1.會計主體界限不清，企業產權和個人財產界限不清。中小企業的經營權和所有權的分離遠沒有大企業明顯，尤其是中小企業中的民營企業，投資者是經營者，企業財產和個人家庭財產往往相互占有，給會計工作帶來困難。很多私企老板把壹些個人和家庭的開銷，比如給孩子拍照、買零食、衣服等等，都報到了公司賬上，而企業的財務人員卻因為工作和飯碗而無法拒絕。
2.會計基礎薄弱，沒有發揮出應有的作用(1)。會計機構和會計人員不符合會計準則。在企業會計機構的設置上，有的全資小企業幹脆不設置會計機構，有的企業即使設置了會計機構，也普遍層級不清，分工不明確。中小企業委派會計最常見的方式是委派自己的親屬擔任出納，聘請“專家”擔任兼職會計。這些人有稅務部門的，有國企財務經理的，有會計師事務所的，壹般都是定期來做賬的。壹些企業管理者也願意聘請有能力的會計師，但中小企業由於發展前景、社會認可度低、工作保障差，對優秀會計師的吸引力遠不如大企業。會計從業人員的資格認定和規範化考核也存在不少問題。會計無照經營現象嚴重，會計主管人員不具備專業技術資格的現象層出不窮。會計人員的後續教育培訓幾乎沒有開展。(2)會計核算不規範或未依法建立，會計核算中經常存在違規操作。壹些中小企業根本不建賬，用票代賬，或者建了賬，但是賬很亂。還有不少中小企業有兩套或兩套以上的賬。壹項問卷調查顯示，中小企業兩套賬的比例高達78%，說明我國中小企業會計信息嚴重失真。在會計核算中，待攤費用和預提費用沒有按照規定的攤銷期限計入相應期間的成本，而是人為操縱利潤，采用反向核算的方法；企業資產任意重復核算現象嚴重；由於沒有健全合理的財務會計制度，無法定期進行結算和處理日常業務，特別是待處理財產的長期損失和溢出，無法及時處理。還有壹些會計人員知識結構老化，專業知識低下，使得很多理論上很完善的會計方法和復雜的會計技術無法實施，或者在實施時大打折扣。(3)會計的基本職能之壹是實施會計監督，保證會計信息的真實準確，保證會計行為的合理合規。內部會計監督要求會計人員對企業內部的經濟活動進行監督，但中小企業的管理者往往幹預會計工作，會計人員受制於管理者或受利益驅動，往往按照管理者的意圖行事，使得會計監督職能幾乎無法發揮。
3.獲取原始憑證的成本，是因為企業在購買商品信息時，有不同的價格需要開具發票。他們要開發票，就得加價，價格更高；不開發票，價格更低，兩者的差價就是稅。中小企業往往希望以較低的價格成交，卻拿不到記賬所需的合法憑證。還有的企業在費用後拿不到發票，只能拿到不合規的收據，企業不得不停止做這個賬，或者互相調劑賬單。據我所知，壹些小型工業企業在采購原材料時，從未取得過發票等合法憑證。
4.中小企業制度缺失，內部牽制、審計、定額管理、計量驗收、財產檢查、成本核算、財務收支審批等基本制度普遍不全；或者雖有幾項制度，但在實際工作中從未認真執行。壹些中小企業也意識到了這些問題，但依靠現有的管理水平和人員素質往往無法建立和完善，給企業帶來了很多負面影響。這種情況不僅損害了企業自身的根本利益，如資產流失、浪費嚴重、管理混亂等，也導致外部監管困難。
擬采用的研究方法
擬采用理論與實證相結合的方法進行研究，定性與定量分析貫穿全文。以實證分析為主，註重實證分析和規範分析相結合。