各個馬普研究所主要從事以下三個領域的研究：生物學和醫學、物理化學技術、人文科學。各馬克斯·普朗克研究所經常緊密與所在地大學合作，但仍為大學外之獨立機構，機構人員不負責大學內部教學工作，並擁用較大學更良好的設備和更充裕的資金，維持其世界級的學術地位。 馬克斯·普朗克進化人類學研究所（MPI für evolution?re Anthropologie），萊比錫 馬克斯·普朗克心肺研究所 (MPI für Herz-und Lungenforschung), 巴特諾海姆 馬克斯·普朗克天文學研究所（MPI für Astronomie），海德堡 馬克斯·普朗克天體物理學研究所（MPI für Astrophysik），加興 赫爾奇阿娜圖書館，馬克斯·普朗克藝術史研究所（MPI für Kunstgeschichte），羅馬（意大利） 馬克斯·普朗克結構生物學、化學與生物物理學研究所（MPI fürStrukturbiologie, Chemie und molekulare Biophysik) , 羅薩裏奧 （阿根廷） 馬克斯·普朗克教育研究所（MPI für Bildungsforschung），柏林 馬克斯·普朗克系統動力學研究所（MPI für Dynamik komplexer technischer Systeme），馬格德堡 馬克斯·普朗克生物化學研究所（MPI für Biochemie），馬丁斯瑞德 馬克斯·普朗克生物地理化學研究所（MPI für Biogeochemie），耶拿 馬克斯·普朗克生物物理研究所（MPI für Biophysik），法蘭克福 馬克斯·普朗克血管生物學研究所（MPI für Vaskul?re Biologie），明斯特 馬克斯·普朗克化學研究所（MPI für Chemie，又名奧托·漢恩研究所），美因茨 馬克斯·普朗克生物無機化學研究所（MPI für bioanorganische Chemie），米爾海姆 馬克斯·普朗克生物物理化學研究所（MPI für biophysikalische Chemie，又名卡爾·弗裏德裏希·波恩合弗研究所），哥廷根 馬克斯·普朗克人口統計學研究所（MPI für demografische Forschung），羅斯托克 馬克斯·普朗克動力學和自組織研究所（MPI für Dynamik und Selbstorganisation，前身是馬克斯·普朗克流體研究所），哥廷根 馬克斯·普朗克鐵研究所公司（Max-Planck-Institut für Eisenforschung GmbH），杜塞爾多夫 馬克斯·普朗克實驗內分泌學研究所（MPI für experimentelle Endokrinologie），漢諾威 馬克斯·普朗克發育生物學研究所（MPI für Entwicklungsbiologie），圖賓根 馬克斯·普朗克蛋白質折疊酶學研究站（Max-Planck-Forschungsstelle für Enzymologie der Proteinfaltung），哈雷 馬克斯·普朗克公***財產研究所（MPI zur Erforschung von Gemeinschaftsgütern），波恩 馬克斯·普朗克民俗學研究所（MPI für ethnologische Forschung），哈雷 馬克斯·普朗克固體物理和材料研究所（MPI für Festk?rperforschung），斯圖加特 弗雷德裏希·米歇爾生物學實驗室，圖賓根 弗裏茨·哈伯研究所，柏林 馬克斯·普朗克分子遺傳學研究所（MPI für molekulare Genetik），柏林 馬克斯·普朗克歷史研究所（MPI für Geschichte），哥廷根 馬克斯·普朗克社會研究所（MPI für Gesellschaftsforschung），科隆 馬克斯·普朗克引力物理研究所（MPI für Gravitationsphysik，又稱阿爾伯特·愛因斯坦研究所），波茨坦 馬克斯·普朗克知識產權、競爭法和稅收法研究所（MPI für Geistiges Eigentum, Wettbewerbs- und Steuerrecht），慕尼黑 馬克斯·普朗克腦研究所（MPI für Hirnforschung），法蘭克福 馬克斯·普朗克免疫學研究所（MPI für Immunbiologie），弗萊堡 馬克斯·普朗克傳染病生物學研究所（MPI für Infektionsbiologie），柏林 馬克斯·普朗克計算機科學研究所（MPI für Informatik），薩爾布呂肯 馬克斯·普朗克核物理研究所（MPI für Kernphysik），海德堡 馬克斯·普朗克煤研究所（MPI für Kohlenforschung），米爾海姆 馬克斯·普朗克膠體和界面研究所（MPI für Kolloid- und Grenzfl?chenforschung），波茨坦 馬克斯·普朗克生物控制學研究所（MPI für biologische Kybernetik），圖賓根 佛羅倫薩藝術史研究所，佛羅倫薩（意大利） 馬克斯·普朗克湖沼學研究所（MPI für Limnologie），普倫 馬克斯·普朗克數學研究所（MPI für Mathematik），波恩 馬克斯·普朗克自然科學數學研究所（MPI für Mathematik in den Naturwissenschaften），萊比錫 馬克斯·普朗克實驗醫學研究所（MPI für experimentelle Medizin），哥廷根 馬克斯·普朗克醫學研究所（MPI für medizinische Forschung），海德堡 馬克斯·普朗克金屬研究所（MPI für Metallforschung），斯圖加特 馬克斯·普朗克氣象學研究所（MPI für Meteorologie），漢堡 馬克斯·普朗克海洋微生物學研究所（MPI für marine Mikrobiologie），不萊梅 馬克斯·普朗克地球微生物學研究所（MPI für terrestrische Mikrobiologie），馬爾堡 馬克斯·普朗克微結構物理學研究所（MPI für Mikrostrukturphysik），哈雷 德國電子同步加速器研究所馬克斯·普朗克結構分子生物學工作組，漢堡 馬克斯·普朗克神經生物學研究所（MPI für Neurobiologie），馬丁斯瑞德 馬克斯·普朗克神經學研究所（MPI für neurologische Forschung），科隆 馬克斯·普朗克認知與神經學研究所（MPI für Kognitions- und Neurowissenschaften），萊比錫和慕尼黑 馬克斯·普朗克生態化學研究所（MPI für chemische ?kologie），耶拿 馬克斯·普朗克鳥類學研究所（MPI für Ornithologie），許威森、安戴克斯和魯道夫澤 馬克斯·普朗克植物分子生理學研究所（MPI für molekulare Pflanzenphysiologie），波茨坦 馬克斯·普朗克物理學研究所（MPI für Physik，又稱沃納·海森堡研究所），慕尼黑 馬克斯·普朗克復雜系統物理研究所（MPI für Physik komplexer Systeme），德累斯頓 馬克斯·普朗克固體化學物理學研究所（MPI für chemische Physik fester Stoffe），德累斯頓 馬克斯·普朗克外空物理學研究所（MPI für extraterrestrische Physik），加興 馬克斯·普朗克分子生理學研究所（MPI für molekulare Physiologie），多特蒙德 馬克斯·普朗克生理與臨床研究所（MPI für physiologische und klinische Forschung，又名W.G.凱爾克霍夫研究所），巴特諾海姆 馬克斯·普朗克離子物理學研究所（MPI für Plasmaphysik），加興和格賴夫斯瓦爾德 馬克斯·普朗克聚合物研究所（MPI für Polymerforschung），美因茨 馬克斯·普朗克外國和國際民法研究所（MPI für ausl?ndisches und internationales Privatrecht），漢堡 馬克斯·普朗克精神病理學研究所（MPI für Psychiatrie），慕尼黑 馬克斯·普朗克心理語言學研究所（MPI für Psycholinguistik），尼姆威根（荷蘭） 馬克斯·普朗克心理學研究所（MPI für Psychologische Forschung），慕尼黑 馬克斯·普朗克量子光學研究所（MPI für Quantenoptik），加興 馬克斯·普朗克射電天文學研究所（MPI für Radioastronomie），波恩 馬克斯·普朗克歐洲法律史研究所（MPI für europ?ische Rechtsgeschichte），法蘭克福 馬克斯·普朗克外國和國際社會法研究所（MPI für ausl?ndisches und internationales Sozialrecht），慕尼黑 馬克斯·普朗克太陽系研究所（MPI für Sonnensystemforschung），卡特倫堡-林道 馬克斯·普朗克外國和國際刑法研究所（MPI für ausl?ndisches und internationales Strafrecht），弗萊堡 馬克斯·普朗克外國公***法和國際法研究所（MPI für ausl?ndisches ?ffentliches Recht und V?lkerrecht），海德堡 馬克斯·普朗克經濟系統研究所（MPI zur Erforschung von Wirtschaftssystemen），耶拿 馬克斯·普朗克科學史研究所（MPI für Wissenschaftsgeschichte），柏林 馬克斯·普朗克分子細胞生物學與遺傳學研究所（MPI für molekulare Zellbiologie und Genetik），德累斯頓 馬克斯·普朗克育種研究所（MPI für Züchtungsforschung），科隆 馬克斯·普朗克軟體系統研究所（MPI für Softwaresysteme），凱撒斯勞滕，薩爾布魯根