1，不同功能
事業單位會計主要用於存錢，取錢，轉賬到公司賬戶；
企業會計用於所有符合法律法規的結算，包括提取現金和支付員工的工資和福利。壹般存款賬戶只能辦理壹般結算業務，不能提取現金和支付員工工資福利。
2.性質不同
機構的賬務處理可以辦理轉賬結算和現金支付，不能辦理現金支取。？
商業會計師可以隨時存取資金，但資金必須通過公司的轉賬支票轉入公司的基本存款賬戶，再通過公司的現金支票。
3.不同的目的
事業單位會計處理的目的是確定被審計單位的內部控制是否能夠預防和發現特定財務報表的重大錯報或少報。
公司的會計處理重大錯報的風險。為了驗證控制能夠防止或檢測和糾正已識別的重大錯報水平，有必要審計證據的相關性和可靠性。審計證據的相關性和可靠性要求越高，控制測試的範圍就越大。
4、評價內容不同。
對本機構會計單位的主要考核可以是認真執行國家憲法、法律、法令，是否具備從業人員的道德素質，是否具備做好本職工作的業務技能，是否具備必要的文化知識和實際工作能力。
主要評價企業會計、考勤、學習成績和工作態度，完成任務的數量、質量和效率。
5、內容不同
事業單位會計可以分為發票管理、供應商管理、支票管理、賬齡分析。
企業會計分為會計範圍、會計核算、審計程序、科目設置和會計處理。
擴展數據:
民辦非企業單位登記暫行辦法
第二條民辦非企業單位根據承擔民事責任的方式不同，可以分為三類:民辦非企業單位(法人)、民辦非企業單位(合夥)和民辦非企業單位(個人)。
個人出資並擔任民辦非企業單位負責人的，可以申請民辦非企業單位(個人)登記；
兩人以上合夥的，可以申請民辦非企業單位(合夥)登記；
兩人以上具備法定條件的，可以申請民辦非企業單位(法人)登記。
由企業事業單位、社會團體或者其他社會力量舉辦的，或者由上述組織和個人舉辦的，應當申請民辦非企業單位(法人)登記。
第三條民辦非企業單位登記管理機關(以下簡稱登記管理機關)的審核登記程序是受理、審批、頒發和公告。
(1)接受。申請註冊的主辦單位提交的文件、證件、註冊申請表齊全有效，方可受理。
(2)復習。對提交的文件、證件和完整的註冊申請表的真實性、合法性、有效性進行審查，核實相關註冊事項和條件。
(3)審批。經審查核實後，應當作出準予登記或者不予登記的決定，並及時通知申請登記的單位和個人。
(4)頒發證書。經核準登記的民辦非企業單位，應當單獨出具相關證明，並辦理出具手續。
(5)公告。經核準登記的民辦非企業單位，由登記管理機關發布公告。
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