(1)辦公室。負責文電、會議、機要、檔案、監察等機關日常工作，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作，制定食品藥品安全信息統壹公告制度，承擔食品藥品安全新聞、信息發布和對外交流。(2)計劃財務部。編制全省食品藥品監管發展規劃並組織實施；安排和管理相關項目資金，組織財政支出績效評價；組織編制機關和直屬單位的預算草案和決算草案；承擔機關及直屬單位的政府采購、行政事業性收費、內部審計、財務和資產管理等工作。
(3)政策法規司。研究食品、藥品、醫療器械和化妝品監督管理的重大政策；負責組織起草相關地方性法規和規章；承擔相關規範性文件的審查、協調和發布工作；承擔行政執法監督工作；承辦相關的行政復議、行政訴訟和聽證；組織食品藥品安全科學普及。
(4)綜合協調辦公室(應急管理辦公室)。承擔省食品安全委員會辦公室的日常工作；承擔食品安全統計，分析預測食品安全狀況，組織食品安全風險預警和風險交流；參與制定食品安全風險監測計劃，並根據計劃開展食品安全風險監測；推進食品藥品安全應急體系建設，組織編制應急預案並開展演練，承擔重大食品藥品安全事故應急處置和調查處理，指導協調地方食品藥品安全事件應急處置工作。承擔對有關部門和地級以上市人民政府履行食品藥品安全監督管理職責的考核評價。
(5)食品生產安全監管部門。掌握和分析生產過程中的食品安全狀況和存在的問題，提出完善體制機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為；承擔食品生產加工的質量安全監管；承擔強制性食品檢驗。
(6)食品市場安全監管部門。掌握和分析流通環節食品安全狀況和存在的問題，提出完善體制機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為。組織實施流通領域食品安全監督檢查、質量監測和相關市場準入制度；承擔酒類流通的監督管理。
(七)餐飲安全監管部門。掌握和分析消費環節食品安全狀況和存在的問題，提出完善體制機制和改進工作的建議；監督下級行政機關嚴格依法實施餐飲服務許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為。承擔消費環節食品安全的調查、監測和監督管理工作；優化行政許可管理流程；指導和協調重大活動的食品安全保障工作。(8)藥品註冊。監督國家藥品標準的實施；承擔地方藥品標準的制定和監督工作；審批藥品、藥用輔料、直接接觸藥品的包裝材料和容器的註冊申請；承擔醫療機構制劑註冊的審批工作；承擔不改變藥品內在質量的藥品再註冊和行政許可的補充申請；優化註冊管理流程；組織實施中藥品種保護制度。
(9)藥品生產安全監管部門。掌握和分析藥品生產安全形勢和存在的問題，提出完善體制機制和工作的建議，督促下級行政機關依法嚴格實施行政許可和履行監督管理職責，及時發現和糾正違法和不當行為。組織實施藥品生產、中藥飲片生產、醫療機構制劑、藥物臨床試驗和藥物非臨床研究的質量管理規範；監督管理特殊藥品；承擔《藥品生產許可證》、《醫療機構制劑許可證》、《放射性藥品生產經營許可證》和《醫療機構放射性藥品使用許可證》的發放工作；承擔委托藥品生產的審批工作；優化行政許可管理流程；配合有關部門實施國家基本藥物制度；組織藥品不良反應的監測和再評價。
(十)藥品流通安全監管部門。掌握和分析藥品流通安全形勢和存在的問題，提出完善體制機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為。組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度；組織實施藥品經營質量管理規範；承辦《藥品經營許可證》的發放；承辦藥品廣告審批；承辦互聯網藥品信息服務和藥品交易行政許可；優化行政許可管理流程。
(11)醫療器械註冊。監督醫療器械國家標準的實施；承擔醫療器械標準的相關監管工作；監督醫療器械分類管理的實施；承擔相關醫療器械註冊申請的審批工作；對不改變產品內在質量的國產三類醫療器械變更申請行政許可；優化註冊管理流程；承擔醫療器械廣告的審批。
(十二)醫療器械安全監管部門。掌握和分析醫療器械安全狀況和存在的問題，提出完善體制機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為。組織實施醫療器械生產經營質量管理規範；承擔醫療器械生產企業許可證發放工作，制定醫療器械經營企業準入條件並監督實施；組織核實註冊真實性；組織醫療器械不良事件的監測、再評價和消除；優化行政許可管理流程。
(十三)保健食品監管部門。掌握和分析保健食品安全狀況和存在的問題，提出完善體制機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為。監督保健食品國家標準的實施；負責保健食品質量和標準的監督；審查保健食品註冊申請；承擔保健食品生產許可證的發放工作；承擔保健食品廣告的審批工作；優化登記和行政許可管理流程。
(14)化妝品監督所。掌握和分析化妝品安全狀況、存在的問題並提出完善體制機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可，履行監督管理責任，及時發現和糾正違法和不當行為。監督化妝品國家標準的實施；組織實施化妝品監督管理辦法；承擔化妝品質量和標準的相關監督工作；審查化妝品註冊申請；承擔化妝品生產企業衛生許可證的發放工作；承擔化妝品生產許可和強制檢驗工作；承辦進口非特殊用途化妝品的行政許可；優化登記和行政許可管理流程。(十五)人事處(與黨委辦公室合並)。負責機關及直屬單位人事管理、機構編制、勞動工資、教育培訓、離退休人員服務和黨群工作；組織和指導食品、化妝品、藥品、醫療器械等相關專業技術職稱資格評審工作；指導和監督執業藥師註冊工作。(16)科技與標準司。組織實施食品藥品監督管理重大科技項目，推進食品藥品檢驗檢測系統、電子監管追溯系統和信息化建設。制定食品藥品檢驗檢測機構資質認證條件和檢驗標準並監督實施。參與食品安全標準的制定。(17)檢驗局。負責組織查處跨區域或重大食品藥品安全、醫療器械、化妝品違法案件，指導監督市縣稽查工作，規範行政執法，推動完善行政執法與刑事司法銜接機制；實施並監督問題產品的召回和處置；制定、組織實施全省食品、藥品、醫療器械、化妝品監督抽檢計劃，發布質量公告；組織對互聯網上違法食品藥品信息的監測和查處。