根據職責，市中級法院設政治處（副處級）和15個內設機構。
（壹）辦公室
協助院領導組織協調政務工作；負責院重要會議和重大活動的組織協調工作，負責與各級人大代表和各督導員聯絡工作；負責文秘、資料、檔案、圖書、辦公自動化管理、通訊管理、外事、接待、印章、收發；負責本院行政管理，協調本院各部門工作；負責本院的財務管理、國有資產管理、審計和監督直屬事業單位的財務管理和國有資產管理，指導基層人民法院財務、裝備、訴訟費、法庭建設等方面的工作；負責本院審判人員和法警的服裝、武器裝備管理和發放工作；負責院機關、全市法院系統的密碼管理和保密指導工作；負責院機關和直屬事業單位的基本建設規劃和計劃，項目申請和組織、協調、實施工作；負責司法技術鑒定並對下進行指導工作；指導和監督機關服務中心的有關工作。
（二）立案庭
負責市中級法院各類案件的立案和審判流程管理，負責民事案件的指定舉證期限和證據交換；審查不服本院生效裁判的各類申訴和再審申請，不服基層人民法院復查駁回、再審裁判的或未經復查、再審的申訴和再審申請，決定是否立案；審查訴前及立案階段的財產、證據等保全申請並作出裁定；執行財產、證據等保全裁定；收轉各類訴訟資料，送達相關的法律文書；審查管轄異議、管轄權爭議、對不予受理裁定不服和上訴及其他程序性案件；核算訴訟費，辦理訴訟費的緩、減、免手續；負責處理人民群眾的來信來訪和司法救助申請事宜。
（三）刑事審判第壹庭
依法審判第壹審和第二審普通刑事犯罪案件；審判市人民檢察院提出的普通刑事抗訴案件；辦理普通刑事犯罪案件的內審和申請延長審理期限的事項；批復基層人民法院審判普通犯罪案件的請示並進行業務指導；審理相關的涉外內審案件和涉外移審案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；對有關打擊刑事犯罪方面的法律、法規的修改提出意見。
（四）刑事審判第二庭
依法審判第壹審和第二審經濟犯罪、少年犯罪案件；審判市人民檢察院提出的經濟犯罪、少年犯罪抗訴案件；辦理經濟犯罪、少年犯罪案件的內審和申請延長審理期限的事項；批復基層人民法院審判經濟犯罪、少年犯罪案件的請示並進行業務指導；審理相關的涉外內審案件和涉外移審案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；對有關打擊刑事犯罪方面的法律、法規的修改提出意見。
（五）民事審判第壹庭
依法審判第壹審和第二審有關婚姻家庭、勞動爭議、不當得利、無因管理等傳統民事案件,房地產案件(包括房屋買賣、租賃預售、按揭、開發合同案件,土地使用權出讓、轉讓合同案件,建築工程承包合同等案件)，不動產相鄰關系案件,鄰地使用權案件以及其他不動產案件(包括山林、水利、草原、灘塗、鐵路、機場、公路、橋梁、港口、堤壩等不動產引起的案件，涉及以房地產及其他不動產為抵押的合同,其性質以主合同性質確定)，農村承包合同案件，國內自然人之間、自然人與法人、其他組織之間的合同、侵權案件；審理申請撤銷相關仲裁的案件和適用特別程序的案件；辦理相關的申請復議案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；審批基層人民法院相關案件延長審限的申請；指導基層人民法院的審判工作。
（六）民事審判第二庭
依法審判第壹審和第二審國內法人之間、法人與其他組織之間的合同糾紛、侵權糾紛案件,國內證券、期貨、票據、股權、公司、破產(包括破產申請審查)等案件；審理申請撤銷國內仲裁的案件；辦理相關的申請復議案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；審批基層人民法院相關案件延長審限的申請。
（七）民事審判第三庭
依法審判第壹審涉外、涉港澳臺民商事糾紛案件,審理第二審涉港澳臺民商事糾紛案件；審查申請撤銷、承認和強制執行國際仲裁裁決、外國法院判決的案件；審查有關涉外仲裁條款效力的案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；審批基層人民法院相關案件延長審限的申請。
（八）民事審判第四庭
依法審判第壹審和第二審著作權(包括計算機軟件)、商標權、技術合同、不正當競爭以及科技成果權、植物新品種權等知識產權案件；審理不服基層人民法院生效裁判的知識產權申請再審案件；辦理知識產權申請復議案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；審批基層人民法院相關案件延長審限的申請。
（九）行政審判庭（與賠償辦合署辦公）
依法審判第壹審和第二審行政案件和行政賠償案件；審判市人民檢察院提出的行政抗訴案件；審判基層人民法院生效判決的行政申訴案件；辦理行政案件延長審理期限的事項；審查行政機關申請強制執行其具體行政行為的案件；審理與本庭業務相關的請示案件和辦理相關案件的證據交換和審理中的訴訟保全；依法辦理應由本院賠償委員會受理的國家賠償案件；辦理賠償委員會日常事務,執行賠償委員會決定事項。
（十）審判監督庭
審查處理基層人民法院生效裁判及本院生效裁判的刑事、民事、經濟、行政申訴和申請再審的案件；審判市人民檢察院對已經發生法律效力的判決、裁定提出抗訴的案件；審判減刑、假釋案件；審判省高級人民法院指令或本院決定再審的案件；批復基層人民法院請示的案件；指導基層人民法院的審判監督工作；負責本院國家賠償的確認工作。
（十壹）執行局
執行本院作為第壹審的發生法律效力的判決、裁定及調解協議書中有關財產的決定；執行由本院執行的其他法律文書；審查各項復議申請；接受外省市人民法院委托本院執行的案件；協調本市法院與外省市人民法院之間的執行工作；指導基層人民法院的執行工作；審查提出申請執行費的減、緩、免交的意見。
（十二）書記員室
負責本院書記員的統壹管理；負責本院書記員各項工作的統壹安排；負責生效裁判文書送達、訴訟檔案立退卷等輔助性工作；負責書記員的培訓和考核工作。
（十三）研究室
起草綜合性文件、報告；編輯簡報、情況反映等信息；負責本院重大工作部署的調查研究工作；掌握全市審判工作情況，研究分析審判工作中出現的新情況、新問題、新經驗，為院領導指導審判工作提供信息和意見；辦理審判委員會會務；研究審判工作中的方針、政策、法律問題，綜合各審判庭對法律、法規的研究、修改任務；批復基層人民法院有關政策法律的請示，負責司法統計；完成省高級人民法院或市人大布置的法律、法規的研究、修改任務；負責新聞、宣傳報道；參與立法活動，研究、征集對法律、法規、規則草案的意見；法律適用問題向省高級人民法院請示；負責編輯《東莞法官》及本院院誌的編寫工作；負責全市法院系統互聯網材料的匯編工作。
（十四）紀檢監察室（與中***東莞市紀律檢查委員會派駐東莞市中級人民法院紀檢組合署）
負責本院的紀檢監察工作；監督、檢查法院系統及其工作人員執行國家法律、法規政策及工作紀律的情況；協助黨組制定全市法院系統廉政建設制度並督促實施；負責查處基層人民法院監察室主任、副院長以上幹部的違紀案件和其他重大違紀案件；受理對本院及工作人員違法違紀行為的檢舉、控告；負責本院審判人員違法審判追究工作；查處本院及工作人員的違法違紀行為；處理控告、檢舉本院幹警違紀的來信來訪，受理本院工作人員不服政紀處分的申訴；掌握全市法院系統紀檢、監察工作情況，指導基層人民法院的紀檢、監察工作。
（十五）機關黨委辦公室
負責機關黨建工作；指導機關工、青、婦等群眾組織。
（十六）政治處
負責全市法院系統人員隊伍的思想政治、宣傳教育工作；協助搞好全市法院系統黨的建設、領導班子和法官隊伍的建設；承擔全市法院系統編制管理工作；負責本院幹警的考核、考察、調配、選拔、任免等人事工作；負責本院幹警的培訓規劃工作；做好後備幹部工作；組織幹部到基層鍛煉；辦理本院幹部職工調出調進和離退休手續，做好老幹部的管理工作；管理本院幹部職工工資調級、定級、計劃生育、福利費使用和保障基金等；管理本院的人事檔案；負責辦理法官等級司法警銜的報批；辦理各種獎懲工作。