民間自制中藥申請專利的流程為：當事人提出專利申請、專利申請受理、專利申請初步審查。
1、當事人提出專利申請。
申請人確認專利文件後，當天向國家知識產權局提交申請，次日返還專利申請文件副本壹份、專利號。
2、專利申請受理。
約7個工作日國家知識產權局發《專利申請受理通知書》、《專利申請繳費通知書》或《費用減緩審批通知書》，收到受理通知書之日起2個月內繳納申請費。
3、專利申請初步審查。
國家知識產權局收到發明專利申請後，需經初步審查。在初步審查合格之後，自申請日起滿18個月，即行公布。專利局也可以根據申請人的請求早日公布其申請。
以下中藥配方不可以申請專利：
1、該中藥配方不具備新穎性、創造性和實用性，不可以申請專利。
2、該中藥配方違反法律、社會公德或者妨害公***利益，不可以申請專利。
3、專利申請的藥物不具備醫療效果或醫療效果不可信。
4、專利申請的藥物，其原料中存在不能工業化生產或不能大批量再現的物質。
5、專利申請中的藥物，其效果可能有損公***利益。
以上內容參考：百度百科-中華人民***和國專利法