基於業務流程重構的信息系統規劃主要步驟如下。
①系統戰略規劃階段。主要是明確企業的戰略目標，認清企業的發展方向，了解企業運營模式；進行業務流程調查，確定成功實施企業戰略的成功因素，並在此基礎上定義業務流程遠景和信息系統戰略規劃，以保證流程再造、信息系統目標與企業的目標保持壹致，為未來工作的進行提供戰略指導。
②系統流程規劃階段。面向流程進行信息系統規劃，是數據規劃與功能規劃的基礎。主要任務是選擇核心業務流程，並進行流程分析，識別出關鍵流程以及需要再造的流程，並勾畫重構後的業務流程圖，直至流程再造完畢，形成系統的流程規劃方案。
③系統數據規劃階段。在流程重構的基礎上識別和分類由這些流程所產生、控制和使用的數據。首先定義數據類，所謂數據類指的是支持業務流程所必須的邏輯上的相關數據。然後進行數據的規劃，按時間長短可以將數據分為歷史數據、年報數據、季報數據、月報數據、日報數據等，按數據是否***享可以分為***享數據和部門內部使用數據,按數據的用途可分為系統數據（系統代碼等）、基礎數據和綜合數據等。
④系統功能規劃階段。在對數據類和業務流程了解的基礎上，下壹步就是建立數據類與過程的關系矩陣（U/C矩陣）對它們的關系進行綜合，並通過U/C矩陣識別子系統，進壹步進行系統總體邏輯結構規劃，即功能規劃，識別功能模塊。
⑤實施階段。在實施階段進行系統的總體網絡布局；並針對這些應用項目的優先順序給予資源上的合理分配，並根據項目優先順序來進行具體實施。