(1)農作物種子經營許可證申請表；(2)驗資報告復印件、申請日前0年內的年度會計報表、中介機構的審計報告等註冊資本和固定資產的證明材料；申請人的性質、資本構成等基本情況的證明；
(三)種子檢驗、加工等設施設備清單及購貨發票復印件；種子檢驗室、加工廠、倉庫的產權證明復印件；打谷場產權證明(或租賃協議)復印件，或種子烘幹設施設備產權證明復印件；計量檢定機構出具的涉及計量的檢驗和包裝設備檢定證書復印件；相關設施設備說明及實景照片；
(四)種子檢驗、加工、貯藏等相關技術人員的資格證書及勞動合同復印件；
(五)農業部規定的其他材料。
集育種、生產、經營於壹體的公司向農業部申請核發農作物種子經營許可證時，還應當提交下列材料:
(1)育種機構說明；科研養殖設施設備權屬證書復印件及實景照片；5年以上科研、育種、品種試驗用地流轉協議復印件；
(2)飼養員的職稱(或學歷)證明材料及勞動合同復印件；
(三)申請日前三年中介機構的年度會計報表和審計報告復印件；
(4)品種審定證書或植物新品種權證書復印件，證明該品種擁有自主生產經營的權利；申請之日前三年申請許可的農作物種子業務量、經營額和全國市場份額的說明及相關證明；具有自主知識產權品種的種子經營額、經營額說明及相關證明；
(5)申請日前三年的種子生產基地證明材料，包括種子生產地點(具體到村)、種子生產面積、基地所在村(組)聯系人及委托種子生產者電話名單、10種子生產合同或土地流轉協議復印件；
(6)售後服務體系健全的證明材料，包括售後服務體系和售後服務網絡建設情況；
(七)有效期屆滿前新提出申請的，還應當提供原種子經營許可證有效期內種子生產、經營和科研育種的證明材料。
申請從事轉基因業務的農作物種子經營許可證，還應當提供專職管理人員證書、擬經營品種批準證書、農業轉基因生物安全證書、安全管理和預防措施介紹等材料。
設立中外合資種子企業，還應當向審計機關提交下列材料:
(1)設立外商投資農作物種子企業申請書；
(二)項目建議書和可行性研究報告的批準文件；
(三)設立外商投資種子企業的合同、章程；
(四)合同、章程的批準文件和審批部門頒發的外商投資企業批準證書；
(五)外商投資農作物種子企業董事會成員名單及全體董事的任命書；
(六)其他應當提交的證明和文件。
審核機關應當自收到申請材料之日起20日內完成審核工作。審計時，應當對經營場所、加工儲存設施、檢驗設施、儀器設備等進行現場檢查，並查驗相關證明材料原件。有條件的，簽署審核意見，報發證機關；審核未通過的，應當書面通知申請人並說明理由。
發證機關應當自收到審核意見之日起20日內完成發行工作。對符合條件的，頒發種子經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。發證機關認為必要時，可以進行實地調查。