法律分析：1.先告知企業的員工，下載個稅APP，註冊並進行認證，同時填寫六項扣除費用，這六項費用，可以直接抵減員工的個稅。
2.員工在個稅APP端填寫好扣除費用之後，財務人員登錄自然人稅收管理系統。
3.進入系統之後，點擊扣除信息采集，把員工在個稅APP端上傳的個稅扣除信息，下載到申報系統。
4.下載好員工的扣除信息之後，返回主界面，點擊綜合所得申報，頁面跳轉，點擊正常工資薪金所得。
5.點擊正常工資薪金所得之後，頁面會彈出個稅申報明細表，在本期收入處，填寫發放給員工的工資。
6.填寫好個稅申報明細表之後，點擊稅款計算，同時填寫申報密碼，點擊確認。
7.點擊確認之後，點擊申報表報送，頁面會彈出企業代扣代繳的個稅，如果員工未達到起征點，應補退稅處會顯示為零，點擊發送報表即可。
法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》
第壹條 為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條 凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。
第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。
第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。