公元1235年，蒙古人第壹次南侵，被擊退。不甘失敗的蒙古軍於次年九月和第三年兩次南侵，戰線幾乎逼近長江北岸。由於宋軍英勇作戰，打敗了蒙古人，他又壹次挫敗了蒙古人渡江的企圖。隨後，南宋軍民在抗蒙將領孟珙、於傑的指揮下，多次擊敗蒙古軍，迫使其繞道而行。公元1259年，蒙古可汗蒙哥在湛河州被宋軍的箭射傷，死於軍中。他的兄弟忽必烈在鄂州與宋軍打仗。他聞訊後，立即準備撤軍，以便奪取可汗的位置。這時，南宋權臣賈思道派人與忽必烈講和，確保和平。就這樣，忽必烈直接回到北方自立了。
公元1267年，忽必烈為了襄樊之戰，下令攻打南宋重鎮襄陽。宋軍利用漢水源源不斷地向城內輸送資金，以保住這座城市。守將、呂守城六年，賈似道遣範、助戰，二人不和。賈似道封鎖了蒙古南侵的所有消息，皇帝也不知道這件事。1271年，忽必烈汗在中原開國，國號元。1272年，張順、張貴誌願軍與元軍浴血奮戰。1273年，樊城失陷，襄陽城破，宋軍巷戰不斷，呂終於投降，六年襄陽保衛戰結束。
1276年，元軍攻陷南宋都城臨安(今杭州)，俘虜了5歲的南宋恭宗皇帝。南宋主要政權宣告滅亡。
後來南宋殘余勢力如陸秀夫、文天祥、張士傑等相繼建立了兩個年輕皇帝(端宗和遊助)，並設立了小朝廷。元軍追擊小皇帝，逃往南方。經過香港後，端宗病死並另立少爺，逃到新會到了南海。文天祥在海豐戰敗被俘，張士傑戰船沈沒。南宋絕望的殘余勢力終於隨著崖山海戰的失敗和1279年3月剛滿八歲的陸秀夫小皇帝的去世而滅亡，與蒙元王朝長達40余年的競爭宣告結束。