妳好！
妳的問題可以歸為兩個方面:壹是如何保護自己的網站運營模式；第二，如何保護網站的版權。
第壹個問題是，妳可以在委托網站制作的合同中，以商業秘密的形式明確規定自己的網站運營方式，以防止網站制作方，也就是受托方，在未經授權的情況下從中漁利。
第二個問題也可以在妳和網站制作者的委托合同中明確約定，比如整個網站的版權歸妳所有，甚至網站的源代碼也要交付給妳。根據我國著作權法的相關規定，自制作完成之日起，您的網站的著作權已經產生，屬於您(按合同約定)。如果不放心，可以去相關部門做個版權登記。
另外，妳說的網站侵權問題，主要表現在未經權利人許可，將其用於商業目的，如復制發行等。而妳所擔心的原創網站運營模式(據我所知可能是全新的網站盈利模式)本身並不受著作權法保護。如果可能，妳只能把它作為商業秘密來保護。如果出了問題，可以尋求反不正當競爭的法律救濟。
可以參考《中華人民共和國著作權法》(2001修訂)、《中華人民共和國合同法》。
註:在中國法律中，“版權”和“著作權”指的是同壹個東西。
廣州熊律師事務所