洛陽親友如相問，壹片冰心在玉壺。史無前例的文化大革命開始了。在60年代中後期至70年代前期的“文革”動亂年代，王鶴亭被打成“反動技術權威”，受迫害，關“牛棚”，身體與精神倍受摧殘。但王鶴亭沒有被打倒，甚至被關在“牛棚”中也堅持鍛煉身體，因為他堅信自己所走的路是正確的，堅信終會落實政策，仍舊時刻關心著新疆的水利建設。
鄯善縣的柯克雅爾水庫是文化大革命中倉促上馬的壹座中型水庫，前期工作沒有做好就動工修建。原設計壩基隔水壩采用倒掛井開挖後澆混凝土，因為覆蓋太深，沒有搞成，沙礫石壩體已堆積約30米高，也沒有經過壓實，原設計瀝青斜墻防滲也沒有搞成，溢洪道位置又偏高，如遇洪水勢必垮壩，威脅下遊鄯善縣城和沿河農村及鐵路機場的安全，地區已經正式報請自治區批準扒壩度汛。縣領導和群眾都非常著急，王鶴亭曾是該縣的人民代表，希望他能設法挽救免於扒壩。但是王鶴亭在文化大革命中已經靠邊站了，沒有過問這座水庫。
壹個靠邊站的“反動技術權威”說話能管用嗎？會不會又給上綱上線？這時，王鶴亭覺得如果聽任扒壩，人民幾年來的辛勤勞動將前功盡棄，出於對國家財產和保護群眾興修水利積極性的高度責任感，他甘願冒風險，並出面邀請新疆水利設計院總工張清溱壹起去現場，經實地勘察分析研究，提出了壹個安全度汛，加固處理，免於扒壩的方案。自治區領導同意了王鶴亭等人提出的方案，當地立即組織搶救施工。這個水庫免於扒壩，安全度過汛期。
身處逆境的王鶴亭在1971—1974年就曾2次提出建設孔雀河揚水站以代替原計劃的孔雀河疏浚工程，並建議停止解放壹渠向孔雀河送水，這個建議得到了水利部的批準實施，成功地解決了調節博湖和孔雀河水的難題，這項工程是他治水事業中的傑作，但他從來沒有為這些傑作去爭過什麽榮譽。在他看來，只要工程充分發揮效益，能給人民帶來好處，那就是他最大的滿足。他說，作曲家、畫家、作家，乃至發明家、科學家，他們的文章、歌曲、作品、發明等都可以申請專利，作為知識產權加以保護，唯獨水利工作者創造的優秀設計，無法申請，也申請不到什麽專利。但只要造福人民，人民滿意了，就是對他們的最高獎賞。“靠邊站”的王鶴亭除了希望繼續為新疆水利事業盡自己的壹份力量之外，真的別無他求。
“農業學大寨”在當時是壹個鐵的口號。1977年王鶴亭有機會去大寨參觀，對大寨人把山坡地修成梯田，修成人造“小平原”的艱苦創業精神，很受感動。但他認為學大寨，貴在學其精神，對於修大寨田的具體做法，應該因地制宜，不能生搬硬套。他認為新疆各地都是沖積平原，面積遼闊、土地平坦，不需要開山造地，至於興修梯田，除了新疆某些水稻田外，壹般也不要興修梯田。在新疆進行“五好”建設時，大都已經建成順地面坡度方向的條田，平整土地費工少，又便於機耕和灌溉。特別是新疆壹般表層土壤很薄，只有幾十厘米，下面就是戈壁石子，如果改成大寨式橫向水平梯田，不僅土壤大搬家，勞民傷財，而且表層土壤挖走後就會露出戈壁石子，既難於耕種，亦不便澆水保墑。至於新疆的山坡地壹般宜用以發展畜牧業，有些闖天田應該退耕還木還林，沒有必要修成大寨田。從大寨回來之後，他便去了昌吉、沙灣、烏蘇等地調查，了解到有些縣開始搞成大寨田後，已經不能澆水種地，如果不及時糾正，勢必影響到新疆農業的發展。於是他連夜寫了壹篇題為《對於我區如何進行農田水利基本建設的意見》寄給新疆日報編輯部，報社非常重視，立即在該報次日第2版全文刊出，引起新疆黨政領導和全區各方面的重視，新疆推廣大寨田的運動，也就此停了下來。“文革”中，王鶴亭是“靠邊站”了。
但靠邊站的王鶴亭沒有用靠邊站的心態來對待新疆水利和那些信任他的人們。
陰郁的日子需要鎮定，那愉悅的日子即將來臨……