項目負責人(簡稱項目實施者)是整個SEIS項目的具體負責人，是項目領導小組成員，由SEIS項目領導小組任命(提名)，並報外經貿部和OECF備案。第六條國家信息中心貸款管理辦公室是在SEIS項目領導小組領導下負責本項目具體實施的管理和協調機構，也是負責與日本OECF、外國咨詢機構和外經貿部聯系的窗口。第七條部委主管部門和省市項目單位領導負責建立健全本單位SEIS項目工作的領導和管理體系，成立部委和省市項目領導小組，明確部委和省市項目負責人，成立部委和市SEIS項目管理機構和系統開發運行團隊，明確分工和責任。各部、省、市項目單位也應對其他使用日元貸款的單位提出同樣的要求。第八條項目實施期間，有關部委和省、市項目單位設立的機構和項目負責人及技術業務骨幹必須相對穩定。項目負責人發生變更的，應當立即向國家信息中心和主管部門報告。第三章項目實施第九條利用第三批日元貸款建設國家經濟信息系統項目計劃由國家信息中心制定，經國家計委同意，並報日本OECF批準，是指導系統建設的依據。所有使用日元貸款的單位都必須根據總體規劃的要求進行基礎設計和詳細設計，並按計劃組織系統的開發和建設，以保證整個系統建設的質量和進度。第十條貸款辦負責制定利用第三批日元貸款建設國家經濟信息系統總體方案的設計、編程、測試、驗收等規範性文本，為部、省、市明確各業務系統的信息需求，提供信息交流、協調和技術指導。負責項目總體方案、基本設計、詳細設計和方案設計的總結、評估和協調；組織有關部委和省市項目單位依據基礎設計書進行項目驗收。第十壹條在制度設計和項目實施過程中，有關部委和省、市項目單位必須遵循貸款辦制定或推薦的標準和規範。第四章項目管理和檢查第十二條本項目資金正式使用前，部委、省市項目單位和國家信息中心應簽署項目實施協議。協議的內容包括明確日元貸款金額、信息交流和還款的權利和義務。協議由國家信息中心與各部委、省市項目單位法定代表人或其委托的項目負責人簽署，簽署的項目實施協議經公證後生效。第十三條部委、省級和市級項目單位根據各自項目的實施計劃制定年度項目進度和計劃，年度計劃應於上年11.30日前上報國家信息中心。項目年度計劃(包括項目進度計劃、資金使用計劃、設備采購計劃、咨詢培訓計劃等。)由國家信息中心編制並提交項目領導小組討論，經批準後實施。第十四條各有關部委和省市項目單位在項目實施過程中，必須按要求填報SEIS項目管理統計表和其他各種報表，並及時報告項目實施進展情況。經綜合整理後，國家信息中心貸款辦公室每半年(每年2月和8月)向OECF和國內相關部門提交項目半年度進展報告。第十五條為確保項目目標的實現，國家信息中心貸款辦公室將按照有關規定，定期對各部委、各省市的貸款工作進行監督檢查。各有關單位應當協助檢查組，並提供相關資料。檢查結束後，檢查組應向SEIS領導小組提交檢查報告。