甘肅省商務廳設18個內設機構：
（壹）辦公室。
擬訂廳機關工作規章制度；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全保密、新聞發布、政務公開、提案辦理、對外宣傳、信訪等工作；聯系廳駐外機構工作。
（二）人事處。
承擔機關、直屬單位的機構編制、人事管理、隊伍建設和教育培訓等工作；負責全省商務人員的行業培訓和國際商務專業的職業資格審核備案工作。
（三）政策研究室。
研究我省擴大對外開放、流通體制改革、區域經濟合作並就重大問題提出意見和建議；研究提出健全我省現代市場體系的綜合政策建議；負責協調本廳重大課題調研工作；負責全省商務重點工作落實情況的督查工作；負責有關綜合性文獻的編纂工作；管理廳機關及直屬單位內部刊物和公開發行刊物。
（四）綜合處（省口岸管理辦公室）。
擬訂全省國內外貿易和國際經濟合作、招商引資發展戰略、規劃；監測分析商務運行狀況，研究商務運行和結構調整中的重大問題，提出相關政策建議，牽頭落實綜合性政策措施；指導內外貿易運行監測系統建設；負責國內外貿易、對外經濟合作、招商引資等信息、數據的匯總、分析及處理、發布工作；組織起草有關重要綜合性文件及材料；擬訂全省口岸管理政策並組織實施；負責全省口岸開放規劃和開放口岸審核申報工作；協調處理口岸工作中重大問題；承擔全省口岸基礎設施及信息化建設。
（五）法規及公平貿易處。
負責全省商務領域的法律、法規、條約的宣傳，地方性法規草案的擬訂及落實；提出商務立法計劃並組織落實；負責對本部門擬訂的規範性文件進行合法性審核，承辦有關行政復議和行政訴訟等商務領域的法律事務；承擔與世貿組織（WTO）相關工作；推進進出口貿易標準化工作；指導協調反傾銷、反補貼和保障措施實施及進出口公平貿易相關工作和有關應訴事宜；組織全省產業損害調查，建立完善產業損害預警機制；依法對經營者集中行為進行反壟斷調查，指導我省企業在國外的反壟斷應訴工作。
（六）財務處。
研究提出與我省商務工作相關的財稅、金融、價格等政策建議；承擔本部門歸口的各項業務資金、專項基金、援外經費等的具體使用和管理工作；負責廳機關的財務管理和財務預決算工作；承擔本部門的資產管理、基本建設和內部審計工作；指導監督直屬單位財務管理工作。
（七）省整頓和規範市場經濟秩序辦公室。
承擔牽頭協調整頓和規範市場經濟秩序的相關工作；推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售，建立市場誠信公***服務平臺；參與組織打擊侵犯知識產權、商業欺詐等工作；指導全省商務領域綜合行政執法工作。
（八）市場體系建設處。
組織擬訂並實施健全規範全省市場體系的政策措施；推進流通標準化；牽頭組織規範零售企業促銷行為；指導大宗產品批發市場規劃和城市商業網點規劃、商業體系建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；按有關規定對拍賣、典當、租賃、直銷、汽車流通和舊貨流通行業等進行監督管理；負責再生資源回收管理工作，指導全省商貿流通行業協會、學會等社團組織工作。
（九）服務業管理處。
承擔全省商貿服務業（含餐飲、住宿、洗浴、美容美發、洗染、人像攝影及家政服務等行業）的行業管理工作；組織擬訂全省商務領域物流發展規劃，推動流通體制改革和連鎖經營、商業特許經營、物流配送等現代流通方式的發展；指導社區商業發展、流通領域節能降耗工作，提出促進我省商貿中小企業發展的政策建議；按照有關規定對成品油流通市場進行監督管理；指導全省散裝水泥推廣工作。
（十）市場運行調節處（省繭絲綢協調辦公室）。
監測分析全省消費品市場運行、商品供求狀況，進行預測預警；組織協調建立健全生活必需品市場供應應急機制的相關工作；負責重要消費品儲備（肉類、食糖、邊銷茶等）的監管和市場調控的有關工作；負責酒類商品流通的行業指導；承擔繭絲綢相關工作。
（十壹）食品流通監管處。
執行落實有關食品放心工程、三綠工程等政策法規；擬訂全省屠宰行業的發展規劃並負責該行業升級改造項目的實施；負責全省家畜（禽）定點屠宰和肉類冷藏加工行業的監督管理；承擔全省肉品質量可追溯體系建設的相關工作；負責全省肉類行業定點屠宰企業肉品品質檢驗人員的技術培訓。
（十二）對外貿易處。
落實全省對外貿易發展規劃，組織年度出口商品計劃的實施；負責進出口商品許可證發放及各類配額、重要工業品、原材料、農產品的進出口管理工作；承辦企業進出口商品經營範圍的審核與發證；負責協調相關部門落實國家有關加工貿易政策及加工貿易的審批工作；指導進出口交易會、境外商品展會和洽談會等貿易促進活動和外貿促進體系建設。
（十三）機電和科技產業處（省機電產品進出口辦公室）。
擬訂我省機電產品和高新技術產品進出口、成套設備出口和加工貿易管理政策和有關目錄並組織實施；承擔機電產品、高新技術產品貿易促進工作；擬訂進口機電產品招標辦法並組織實施；負責高新技術產品的出口管理、技術貿易及涉及到國家出口管制的敏感物項的管理；牽頭擬訂服務貿易發展規劃；擬訂技術貿易政策和促進服務出口規劃、政策並組織實施；承擔技術進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計工作；承擔與中國機電進出口商會的聯絡工作。
（十四）外資處。
擬訂全省招商引資政策和中長期發展規劃；負責全省審批權限內外商投資企業合同、章程及有關重大事項變更的審批、備案、批準證書發放工作；牽頭組織全省外商投資企業聯合年檢；指導投資促進及外商投資企業審批工作，規範對外招商引資活動；承擔外商投資統計工作；負責全省外商投資企業的投訴工作；綜合協調和指導國家級經濟技術開發區的有關具體工作；會同有關部門擬訂並組織實施促進服務外包發展的規劃、政策，推動服務外包平臺建設；指導全省外商投資企業協會工作。
（十五）外經處（省境外勞務管理辦公室）。
執行對外經濟技術合作政策；擬訂我省對外經濟技術和勞務合作業務的發展規劃；依法監督管理我省對外投資、對外承包工程和設計咨詢等對外經濟合作業務；執行省內公民出境就業管理政策，承擔外派勞務和境外就業人員的權益保護等工作；負責我省援外企業資格認定、援外項目申報並組織實施；依法核準境內企業對外投資開辦企業（金融企業除外）、對外經濟合作企業經營資格和境外勞務合作經營資格；承擔對外直接投資、對外承包工程企業年檢、統計和績效評價工作；負責對我省外派勞務人員的培訓與管理；承擔對外直接投資、對外承包工程和勞務合作統計工作。
（十六）國際經貿關系處。
承擔聯合國等國際組織對我省經濟技術合作的中方有關管理事務，管理多雙邊對我省的無償援助和贈款；牽頭組織我省經貿對外談判；審查、申報、爭取無償援助和贈款項目，接待項目來訪官員和專家；負責受援項目出國考察團組人員和發展合作獎學金候選人員的篩選、培訓和派出以及聘請外國專家工作。
（十七）對外聯絡處（省商務廳港澳臺經貿辦公室）。
擬定廳外事工作制度，管理廳機關的外事禮賓和重大外事活動，指導全省商務系統外事禮賓工作；負責我省出國（境）業務團組從事經貿活動的業務審批及國（境）外經貿賓客的邀請；貫徹執行對港澳臺地區的經貿政策、貿易中長期規劃及管理規定；指導全省的經貿機構與港澳臺地區有關經貿機構開展經貿合作；負責統戰、對臺和僑務工作。
（十八）離退休幹部處。
負責機關離退休幹部管理工作，指導直屬單位的離退休幹部管理工作。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。