款機構在擔保限額內遭受的違約損失進行補償，但小企業作為借款方仍有償還全部貸款的義務，SBA有權追索企業所欠的債務。內部補償，即通過建立風險準備金制度，以風險準備金彌補代償損失。日本信用保證協會計提的風險準備金包括責任準備金、追償準備金和普通準備金，分別用於代償支出準備、彌補擔保呆賬損失和沖抵基金將來可能出現的虧損。
(四)建立風險轉移機制
風險轉移機制可以從兩個方面來考慮：壹是通過建立反擔保措施轉嫁風險。反擔保措施是指要求受保企業提供反擔保人或提供擔保品，通常對取得大額貸款的受保企業或長期貸款的受保企業才要求提供反擔保措施，對小額流動資金則免之。日本信用保證機構對擔保金額在2000萬日元以上或擔保期限在1年以上的，才要求提供擔保品。韓國為中小企業提供信用擔保時，不要求申請人有擔保品提供反擔保，而且在大多數情況下，申請人無需有擔保人提供擔保。二是建立擔保再保險。日本信用擔保協會與信用保險公庫簽訂了壹攬子保險合同，並按壹定比例向保險公庫支付保險費後，當發生代償時，便可以得到保險公庫代償額的70%—80%補償，從而大大降低了擔保風險。
(五)實行監控與咨詢服務相結合
擔保機構除了進行擔保和融資咨詢，監控貸款項目運行情況外，還發揮中介機構的作用，為企業提供經營咨詢服務，發現問題及時解決。如美國的中小企業信貸保證計劃的執行機構下設“退休經理服務隊”，由有經驗的退休經理和技術人員組成，專門為中小企業經營管理提供咨詢。日本有200多家公立試驗機構，聘用有經驗的工程師擔任顧問，為中小企業的產品、技術可行性研究和試驗提供具體指導等。這些機構都為中小企業信用協會服務。中國臺灣省的金融機構聯合成立了幾家中小企業輔導中心，為中小企業提供咨詢服務。這些咨詢服務不僅提高了中小企業償還債務的能力，降低了擔保損失，還促進了中小企業的健康發展。