第五次全國經濟普查登記方法是全面調查、抽樣調查。
全國經濟普查條例》規定，經濟普查采用全面調查的方法，但對小微企業、個體經營戶的生產經營情況等可以采用抽樣調查的方法。對轄區內全部法人單位、產業活動單位和從事第二、三產業的個體經營戶進行全面清查，然後對法人單位和產業活動單位在全面清查的基礎上進行普查登記，對個體經營戶在全面清查的基礎上進行抽樣調查。
普查數據將嚴格保密，僅用於普查目的，不作為對經濟普查對象實施處罰的依據。各級普查機構及普查人員將對普查對象所提供的信息嚴格保密，這些數據僅用於普查目的，不作為對普查對象實施行政許可、行政處罰等具體行政行為的依據。
經濟普查註意事項
1、保密原則：普查人員必須嚴格遵守保密規定，保護被調查單位的信息安全，確保商業秘密和個人信息不被泄露。
2、準確填報：被調查單位應如實、準確地填報普查表格，確保數據的真實性和準確性。
3、及時性：按照普查時間節點，被調查單位應按時完成普查表的填報和提交工作。
4、完整性：普查表格的填寫應全面、完整，不得有遺漏，確保普查數據的完整性。
5、合規性：普查過程中應遵守相關法律法規，不得有違法行為，如拒絕普查、提供虛假信息等。
以上內容參考百度百科-全國經濟普查條例