1.“自然人電子稅務局（扣繳端）”（即原來的自然人稅收管理系統扣繳客戶端）是專門用於個人所得稅代扣代繳（預扣預繳）申報的客戶端軟件。其中“自然人電子稅務局（扣繳端完整安裝包）”適用於沒有安裝過本系統的電腦安裝。“自然人電子稅務局（扣繳端手工升級包）”適用於安裝了自然人電子稅務局（扣繳端）並且版本低於上述版本又無法自動完成在線升級的電腦進行升級安裝。建議使用迅雷等下載工具下載。
2.“自然人電子稅務局（扣繳端）”建議安裝在除C盤以外的硬盤，安裝完後要用實名辦稅或申報密碼登錄系統。2019年11月9日上線實名登錄功能，過渡期內原申報密碼登錄方式繼續有效。
3.“自然人電子稅務局（扣繳端）”初次使用的設置為：納稅人識別號為統壹社會信用代碼，扣繳義務人名稱為單位全稱。如果統壹社會信用代碼證號或扣繳義務人名稱不符，請聯系主管稅務機關獲取。
4.“自然人電子稅務局（扣繳端）”中，單位員工離職的，在軟件的“人員信息采集”中設置納稅人狀態為“非正常”，並且填寫離職日期。
5.扣繳義務人第壹次申報，需到辦稅大廳獲取初始申報密碼或登錄“個人所得稅”手機APP設置申報密碼。如果更換電腦或重新安裝系統，申報密碼為上次成功申報的密碼。初次設置申報密碼或忘記申報密碼的可以用法定代表人或財務負責人的身份證號碼使用“個人所得稅”手機APP重置申報密碼，或到辦稅服務廳（自然人稅收管理系統-申報-代扣代繳申報-個稅代扣代繳申報密碼發放(ITS)）進行重置