1.國內外企業和分支機構的盈虧可以相互抵消嗎？
現行的企業所得稅是企業所得稅，所以除另有規定外，境內企業、境內企業和境外企業的損益不得相互抵銷。“其他規定”是指企業合並、分立適用特殊稅務處理時的繼承和損失補償。
企業合並繳納企業所得稅時，允許境內分支機構的損益相互抵銷，允許同壹國家(地區)的境外分支機構的損益相互抵銷。不同國家(地區)的境外分支機構的損益不允許相互抵銷，境內分支機構與境外分支機構之間的損益不允許相互抵銷。
境內外分支機構的損益不得相互抵消，即境外營業機構的虧損不得抵消境內營業機構的利潤，但境外營業機構的利潤可以彌補境內營業機構的虧損。根據國稅發[2008]101號和國發[2008]1081號的規定，已計入利潤總額的境外應納稅所得額，應先調整減少，再用於彌補境內虧損，最後按稅收抵免法計算納稅額。企業所得稅年度納稅申報表附表3第12行“境外應納稅所得額”的說明顯示，計算納稅人利潤總額的境外成本、費用應視為“增加額”，計算納稅人利潤總額的境外所得應視為“減少額”。主表第22行“境外應納稅所得額可彌補境內虧損”中，納稅人根據稅收法規可由境外所得彌補境內虧損的金額，應與附表6“境外所得稅收抵免計算明細表”第7欄“可彌補境內虧損”相同。根據附錄6的說明，“境外應納稅所得額”是指境外所得折算的含稅所得減去以前年度虧損(指同壹境外國家或地區以前年度虧損，作者註)和免稅所得後的余額。
2.如何彌補海外分公司的虧損？
《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於企業境外所得稅收抵免有關問題的通知》(財稅〔2009〕125號)第三條規定，在計算境外應納稅所得額時，企業在同壹境外國家(地區)設立不具有獨立納稅地位的分支機構的，按照企業所得稅法及其實施條例有關規定計算的虧損，不得與其境內或者其他國家(地區)的應納稅所得額相互抵銷。《中華人民共和國國家稅務總局關於發布:公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告第1號，2010)明確，企業在同壹納稅年度的境內外所得之和為正的，其境外分支機構發生的因上述結轉補償限制而未得到補償的虧損(以下簡稱非實際虧損)，未來不受5年期限的限制。
因此，如果企業在匯算清繳和填報年度納稅申報表時，利潤總額的計算中包含了境外分支機構的損失，則應按照附表3第12行“境外應納稅所得額”的申報要求，進行納稅調整，增加導致利潤總額減少的境外分支機構損失，無論實際損失還是非實際損失。今後，境外分支機構虧損由企業結轉彌補的，應按要求在附表6第四行填報。
3.如何彌補國內分公司的虧損？
根據《國家稅務總局關於印發的通知》(國稅發〔2008〕28號)，匯總納稅企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政轉移”的企業所得稅征收管理辦法。合並納稅企業在統壹計算應納稅所得額時，可以將其境內總機構和分支機構的損益相互抵消。對於總機構和分支機構未按獨立納稅人2007年及以前年度繳納的所得稅彌補的虧損，國稅發[2008]28號明確，允許在法定剩余年限內彌補。總機構彌補分支機構2007年度及以前年度虧損時，應填寫企業所得稅年度納稅申報表附表4“彌補虧損明細表”第3欄的相應行。