南沙新區的發展現在面臨著激烈的競爭。如果發展只是依靠市場來實現資源配置和集聚，南沙可能會錯過很多發展機會，因為我們很多資源還是通過行政體制來配置的。因此，我們建議在南沙建設新的廣東省行政中心，使南沙成為珠三角乃至華南地區重要的資源配置中心之壹，這將對南沙的發展產生巨大影響。同時，省行政中心的入駐，必將促進教育、醫療、商業等各種資源的進入，直接加速南沙的經濟社會發展。
以前都說南沙地區處於珠三角的地理和幾何中心，有地緣優勢。但現在科技的發展正在削弱傳統的地緣優勢，網絡化、信息化的趨勢，高鐵、地鐵、高速公路的建設拉近了地區間的距離，南沙的區位優勢的作用正在日益減弱。因此，未來要實現國家對南沙的戰略定位和發展規劃，南沙除了地理中心優勢外，還應該有更多的其他優勢，尤其是現階段的區域行政中心優勢。
2.調整廣州、惠州、韶關的行政區劃。調研組還建議，將原屬廣州管轄，現屬惠州、韶關管轄的廣州北部部分地區劃歸廣州管轄。壹方面促進這些地區的發展，減輕惠州、韶關支持這些相對落後地區經濟社會發展的壓力；另壹方面，有利於在更大範圍內統籌考慮資源、要素和環境問題。此外，在管理權限和考核體系方面，賦予南沙新區管理機構省級管理決策權；根據不同區域的主體功能定位，實行差異化評價考核原則。
3.擴大南沙保稅港區範圍。在財稅政策等支持方面，課題組建議設立“南沙發展基金”，給予專項補助資金；實施企業所得稅“三免三減”，在壹定期限內按15%的稅率征收企業所得稅；免稅購物店建設。
目前省市政府也在財稅上支持南沙，但力度還很弱，必須加強。具體來說，要大力做強做大南沙保稅區，建立生產資料和原材料保稅區，擴大原有保稅區範圍，完善功能，充分發揮保稅區在進出口加工、國際貿易、保稅倉庫商品展示等方面的功能。，使企業享受“免證、免稅、保稅”的優惠政策，充分發揮保稅區在降低企業經營成本、緩解資金壓力方面的積極作用。
這次中國社科院課題組提出建立“南沙發展基金”，我們認為很有必要。建議省市財政每年撥出壹定的專項資金建立南沙發展基金，同時在壹定期限內降低南沙區繳納的財稅比例，讓南沙集中有限的資源，支持和促進南沙支柱產業發展，並根據區財政實力不斷提高對公眾的服務水平和質量。
在航運和物流政策方面，建議擴大南沙保稅港區範圍；註冊在保稅港區的納稅人，其從事國際海運、貨物運輸、倉儲、裝卸的收入免征營業稅；在南沙新區註冊的保險企業從事國際航運保險業務取得的收入，免征營業稅；南沙保稅港區企業使用的設備和材料免征關稅和進口環節稅。
我們可以進壹步深化這個建議，把南沙變成壹個“特別消費區”。廣東省向中央申請將南沙建設成為中國大陸首個高端消費品免稅區，大力引進香港乃至全球的高端消費品經銷商在南沙經營。外國遊客應購買免稅的高檔消費品，無數量、金額和數量限制。對當地居民在區內購買免稅高檔消費品不限數量、不限配額、不限次數的規定。如果這壹特殊政策能夠實現，不僅可以改變廣州高端消費品消費水平低的現狀，還可以大大提升珠三角高端消費者對國際品牌的吸引力。南沙還可以幫助形成廣州國際商務中心的地位。可以說是壹舉兩得，多方共贏。
在金融創新支持方面，建議建設國家金融綜合改革試驗區和國際加工貿易結算中心；建設航運交易所和華南商品期貨交易所；發展離岸金融、融資租賃和產業投資基金；外匯體制改革試點。
4.探索粵港澳三地遊艇出入境便利化措施。調研組建議探索粵港澳遊艇出入境便利化措施，試點“壹證兩地”政策；建立“壹地兩檢”的農產品檢驗檢疫體系；以南沙港為汽車進口口岸；授權南沙相關機構簽發往來港澳通行證。與特區合作，率先實現內地、港澳、國際職業資格“壹考三證”；在南沙開展港澳與外國高校合作試點；支持引進各類國際教育培訓機構。