甘肅省農業科研機構的設置，始於清代末年，當時僅有小型的農業試驗場。民國年間，成立農業改進所。中華人民***和國成立後，在省委、省政府的領導下，特別是改革開放以來，隨著農業和農業科技事業的發展，甘肅省農業科學院得以不斷發展壯大，逐步臻於完善。
壹、中華人民***和國成立前的概況
清光緒32年（1906年），甘肅省在蘭州西貢院設南北農業試驗場，翌年在蘭州小西湖設試驗外場。清宣統三年（1911年）兩場停辦。民國2年（1913年），西貢院農試場重新開辦。民國17年（1928年）以西貢院農試場為基礎，改設為第壹農事試驗場，並在天水、平涼、武威、張掖、酒泉分別設立第二、三、四、五、六農事試驗場，在蘭州廟灘子設河北農事試驗場。
民國27年（1938年），經甘肅省政府核定將經濟部西北種畜場、甘肅省第壹農事試驗場、蘭州小西湖苗圃等機構合並改組成立甘肅省農業改進所，下設農藝、園藝、病蟲害、保土、森林、畜牧、推廣、農經、農業化學、墾殖等專業組。省建設廳長陳體誠兼任所長，楊著誠任副所長。
民國28年（1939年），甘肅省農業改進所所址遷入蘭州雁灘農場。所部設農藝、森林、農政、畜牧獸醫、植物病蟲、土壤肥料6個組，並接收徽縣、成縣、定西、臨洮、靖遠、武威6個縣苗圃及天水、平涼、岷縣3個農場，將經濟部西北種畜場改為甘坪寺種畜場。由省建設廳長李世軍兼任所長，程景皓為副所長。12月，為責任專壹，甘肅省政府委任李茂代理所長。
民國29年（1940年），甘肅省農業改進所與行政院農產促進委員會合作辦理農業推廣事宜，所內增設農業推廣處，並設榆中農推試驗縣辦事處及天水、涇川、臨洮3個農業推廣所，1月，在岷縣、平涼、張掖分別設第壹、二、三區農試場。
民國30年（1941年），甘肅省農業改進所下增設臯蘭農試場和蘭州農業推廣所，並從浙江大學農學院聘請壹批農業科技人員來甘肅工作，增強了試驗研究和技術推廣力量。
民國31年（1942年），甘肅省政府為配合抗（日）建（國）大業，增產食糧，對農改所充實人員，增加經費，調整組織。委任汪國輿任所長，王金銘任副所長。所內分設總務、會計、技術3個室。技術室下設園藝、農藝、森林、病蟲害、保土、推廣6個組。附屬機構有張掖、平涼、岷縣3個區農場，甘坪寺種畜場，蘭州、臨洮、天水、徽縣、靖遠、涇川、榆中、平涼、張掖9個農業推廣所，臯蘭、天水、徽縣、靖遠、涇川、張掖、高臺、臨澤、敦煌、成縣10個植棉辦事處。
民國32年（1943年），甘肅農業改進所為集中力量進行各項農林畜牧實驗工作，將下設的雁灘農場改為農林實驗總場，並設張家寺實驗分場。為分區進行農林實驗工作，將所屬的張掖、岷縣、平涼3個區農場分別改組為河西區、洮岷區、隴東區3個農林實驗場。增設隴南區農林實驗場（設在天水）和臯蘭、岷縣、武威、永登4個農業推廣所及獸醫防治大隊壹隊。甘坪寺種畜場改為“甘肅省甘坪寺種畜場”。所屬的臯蘭、定西、徽縣、靖遠、平涼、張掖、武威、臨洮8座中心苗圃，分別改為縣苗圃，交各縣府管理。雁灘苗圃改隸甘肅省造林會。各縣植棉機構撤銷，業務由推廣所兼辦。
民國34年（1945年），為增強推廣事宜，所下增設酒泉、清水、靜寧3個農業推廣所。王金銘升任甘肅農業改進所所長。民國35年（1946年）秋，王金銘辭職，所長暫由建設廳長張心壹兼理，後由陳元昌代理。
民國36年（1947年）張桂海任甘肅農業改進所所長；民國37年（1948年）袁義田、劉宗向任副所長，並同時成立隴西、渭源、成縣、甘谷等4個推廣所。1946年，甘肅農業改進所的總人數由建所初的16人增加到134人，其中技術人員95人。
建國前夕，甘肅農業改進所機構設置有：技術室、推廣處、總務處、會計室、出納股、文書股、庶務股；農藝、園藝、病蟲害防治、森林、保土等專業組及雁灘實驗區；下屬機構有18個縣農業技術推廣所和河西、隴東、洮岷、隴南4個區農林實驗場，張家寺農場，雁灘農林實驗總場。
二、中華人民***和國成立後的概況
1949年中華人民***和國成立後，甘肅農業科技事業的發展和科研機構的演變大體經歷了四個階段：
1.穩步發展階段（1949年—1965年）
1949年8月31日，中國人民解放軍蘭州市軍事管制委員會接管甘肅農業改進所，同年10月25日，甘肅行政公署第壹次專員聯席會議決定恢復甘肅農業改進所。1950年2月後改名為甘肅省人民政府農林廳農業改進所。
1952年，在甘肅農業改進所的基礎上，分別在蘭州市安寧區劉家堡成立了甘肅省農林廳農業試驗總場，下設經管股、技術股、推廣股及甘谷、平涼兩個直屬試驗分場；在雁灘成立了甘肅省農林廳園藝試驗總場（1957年遷至榆中），在武威、天水設園藝試驗分場。到1957年底，已建立省、地兩級農業試驗場、站***8處，分布在蘭州、定西、西峰、甘谷、武都、臨夏、甘南、張掖等地區。另外，在安西設立棉花試驗站（後改為中國農科院河西走廊棉花試驗站）；徽縣設立蠶桑試驗站；文縣設立草坪藥物試驗場。截止1957年，全省已有農業、園藝技術幹部147人，其中：相當大學程度的67人，技術輔助人員71人。
1958年10月5日，在甘肅省農林廳農業試驗總場和甘肅省農林廳園藝試驗總場的基礎上，在武威黃羊鎮成立甘肅省農業科學研究所，省人民委員會任命馮祖述為所長。同年12月25日，甘肅省農業科學研究所擴建為甘肅農業科學院（地級），隸屬於省人民政府領導，與甘肅農業大學合設壹個黨委（1959年院、校分設黨委），並代管省上設在黃羊鎮的水利、畜牧、農業機械3個中專學校（1963年取消領導關系）。農科院下設的行政組織機構有：黨委辦公室（包括秘書、組織、宣傳、保衛、***青團委等）、院辦公室、科學技術工作處（附設科學情報科）、總務處（下設財務科、基建科、夥管科、總務科）、人事處；業務機構設有：糧食作物、經濟作物、棉花、園藝、土壤肥料、植物保護、林業、畜牧獸醫（代管）、農業機械（代管）等9個專業研究所，水利、畜牧、農業經濟、新技術4個研究室（組），綜合化驗室及蘭州、黃羊試驗農場、榆中園藝試驗場。農科院各專業所還在全省選有代表性的地區設立專業或綜合性農村基點，成為農業科學研究試驗、示範、推廣的前哨陣地和先進農業科學技術的輻射源。
1960年—-1962年國民經濟困難時期，在全省大規模精簡機構下放幹部中，全院職工由1961年8月的548人精簡下放到1962年4月的138人。農業科研工作受到較大的影響。1962年5月，經濟作物研究所並入糧食作物研究所，改為作物研究所。同年9月，黨的八屆十中全會召開，決定加強農業科研工作，停止下放幹部，已經下放到基層的科技人員，絕大多數陸續回到原工作單位，情況得以好轉。1963年3月，鑒於黃羊鎮在氣候、水電設備條件及社會條件對發展農業科研的局限性，經中***甘肅省委批準，甘肅農業科學院由武威黃羊鎮遷入蘭州安寧區劉家堡，院部和作物研究所暫借蘭州師範專科學校兩個單元的宿舍樓辦公，園藝所、植保所在邱家灣玻璃廠舊址住宿辦公。1964年經國家農業部批準，由中國農業科學院和甘肅農業科學院***同在甘谷建立了“甘谷小麥銹病試驗站”（1966年“文革”開始後撤銷）。1965年9月院部又遷到邱家灣玻璃廠舊址，與園藝、植物保護兩個研究所壹起辦公，並在此基礎上建設新院址。
1957年—1965年，全省各地區壹級的農業科學研究所也在原地區試驗場(站)的基礎上先後擴建而成。擴建的時間是：1957年慶陽地區農科所，1958年武都地區農科所和蘭州市農科所，1959年臨夏回族自治州綜合農業研究所和張掖地區、平涼地區、定西地區農科所，1960年天水地區農科所，1963年酒泉地區農科所，1965年武威地區農科所。從1963年到1966年“文革”開始前，各地、州、市農科所的行政、人事由所在地區農（林）牧局領導，科研業務和經費由省農科院領導（“文革”開始以後到1985年，省農科院和地區所之間的業務領導關系中斷）。至此，全省農業科研工作已形成體系，農業科研機構已具備相當規模，農業科技力量不斷壯大，為我省農業科學事業的快速發展創建了良好條件。
這壹時期在甘肅農業科學院任職的院領導有：1959年6月，省委書記處書記、副省長張鵬圖兼任院黨委書記、院長，王世傑任副書記、副院長，主持工作；1960年劉衛民任副書記、楊誌賢任副院長；1965年龔復興任書記，白彥博、吳治國任副院長。
2、文化大革命階段（1966年—1976年）
1966年，“文革”開始後，農科院的科技人員大多集中在院部參加“文化大革命”，科研工作基本處於停頓狀態。1967年2月5日，農科院職工群眾組織奪了院、所的領導權，由院、所職工群眾推選代表組成“甘肅農科院臨時生產管理委員會”，領導全院的科研生產工作。1968年4月11日，甘肅省革命委員會批準將“甘肅農業科學院”改稱為“甘肅省農業科學院”，並成立甘肅省農業科學院革命委員會，原農科院副院長白彥博任革委會主任，各專業研究所、試驗場分別成立革命領導小組。同年10月31日，按照省革命委員會指示，甘肅省農業科學院又遷回武威黃羊鎮，辦“五七幹校”，搞“鬥、批、改”。1969年2月4日，甘肅省革命委員會決定，撤銷甘肅省農業科學院。
1969年10月，在原甘肅省農業科學院的基礎上成立甘肅省農牧業管理局下屬的甘肅省農業科技工作隊（縣級）革命委員會籌備小組，各專業研究所隨之解體，大批科技人員下放“幹校”勞動或被強迫退職和遣返回家，科技力量被嚴重削弱。1970年初，農業科技工作隊革委員籌備小組按農村基點的布局組建了河西、中部、隴東、隴南4個黨支部，分片管理所在地區的農村基點。同年9月2日，省革命委員會決定將張掖九公裏“五七幹校”（即園藝場）壹部分（土地2100畝，果樹2萬余株，職工72人）劃歸甘肅省農業科技工作隊。1971年1月，甘肅省農業科技工作隊革命委員會正式成立，解放軍“三支兩軍”代表劉洪生任書記，段亞君任主任。下設：政工組，辦事組，業務組，甘谷、黃羊兩個農藥實驗組，林業規劃組，張掖、黃羊、蘭州3個試驗場。農業科技人員主要是下農村幫助社隊搞生產、“學大寨”。1972年9月，榆中園藝場劃歸省科技隊領導。同年12月，在甘肅省農業科技工作隊的基礎上恢復縣級建制的甘肅省農業科學院，隸屬省農業局領導。1973年7月3日，根據甘肅省農業局指示，中***甘肅省農業科學院委員會研究決定，恢復糧食作物、土壤肥料、植物保護、園藝4個專業研究所，民勤治沙站也劃歸省農科院領導。1975年又建立經濟作物和林業兩個研究所，張掖九公裏園藝場全部劃歸省農業科學院。1975年6月，甘肅省農業科學院由縣級改為地級，隸屬省農業廳領導，丁惠民任黨委副書記、革委會第壹副主任。1976年1月，院行政機構改設為政治處、辦公室、業務處、後勤處。
這壹時期，甘肅省農業科學院走過了壹段曲折的道路。機構經歷了壹個被撤銷、改並和恢復的歷程，隊伍經歷了壹個被遣散、下放和收回的過程，試驗研究工作在相當長的壹段時間內處於停頓狀態，農業科研工作受到了嚴重的影響。
3、整頓提高階段（1977年—1985年）
1978年，甘肅省科學大會和全國科學大會的相繼召開，預示著科學的春天已開始回歸祖國大地，黨的十壹屆三中全會為社會主義建設事業的發展指明了前進的方向。甘肅省的農業科技工作，在“經濟建設必須依靠科學技術，科學技術必須面向經濟建設”方針的指引下，蓬勃地向前發展。
1978年8月，甘肅省農業科學院在《甘肅農業科技》編輯組和圖書資料室的基礎上，成立了科技情報研究所；同時將林業科學研究所和民勤治沙站劃歸省林業廳領導。同年10月，將園藝所分解為果樹研究所和蔬菜研究所。1979年1月，經中***甘肅省委批準，撤銷省農科院革命委員會，實行黨委領導下的院長分工負責制。任命王克為黨委書記，張作良任院長。同年4月，院水產組擴建為水產研究所。
1982年，經甘肅省人民政府批準，省農科院院址再次由武威黃羊鎮遷回蘭州市安寧區劉家堡，黨務及幹部隸屬省委農村工作部管理，業務和財務歸省農業廳領導。是年，為解決中部幹旱地區的農業生產問題，省農科院在定西唐家堡建立了以旱農為主的綜合治理實驗區，並開展跨省區多學科的協作研究。1983年，按照領導班子“四化”（革命化、年輕化、知識化、專業化）的要求，中***甘肅省委調整了省農科院的領導班子，由高兆興任書記，曹爾昌任院長。新壹屆院領導班子組建後，對農科院科研體制建設和研究任務提出了新的設想意見：確定中部定西幹旱地區、河西灌溉農業區及隴東旱塬區（簡稱兩西壹東）為農科院的科研戰略重點地區，分別建立綜合試驗站（區），開展農業的綜合性研究。
1983年，省委、省政府領導到省農科院現場辦公，決定給農科院撥款450萬元在蘭州集中建院。經過兩年的努力，至1985年，甘肅省農科院的蘭外各專業所均已遷入蘭州，基本完成了集中建院任務。院行政機構設辦公室、科管處、政治處、人事處、計財處、總務處及紀律檢查委員會。研究機構設有：糧食作物、經濟作物、土壤肥料、植物保護、果樹、蔬菜、情報等7個研究所；張掖、黃羊、蘭州、榆中等4個試驗場和壹個中心測試室。同時，在全省各不同生態類型區根據區域農業發展的要求，設有專業或綜合性的固定農村基點13個，短期或季節性試驗基點每年都在30個左右，初步形成了壹個布局較為合理、學科較為齊全的農業科技體系網絡。
這壹期間，甘肅省農業科學院的科技隊伍建設得到了快速發展。1983年省上對農科院的人員編制核定為1420人（其中機關70人，研究所520人，試驗場830人），到1985年實有職工1306人，其中：科技人員445人，占總人數的34.08%；行政管理人員105人，占8.04%；工人756人，占57.88%。科技人員中，高級人員8名，中級116名，初級321名。
4.改革創新階段（1986年—2008年）
這壹時期是甘肅省農業科學院全面貫徹黨的科技方針，解放思想，轉變觀念，深化科技體制改革，創新科研成果，增強自我發展能力，推動甘肅農業和農村經濟快速發展的階段。
1985年，中***中央下發《關於科學技術體制改革的決定》。從改革撥款制度、加速科技成果轉化、大力開拓技術市場、科技進入經濟建設主戰場等方面提出了全面深化科技體制改革的實施意見。此後國家和省委、省政府又相繼下發有關科技體制改革的具體實施意見和辦法。為適應科技體制改革的形式，從1986年開始，省政府每年拿出專項經費，支持搭建省、地兩級農業科研業務指導聯系平臺。實現了全省農業科研的統壹規劃和協作攻關，最大限度的利用和發揮了農業科技資源，促進了我省農業科技事業和農村經濟的快速發展。1987年2月，中***甘肅省委決定張興同誌任甘肅省農科院黨委書記，甘肅省人民政府任命王吉慶同誌為甘肅省農科院院長。與此同時，甘肅省科委提出貫徹國務院頒布的《關於進壹步推進科技體制改革的若幹規定》的意見。1988年6月，中***甘肅省委、省政府作出了《關於加快和深化科技體制改革的決定》，提出進壹步改革科技管理制度，全面推行各種類型的科技承包和經營承包，拓寬技術市場渠道，加速科技向生產轉移，加快企業技術進步等具體規定。
在科技體制改革大潮的推動下，甘肅省農科院各專業研究所陸續開始組織人員成立技術開發服務部，經營各類農作物和瓜菜優良品種，同時繼續參與各種類型的科技承包並開始嘗試有償科技咨詢和科技服務工作。1989年6月甘肅省農科院決定增設“農業科技開發中心”（1992年4月後改稱科技開發辦公室），組織管理和協調全院的科技開發工作。1990年5月，中***甘肅省委決定劉恭同誌任甘肅省農科院黨委書記。隨後院裏和各專業研究所也相繼組建成立：甘肅農業科技開發公司，甘肅省農科院蔬菜所科技服務部，果樹所園藝技術服務部，蘭州四方軟罐頭發展公司，植保所新農藥試驗開發中心，糧作所科技開發實業公司、宏圖科技開發公司、宏達科技開發服務部，經作所庭院經濟科技服務部，海南隴興科技開發實業公司等。1995年5月，中***中央、國務院作出了《關於加速科學技術進步的決定》，並召開了全國科技大會，提出了“科教興國”戰略。同年11月初，經民主選舉，馮應新同誌當選為甘肅省農科院院長。1999年6月，中***甘肅省委、甘肅省人民政府下發《關於促進科技與經濟結合發展高新技術產業的決定》，提出調整科研機構，轉換機制，農業類科技機構要成為開展區域性重大農業科技攻關和新技術研究的農業研究開發中心。在國家和省上有關文件的指導和要求下，經過幾年的發展，到2000年省農科院的科技開發實體已達到12家，分流科技開發人員約90人。同時，在把科技創新貫穿於改革的過程中，各研究所都有了進入市場經濟的窗口，有了自己的主營產品。
為適應全省農業和農村經濟發展以及農業科技創新體系建設的需要，甘肅省農業科學院於2001年4月30日決定，組建“甘肅省農科院生物技術中心”和“甘肅省農科院農產品貯藏加工研究中心”。是年，編制了《甘肅省農業科學院深化科技體制改革方案》，並分步組織實施。為做大、做強科技產業，優化整合重組全院的各類種子開發機構，2002年7月1日，甘肅省農業科學院成立了“甘肅飛天種業股份有限公司”並舉行揭牌儀式。標誌著農科院的科技成果轉化和科技產業開發進入了壹個新的階段，初步形成了集科研、生產、經營壹體化，檢驗、加工、銷售壹條龍的科技產業開發格局。
2003年12月30日，《甘肅省人民政府批轉省科技廳關於進壹步深化省屬開發類科研機構管理體制改革的意見和關於省屬社會公益類科研機構管理體制分類改革實施意見的通知》下發，提出了進壹步深化省屬科研機構管理機制改革的目標和任務，規定了組織領導和實施的原則與辦法。2004年9月，中***甘肅省委決定宋尚有同誌任甘肅省農科院黨委書記。2006年2月，中***甘肅省委決定錢加緒同誌任甘肅省農科院黨委書記；2006年3月，甘肅省人民政府任命宋尚有同誌為甘肅省農科院院長。2006年8月8日，農科院黨政聯席會議研究決定，組建甘肅省農科院馬鈴薯研究所。
經過歷時近20年的探索、實踐、觀察，通過深入調查研究，反復修改，和多次向省委、省政府領導和有關廳局匯報、溝通的基礎上，2006年9月，省政府批復印發了《甘肅省農科院改革方案》，確定農科院以承擔區域農業科技創新，加速科技成果轉化和服務“三農”為主的九大職能；建立以聘用合同制為核心的用人制度，以目標責任和業績效益為主要內容的考核評價制度，以項目為核算單位的新型運行管理機制和符合科研單位特點的分配激勵制度。實行省財政壹級預算，業務歸口省科技廳管理，實行院（所）長負責制。
2006年11月4日，甘肅省機構編制委員會下發《關於核實甘肅省農業科學院及其下屬研究所職能機構編制和領導職數的通知》，核定甘肅省農科院為省政府直屬事業單位，正廳級建制，事業編制800人，內設7個職能處室和1個後勤服務中心，設置12個專業研究所（中心），3個農業試驗站和3個試驗場。具體機構設置，院機關有：辦公室、黨委辦公室、人事處、科研管理處、財務資產管理處、產業開發管理處、離退休職工管理處和後勤服務中心，事業性質，縣級建制。院下屬專業研究所有：作物研究所、馬鈴薯研究所、旱地農業研究所、生物技術研究所、土壤肥料與節水農業研究所、蔬菜研究所、林果花卉研究所、植物保護研究所、農產品貯藏加工研究所、畜牧品種改良研究所、啤酒原料研究所和科技信息中心，以上均為事業性質，縣級建制。三個試驗站是：甘肅省農業科學院張掖節水農業試驗站、榆中高寒農業試驗站、黃羊麥類作物育種試驗站，均為事業性質，科級建制。三個試驗場為：甘肅省農業科學院張掖試驗場、榆中園藝試驗場和黃羊試驗場，各試驗場整體轉制為科技型企業。同時，撤銷甘肅省農業科學院糧食作物研究所、經濟作物研究所，農業測試中心和蘭州試驗場。
2007年，按照省政府批準的《甘肅省農科院改革方案》和省編委核定的《甘肅省農科院及下屬研究所職能機構編制》方案，理順了財政撥款渠道，優化了內部管理機構，完善了專業學科設置，解決了轉企單位的職工供養問題，實施了工作人員定員招聘，建立了新型運行機制，至此，甘肅省農業科學院機構改革的任務基本完成。《改革方案》的落實，標誌著農科院科技體制改革取得了歷史性的突破，內部機構及學科設置更趨合理，不僅為提高農科院的科技創新能力，加快農業科技創新體系建設，打下了堅實基礎，也為新時期、新階段全省社會主義新農村建設和現代農業的發展提供了科技支撐和保證。
2008年1月18日，省長徐守盛、副省長陸武成及省上有關部門領導來甘肅省農科院現場辦公，確定立項投資修建甘肅省農科院創新大廈，使甘肅省農科院實現了由求生存向求發展的重大轉變。