石河子機場主要提供普遍航空服務，包括普遍航空運輸服務和普遍通用航空服務，具體是指以建立短途航空運輸體系為基礎，以中、小型支線機場為支撐，在半徑為200-300公裏的範圍內，在人口較為集中的社區、團場修建通勤機場或者通航作業點，用輕型飛機開展短途人員、貨物、郵政航空運輸和普遍通用航空服務。世界最先進的AT-402B型農用飛機落戶石河子機場，新疆通用航空有限責任公司與澳大利亞原野航空集團公司在機場舉行了交接儀式。
與常用的Y5型農用飛機相比，AT-402B型飛機作業效率提高近90%，且燃油消耗大幅降低，具有操作靈活、爬升率高、轉彎半徑小、超低空飛行性能好、安全性強等優點，主要用於農林播種、施肥、除草、治蟲、防病、飛播造林、護林防火等項目。
新疆通用航空有限責任公司擁有3個系列4種機型29架飛機。新疆生產建設兵團計劃自2008年至2010年繼續出資購買6架由美國空中拖拉機飛機制造公司生產的農用系列飛機，用於更新目前老舊的10架Y5、Y5B型飛機。
2001年，西北航空公司5架運5型飛機安全降抵新疆石河子機場，這是新疆通用航空有限責任公司繼與新疆航空公司、新疆大學士公司聯營後，又與西北航空公司聯營，合作開發西北通用航空市場。至此，新疆通航公司執管的運5型飛機增加到29架，成為中國最大的運5型通用航空機群。與西北航空公司的聯營成功，標誌著新疆通航公司實現了跨省市聯合經營通用航空的新格局。
2005年6月17日上午，在石河子新疆通用航空公司機場，隨著Y-12B-3818飛機沖入雲霄，石河子-北京大學遙感應用試飛開始。這是中國首次以數字攝影為特點的高空大尺度航空遙感應用試驗飛行。北京大學以擁有自主知識產權的“高空超高空對地觀測系統”，在石河子開展航空遙感應用飛行和地面實地考察。投入此次航空遙感應用飛行試驗的CCD（數字）相機系統可針對不同空間分辨率的應用要求，為數字農業、數字城市、災害監測、國家邊疆安全等提供全面清晰的現場影像。它的數據全部數字化，可直接為計算機所接收、處理和應用。