南通市工商行政管理局是南通市人民政府直屬機構。主要職能：
（壹）貫徹執行國家有關工商行政管理的法律、法規、規章和方針、政策，擬訂並組織實施全市工商行政管理政策、規劃，負責市場監督管理和行政執法的有關工作。
（二）按照規定權限承擔有關市場主體的登記註冊和監督管理。
（三）負責規範和維護各類市場經營秩序，依法監督管理市場交易行為，加強網絡商品交易及有關服務行為的監管。
（四）負責流通領域商品質量監督管理工作，組織開展有關服務領域消費維權工作，指導消費者咨詢、投訴、舉報受理處理和12315行政執法體系建設等工作，依法組織查處假冒偽劣、侵害消費者權益等違法行為，依法保護經營者、消費者合法權益。
（五）依法監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動，依法查處違法直銷和傳銷案件。
（六）承擔協調跨區域執法和重大案件查處職責，負責全市工商行政管理案件管轄的確定，依法查處不正當競爭、商業賄賂等經濟違法行為，協助開展反壟斷執法相關工作。
（七）依法監督管理經紀人、經紀機構及經紀活動。
（八）依法實施合同行政監督管理，依法查處合同違法行為，組織監督管理拍賣行為，負責管理動產抵押登記，組織開展“守合同重信用”企業公示活動。
（九）指導廣告業發展，擬訂本市廣告業發展規劃、政策措施；依法監督管理廣告發布與廣告經營活動，擬訂廣告監督管理的具體措施、辦法；組織、指導全市各類媒體廣告監測工作；依法查處虛假廣告等違法行為。
（十）負責商標管理工作，依法保護商標專用權和查處商標侵權行為，組織實施商標知識產權戰略，承擔馳名商標、著名商標的推薦和知名商標的認定工作。
（十壹）負責企業信用管理工作，構建市場主體信息公示體系，建立健全守信激勵和失信懲戒機制，組織開展企業誠信創建，建立經營異常名錄制度，進壹步推動“黑名單”管理應用。研究分析市場主體登記註冊信息等，為政府決策和社會公眾提供信息服務。
（十二）指導所屬事業單位和有關社會團體的工作。
（十三）承辦市政府及上級工商行政管理機關交辦的其他事項。