1、辦公室（掛政策法規處牌子）
負責局機關日常政務和後勤工作。起草審核有關文件和報告；負責秘書事物、政務信息、機要、保密、信訪、保衛、文書檔案管理、會議籌備；制定機關內部規章制度，管理機關財務。負責地方性稅收政策法規和規章的調研、草擬工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟和行政復議。
2、計劃財務處
負責管理全省地稅系統的經費、財務、裝備、固定資產、基本建設和稅收完稅票證；擬定稅收計劃、考核稅收收入；負責會計報表、統計信息數據、稅收運行情況的綜合分析；監督地稅系統財務制度執行情況；負責地稅系統的內部審計。
3、征收管理壹處
指導全省地稅系統征管改革、征收管理工作，建立和完善各項征管制度，規範征管體系；指導稅務登記、納稅申報、稅款征收、納稅檢查、行政處罰工作；管理稅收發票；負責稅法宣傳和稅務咨詢工作。
4、征收管理二處
承擔契稅、耕地占用稅、排汙費、工會經費和殘疾人保障金的征管職能。
5、稅政管理壹處
負責營業稅、資源稅、土地使用稅、投資方向調節稅、城市維護建設稅、土地增值稅、印花稅、房產稅、教育費附加、文化建設事業費、涉外稅等稅收政策法規的貫徹執行及執行中有關政策問題的解釋和處理；負責辦理有關稅收減免中的具體事項。
6、稅政管理二處
負責國有企業所得稅、集體企業所得稅、股份制企業所得稅、個人所得稅、車船使用稅有關政策法規的貫徹執行以及執行中有關政策問題的解釋和處理；負責辦理有關稅收減免中的具體事項。
7、人事教育處
制定地稅系統人事管理制度；管理地稅系統人事、勞動、機構編制工作；負責系統領導班子建設、幹部思想政治工作及精神文明建設工作；負責州、地、市地稅局正、副局長及相應級別幹部的管理工作；負責地稅系統幹部隊伍的教育培訓工作。
8、社保費征收管理處
負責養老保險、失業保險費的征收管理工作；制定具體的征收管理辦法；研究起草有關法規草案；對有關法規在執行中的壹般性問題進行解釋、處理；指導兩費登記、申報工作和相關資料的管理；管理社保費發票和票證；負責兩費的宣傳；組織實施對有關法規、政策執行情況的監督檢查等。
9、機關黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。
10、紀檢（監察）機構
置紀檢組、監察處合署辦公，負責紀檢和行政監察工作。
11、信息管理中心
擬定全省地稅系統信息建設規劃；組織協調開展全省地稅系統信息化建設工作；負責全省地稅系統信息管理工作。
直屬機構:
1、稽查局
擬定全省地方稅務稽查工作制度、辦法並組織實施；負責全省地方稅收專項檢查和專案檢查；辦理重大稅收案件的立案、調查並提出審理意見；指導、監督、協調地稅系統稽查工作。
2、直屬分局
負責對青藏鐵路蘭青復線工程、國道及省道公路工程、省級跨地區重點工程及省政府確定的省級稅收收入專項工程的涉稅事項的征收管理。
下轄機構：
西寧、海東、海西、海南、海北、黃南、玉樹、果洛等8個州、地、市地方稅務局；
派出機構：
東川工業園區地方稅務分局；
生物科技產業園區地方稅務分局；
甘河工業園區地方稅務分局；
青海湖景區地方稅務分局。